PDB-3gyo: Se-Met Rtt106p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gyo

タイトル

Se-Met Rtt106p

要素

Histone chaperone RTT106

キーワード

CHAPERONE / histone chaperone / Chromosomal protein / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Transposition

機能・相同性

機能・相同性情報

transposition / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / chromatin organization / chromosome / double-stranded DNA binding / histone binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Liu, Y. / Huang, H. / Shi, Y. / Teng, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of Rtt106p reveals a DNA-binding role required for heterochromatin silencing
著者: Liu, Y. / Huang, H. / Zhou, B.O. / Wang, S.S. / Hu, Y. / Li, X. / Liu, J. / Zang, J. / Niu, L. / Wu, J. / Zhou, J.Q. / Teng, M. / Shi, Y.

履歴

登録	2009年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gyo.cif.gz	63.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gyo.ent.gz	43.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/3gyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/3gyo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gypC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wgs-d 3to1-2 3a77-4 6rpl-d 3dzq-d 4bws-1 4lp2-d 6cq1-d 6blw-d 1ooh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone chaperone RTT106

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	262.498, 262.498, 262.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-285- HOH
2	1	A-287- HOH

#1: タンパク質	Histone chaperone RTT106 / Regulator of Ty1 transposition protein 106 分子量: 30135.428 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 65-320 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RTT106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40161
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.293804 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.45697 % / Mosaicity: 0.356 °
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5M DL-malic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.9792, 0.9790, 0.9600

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.979	1
3	0.96	1

Reflection

冗長度: 20.9 % / Av σ(I) over netI: 28.68 / 数: 305504 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.15 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14642 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.67	50	99.6	1	0.047	1.786	18.7
5.3	6.67	100	1	0.074	1.376	20.6
4.63	5.3	100	1	0.063	1.348	21.1
4.21	4.63	100	1	0.067	1.161	21.3
3.91	4.21	100	1	0.089	1.064	21.5
3.68	3.91	100	1	0.108	1.047	21.4
3.49	3.68	100	1	0.143	0.926	21.3
3.34	3.49	100	1	0.205	0.928	21.1
3.21	3.34	100	1	0.262	0.918	21
3.1	3.21	100	1	0.339	0.896	21

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 14605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 1.175 / Net I/σ(I): 28.684

