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- PDB-6ada: Crystal structure of the E148D mutant CLC-ec1 in 200mM bromide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ada
タイトルCrystal structure of the E148D mutant CLC-ec1 in 200mM bromide
要素
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
  • antibody Fab fragment, heavy chain
  • antibody Fab fragment, light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLC Cl-/H+ antiporter / intermediate structure / external glutamate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.153 Å
データ登録者Lim, H.-H. / Park, K.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future PlanningKBRI Basic Research Program #18-BR-01-02 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mutation of external glutamate residue reveals a new intermediate transport state and anion binding site in a CLC Cl-/H+antiporter.
著者: Park, K. / Lee, B.C. / Lim, H.H.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: antibody Fab fragment, heavy chain
D: antibody Fab fragment, light chain
E: antibody Fab fragment, heavy chain
F: antibody Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,89510
ポリマ－194,5766
非ポリマー3204
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: antibody Fab fragment, heavy chain
D: antibody Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4485
ポリマ－97,2883
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
E: antibody Fab fragment, heavy chain
F: antibody Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4485
ポリマ－97,2883
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.409, 99.956, 170.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 30 through 450)
21(chain B and resid 30 through 450)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 30 - 450 / Label seq-ID: 30 - 450

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 30 through 450)AA
2(chain B and resid 30 through 450)BB

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 50376.375 Da / 分子数: 2 / 変異: E148D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 antibody Fab fragment, heavy chain


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line
#3: 抗体 antibody Fab fragment, light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG400 26%(w/v), 100mM tris-SO4, 200mM NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 98122 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 87.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9800 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ENE

4ene


解像度: 3.153→33.969 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 33.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2897 4865 4.96 %
Rwork0.2307 --
obs0.2336 98022 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 195.05 Å2 / Biso mean: 92.4991 Å2 / Biso min: 46.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.153→33.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13241 0 4 0 13245
Biso mean--165.63 --
残基数----1751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2550X-RAY DIFFRACTION1.487TORSIONAL
12B2550X-RAY DIFFRACTION1.487TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.153-3.18880.47881560.40292976313295
3.1888-3.22630.38111470.373731663313100
3.2263-3.26560.43571560.364230673223100
3.2656-3.30690.42111810.352930403221100
3.3069-3.35030.44081960.336231573353100
3.3503-3.39620.36181590.32663089324899
3.3962-3.44470.36892090.316830993308100
3.4447-3.4960.39831180.283531173235100
3.496-3.55060.34691170.294231463263100
3.5506-3.60880.37911230.288531743297100
3.6088-3.67090.35831680.293831053273100
3.6709-3.73760.36681440.279131153259100
3.7376-3.80940.29781400.271831933333100
3.8094-3.8870.32041140.27931453259100
3.887-3.97140.3381820.265630953277100
3.9714-4.06370.37451640.26630943258100
4.0637-4.16510.30271180.24431683286100
4.1651-4.27750.2871880.220930823270100
4.2775-4.40310.27662040.203731173321100
4.4031-4.54490.25932040.20630763280100
4.5449-4.7070.2721810.196331093290100
4.707-4.89490.27681830.180230743257100
4.8949-5.1170.22311870.19730713258100
5.117-5.38580.23291940.178730863280100
5.3858-5.72170.26091820.185331233305100
5.7217-6.16110.24461160.194231563272100
6.1611-6.77660.23851720.1931273299100
6.7766-7.74710.20551950.171530453240100
7.7471-9.72240.22031240.16483161328599
9.7224-33.97050.29341430.23672984312795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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