PDB-6be2: Crystal structure of a polysaccharide-binding human Fab (F598)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6be2

タイトル

Crystal structure of a polysaccharide-binding human Fab (F598)

要素

Fab (F598) Heavy Chain
Fab (F598) Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / human antibody / antigen binding fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Soliman, C. / Ramsland, P.A.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for antibody targeting of the broadly expressed microbial polysaccharide poly-N-acetylglucosamine.
著者: Soliman, C. / Walduck, A.K. / Yuriev, E. / Richards, J.S. / Cywes-Bentley, C. / Pier, G.B. / Ramsland, P.A.

履歴

登録	2017年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6be2.cif.gz	189.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6be2.ent.gz	149.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6be2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6be2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6be2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6be3C 6be4C 3mlxS 4lldS 5eorS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6w5a-d 1rz8-1 6med-2 4ygv-2 5vh4-2 6ugt-2 3qo0-d 5d6c-1 5ijk-1 6igu-d 5uix-d 4hdi-1 4ojf-d 4yho-d 5mu0-3 1ck0-d 5mu2-8 4s1d-3 6ele-2 5vh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab (F598) Heavy Chain

L: Fab (F598) Light Chain

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.837, 104.067, 104.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-386- HOH
2	1	L-426- HOH
3	1	L-552- HOH
4	1	L-556- HOH

#1: 抗体	Fab (F598) Heavy Chain 分子量: 24176.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab (F598) Light Chain 分子量: 23120.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 4000, 20% iso-propanol, 0.1 M sodium citrate pH5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→30.914 Å / Num. obs: 54253 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 25.19
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique obs: 8588 / CC_1/2: 0.877 / R_rim(I) all: 0.877 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LLD, 5EOR, 3MLX

4lld

5eor

3mlx

解像度: 1.7→30.914 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	2000	3.75 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1724	53356	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.914 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	0	539	3770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	4561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.985	1991
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.2925	142	0.2431	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7425-1.7896	0.2671	141	0.2307	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8423	0.2798	141	0.2302	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.9017	0.2817	142	0.2189	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9017-1.9697	0.2206	140	0.1968	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0486	0.2384	143	0.1888	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.1418	0.2194	141	0.1831	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.2547	0.2394	142	0.1808	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.3959	0.1987	144	0.1884	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3959-2.5808	0.2266	141	0.1834	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5808-2.8403	0.2175	144	0.1797	3705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8403-3.2509	0.1924	144	0.1748	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2509-4.0943	0.2006	145	0.1454	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0943-30.914	0.1729	150	0.1377	3848	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6867	0.4088	-0.1073	1.7162	0.166	1.3118	0.0317	0.2211	0.3736	-0.0545	0.0003	0.1691	-0.1697	-0.0626	-0.027	0.1792	0.0035	0.0196	0.1169	0.0233	0.1561	13.5849	29.5403	-3.5867
2	0.8675	-0.1804	-0.3811	1.9135	0.6673	4.321	0.2279	0.1359	-0.0074	-0.3058	0.1268	0.1147	-0.1621	-0.6288	-0.2105	0.2112	0.0326	0.0164	0.2944	0.0737	0.1894	25.401	15.4459	-26.3708
3	4.8881	0.0829	3.0797	3.3595	-0.5252	8.1341	0.1618	0.0539	0.0858	-0.2375	0.3317	0.4775	-0.4288	-0.5054	-0.2604	0.2266	0.0605	0.0417	0.2679	0.0985	0.2462	25.0149	15.443	-30.8968
4	1.744	0.5432	-0.0557	3.7453	1.0274	1.6895	-0.0209	0.1479	-0.0855	-0.0698	0.0644	0.0061	-0.0356	-0.0571	-0.0405	0.1213	-0.004	0.0023	0.1358	-0.0327	0.1608	1.5993	11.6462	-2.6906
5	6.7605	1.3043	-2.9115	1.1576	0.3642	2.9393	-0.2519	0.3834	-0.7147	-0.0584	0.0584	-0.1256	0.3228	-0.3068	0.1648	0.2311	-0.0327	0.0183	0.2334	-0.0156	0.2398	27.9232	-1.0435	-27.8696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 121 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 179 through 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 1 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 112 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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