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3.1-3.21	18.3	0.389	1401	1.028	100
3.21-3.34	18.3	0.302	1411	1.086	100
3.34-3.49	18.3	0.236	1431	1.048	100
3.49-3.68	18.4	0.161	1419	1.035	100
3.68-3.91	18.4	0.12	1451	1.033	100
3.91-4.21	18.4	0.098	1441	1.095	100
4.21-4.63	18.2	0.073	1458	1.149	100
4.63-5.3	18	0.07	1473	1.236	100
5.3-6.67	17.6	0.083	1495	1.267	100
6.67-50	15.9	0.05	1625	1.789	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	93.927	68.445	66.749	N	23.47	1
2	94.465	68.585	68.104	CA	23.47	1
3	93.529	67.88	69.096	C	23.47	1
4	92.443	67.415	68.722	O	23.47	1
5	93.669	67.863	70.214	N	23.47	1
6	93.304	67.212	71.469	CA	23.47	1
7	92.502	68.321	72.159	C	23.47	1
8	93.081	69.391	72.38	O	23.47	1
9	91.249	70.064	72.054	N	23.47	1
10	90.372	69.267	72.87	CA	23.47	1
11	90.261	69.68	74.323	C	23.47	1
12	89.992	70.846	74.661	O	23.47	1
13	90.254	68.948	75.169	N	23.47	1
14	90.386	68.957	76.64	CA	23.47	1
15	91.321	70.022	77.155	C	23.47	1
16	91.056	70.647	78.187	O	23.47	1
17	92.418	70.2	76.393	N	23.47	1
18	93.431	71.157	76.753	CA	23.47	1
19	92.907	72.562	76.73	C	23.47	1
20	93.129	73.289	77.7	O	23.47	1
21	92.133	72.845	75.66	N	23.47	1
22	91.465	74.121	75.421	CA	23.47	1
23	90.491	74.443	76.576	C	23.47	1
24	90.565	75.497	77.196	O	23.47	1
25	89.677	73.457	76.948	N	23.47	1
26	88.678	73.568	77.988	CA	23.47	1
27	89.277	73.763	79.347	C	23.47	1
28	88.79	74.595	80.097	O	23.47	1
29	90.339	73.076	79.716	N	23.47	1
30	90.958	73.335	80.991	CA	23.47	1
31	91.722	74.654	80.956	C	23.47	1
32	91.748	75.375	81.939	O	23.47	1
33	92.408	74.967	79.843	N	23.47	1
34	93.106	76.222	79.672	CA	23.47	1
35	92.145	77.399	79.818	C	23.47	1
36	92.488	78.371	80.49	O	23.47	1
37	90.962	77.059	79.279	N	23.47	1
38	89.767	77.819	79.098	CA	23.47	1
39	88.891	78.039	80.309	C	23.47	1
40	88.079	78.973	80.343	O	23.47	1
41	88.975	77.119	81.258	N	23.47	1
42	88.352	77.257	82.552	CA	23.47	1
43	89.458	77.881	83.444	C	23.47	1
44	90.624	78.066	83.091	O	23.47	1
45	89.083	78.258	84.721	N	23.47	1
46	90.02	78.876	85.668	CA	23.47	1
47	89.414	80.173	86.21	C	23.47	1
48	89.705	80.611	87.315	O	23.47	1
49	88.544	80.803	85.444	N	23.47	1
50	87.892	82.012	85.938	CA	23.47	1
51	87.091	81.605	87.174	C	23.47	1
52	86.943	80.428	87.494	O	23.47	1
53	91.065	60.647	95.214	N	23.47	1
54	89.953	61.269	94.656	CA	23.47	1
55	90.172	62.609	95.161	C	23.47	1
56	89.251	63.41	95.066	O	23.47	1
57	91.409	62.757	95.734	N	23.47	1
58	92.266	64.002	96.008	CA	23.47	1
59	92.565	64.987	94.846	C	23.47	1
60	93.519	64.872	94.201	O	23.47	1
61	91.699	65.969	94.63	N	23.47	1
62	91.598	66.842	93.456	CA	23.47	1
63	90.844	68.222	93.79	C	23.47	1
64	89.862	68.243	94.666	O	23.47	1
65	91.322	69.307	93.081	N	23.47	1
66	91.319	70.721	93.496	CA	23.47	1
67	90.843	71.984	92.646	C	23.47	1
68	91.406	72.4	91.587	O	23.47	1
69	89.817	72.605	93.21	N	23.47	1
70	89.722	74.012	93.322	CA	23.47	1
71	88.608	73.928	94.283	C	23.47	1
72	88.802	73.314	95.38	O	23.47	1
73	87.512	74.633	93.868	N	23.47	1
74	86.127	74.09	93.4	CA	23.47	1
75	85.896	72.901	92.332	C	23.47	1
76	84.971	72.142	92.484	O	23.47	1
77	86.705	72.631	91.316	N	23.47	1
78	86.357	71.517	90.466	CA	23.47	1
79	87.44	70.491	90.14	C	23.47	1
80	88.008	70.487	89.084	O	23.47	1
81	87.757	69.567	91.004	N	23.47	1
82	89.033	68.874	90.905	CA	23.47	1
83	88.881	67.459	90.406	C	23.47	1
84	87.765	66.891	90.472	O	23.47	1
85	90.023	66.895	89.965	N	23.47	1
86	90.083	65.795	89.036	CA	23.47	1
87	90.95	64.687	89.518	C	23.47	1
