PDB-6b5l: Structure of PfCSP peptide 20 with human protective antibody CIS43

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5l

タイトル

Structure of PfCSP peptide 20 with human protective antibody CIS43

要素

CIS43 Fab Heavy chain
CIS43 Fab Light Chain
PfCSP peptide 20: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Pancera, M. / Weidle, C.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite.
著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b5l.cif.gz	255.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b5l.ent.gz	219.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b5l_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b5l_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	6b5l_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6b5l_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b5mC 6b5nC 6b5oC 6b5pC 6b5rC 6b5sC 6b5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mv4-8 5jrp-d 5weq-d 5mv3-3 4xmk-3 5mvj-4 3bz4-1 1ad0-1 2dtm-d 6med-1 1rz8-2 5mv3-8 5mp1-1 6bzu-3 3inu-2 3qq9-1 5dq9-1 5trp-d 4jm4-d 5mu0-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CIS43 Fab Heavy chain

L: CIS43 Fab Light Chain

A: PfCSP peptide 20: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL

49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.942, 61.668, 75.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	CIS43 Fab Heavy chain 分子量: 24223.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CIS43 Fab Light Chain 分子量: 24138.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	PfCSP peptide 20: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL 分子量: 1166.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium 659 Acetate Trihydrate pH 4.6, 30% PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.142 Å / Num. obs: 15363 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 6.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→45.14 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	817	5.32 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.201	15352	93.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3408	0	0	65	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	4761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.009	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	542
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3959-2.546	0.3024	119	0.2579	1970	X-RAY DIFFRACTION	76
2.546-2.7426	0.3372	134	0.2596	2244	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7426-3.0186	0.2851	118	0.2472	2518	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0186-3.4552	0.2461	145	0.2194	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4552-4.3526	0.2142	154	0.1785	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3526-45.1499	0.2081	147	0.1655	2633	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7334	-0.8319	-0.9104	0.8516	-0.5084	6.4455	0.2029	-0.0814	-0.1945	-0.2071	-0.0372	0.3545	0.8225	-0.9775	-0.2301	0.4337	-0.1601	-0.0371	0.499	0.0634	0.3296	77.955	-10.6759	94.2297
2	7.5367	-1.9583	2.7126	5.9632	2.4051	6.2819	-0.7881	0.4684	0.627	-0.9611	0.6122	-0.2997	0.2244	-0.0104	0.3055	0.5089	0.0045	0.0347	0.3125	-0.0494	0.2896	85.0949	-2.6827	99.0538
3	6.2677	-0.0507	-2.0495	1.1657	0.6578	1.0264	-0.1033	-0.7298	0.6184	0.3118	0.0697	0.0425	0.0757	-0.5009	-0.5439	0.5906	0.0056	0.2288	0.7601	0.0136	0.4205	76.7609	-2.0023	104.7424
4	5.1541	-0.4746	0.6968	3.9747	1.6322	5.1619	0.5588	-0.4289	0.0097	-0.2768	-0.2908	0.1858	-0.1175	-1.2516	-0.0605	0.7805	-0.1536	0.2042	1.0877	-0.0606	0.4879	71.9712	-6.9982	97.781
5	5.6264	-2.3253	-1.3924	2.1124	0.0334	6.1578	0.4411	-0.144	-0.17	-0.044	-0.2814	0.4797	0.4256	0.1601	-0.1685	0.4395	-0.1541	-0.0535	0.3202	-0.0568	0.3166	83.6973	-8.3786	95.7828
6	2.7327	-1.8918	-0.6491	5.5458	1.7263	2.8605	0.1638	-0.0004	0.1813	-0.3805	-0.1108	-0.1318	-0.1311	0.0138	-0.0529	0.2242	-0.0123	0.0069	0.289	0.0476	0.2571	90.3646	-13.7991	69.9009
7	4.2704	-3.7671	-0.1804	7.5404	1.5991	0.7171	-0.0468	-0.0094	-0.3614	-0.0197	-0.0598	0.3753	0.2235	0.0596	0.1348	0.3224	-0.0507	-0.0093	0.2876	-0.0088	0.2895	88.5046	-21.4462	69.1784
8	3.4284	-2.958	-5.729	6.1162	5.0836	9.7957	0.3418	-0.1859	0.0892	-0.1627	0.0105	-0.4033	-0.4241	0.053	-0.4364	0.4178	-0.0847	-0.0772	0.412	0.0431	0.3768	106.5246	-5.1957	99.0158
9	3.2492	-1.0187	-1.9507	3.5283	-0.8695	5.8193	-0.156	-0.1916	-0.2624	0.1841	0.0496	-0.1093	1.1545	-0.0692	0.0585	0.4965	-0.1003	-0.0467	0.2702	0.0495	0.2944	97.3347	-12.7297	105.944
10	0.7101	-0.2861	-0.7553	-0.0703	0.0848	3.2325	0.0465	-0.1348	-0.0185	0.0874	0.1141	-0.0065	0.1211	0.3367	-0.1746	0.3529	-0.0632	-0.0154	0.1667	0.0225	0.3388	100.7377	-10.6971	88.5983
11	2.1828	-1.1895	1.5926	0.6157	-0.9311	4.6406	0.0788	0.0117	-0.0472	-0.0385	0.0965	0.2139	0.0943	0.2308	-0.1344	0.3389	-0.0401	0.033	0.2504	-0.0181	0.3499	103.7092	-8.4264	68.5019
12	4.1545	-0.6014	2.6391	0.2988	-1.1782	5.3632	0.0094	0.429	0.0551	-0.0375	0.1239	-0.0505	-0.0801	-0.009	-0.0627	0.4038	-0.0408	0.0734	0.2291	0.0006	0.3111	102.6456	-8.2168	57.1926
13	0.3294	0.855	0.9831	7.1533	8.0246	9.031	-0.2689	-0.0752	0.0742	1.0575	-0.5663	1.206	0.3392	-0.5841	0.5484	0.4752	-0.1052	-0.0208	0.4747	-0.0145	0.447	85.3166	-6.6199	113.4493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 41 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 53 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 64 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 83 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 112 through 175 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 176 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 26 through 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 62 through 128 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 129 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 175 through 212 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 1 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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