88	92.083	64.571	89.09	O	23.47	1
89	90.387	63.859	90.375	N	23.47	1
90	91.117	62.945	91.201	CA	23.47	1
91	91.647	61.622	90.667	C	23.47	1
92	90.927	60.755	90.173	O	23.47	1
93	92.999	61.396	90.81	N	23.47	1
94	93.615	60.168	90.342	CA	23.47	1
95	94.571	59.536	91.337	C	23.47	1
96	94.528	59.837	92.532	O	23.47	1
97	95.481	58.592	90.927	N	23.47	1
98	96.344	57.883	91.87	CA	23.47	1
99	97.782	57.713	91.41	C	23.47	1
100	98.102	57.837	90.222	O	23.47	1
101	98.719	57.466	92.355	N	23.47	1
102	100.12	57.316	92.025	CA	23.47	1
103	100.926	57.766	93.279	C	23.47	1
104	100.349	58.074	94.318	O	23.47	1
105	102.226	57.804	93.121	N	23.47	1
106	103.07	58.223	94.216	CA	23.47	1
107	102.651	59.591	94.649	C	23.47	1
108	102.187	60.415	93.862	O	23.47	1
109	102.231	60.375	95.463	N	23.47	1
110	101.706	61.705	95.548	CA	23.47	1
111	102.83	62.716	95.36	C	23.47	1
112	104.009	62.47	95.593	O	23.47	1
113	102.409	63.885	94.878	N	23.47	1
114	103.305	65.017	94.684	CA	23.47	1
115	102.531	66.33	94.813	C	23.47	1
116	101.323	66.337	94.658	O	23.47	1
117	103.513	68.841	89.81	N	23.47	1
118	102.537	69.01	90.909	CA	23.47	1
119	102.478	70.358	91.535	C	23.47	1
120	102.641	70.406	92.75	O	23.47	1
121	102.026	71.525	90.401	N	23.47	1
122	102.033	72.8	91.122	CA	23.47	1
123	101.817	73.792	90.06	C	23.47	1
124	101.376	73.416	88.948	O	23.47	1
125	102.139	75.033	90.382	N	23.47	1
126	101.994	76.203	89.48	CA	23.47	1
127	101.074	76.252	88.259	C	23.47	1
128	100.109	76.893	88.315	O	23.47	1
129	101.543	75.714	87.131	N	23.47	1
130	100.834	75.213	85.895	CA	23.47	1
131	100.614	76.11	84.74	C	23.47	1
132	100.221	77.156	84.88	O	23.47	1
133	100.892	75.753	83.572	N	23.47	1
134	101.824	74.848	83.18	CA	23.47	1
135	101.296	73.7	82.36	C	23.47	1
136	100.785	72.855	82.976	O	23.47	1
137	101.442	73.63	81.02	N	23.47	1
138	101.039	72.41	80.213	CA	23.47	1
139	102.147	71.746	79.28	C	23.47	1
140	102.357	72.153	78.15	O	23.47	1
141	102.813	70.709	79.792	N	23.47	1
142	104.097	70.21	79.367	CA	23.47	1
143	103.926	69.006	78.433	C	23.47	1
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359	101.706	72.273	84.541	C	23.47	1
360	102.881	72.07	84.227	O	23.47	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / WR_factor R_free: 0.257 / WR_factor R_work: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 11.123 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.357 / SU R_free: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	721	5 %	RANDOM
R_work	0.215	13713	-	-
obs	0.217	14434	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.41 Å² / B_iso mean: 44.126 Å² / B_iso min: 11.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1750	0	0	28	1778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.742	1.972	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.669	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.711	24.805	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.97	15	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.285	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.103	1.5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.612	2	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.196	3	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.323	4.5	605

LS精密化シェル

解像度: 3.102→3.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	53	-
R_work	0.309	949	-
all	-	1002	-
obs	-	-	99.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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