PDB-6a0c: Structure of a triple-helix region of human collagen type III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a0c

タイトル

Structure of a triple-helix region of human collagen type III

要素

collagen type III peptide

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / collagen

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Characterization by high-resolution crystal structure analysis of a triple-helix region of human collagen type III with potent cell adhesion activity.
著者: Hua, C. / Zhu, Y. / Xu, W. / Ye, S. / Zhang, R. / Lu, L. / Jiang, S.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a0c.cif.gz	48.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a0c.ent.gz	37.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a0aC 2wuhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jec-d 6w46-d 1bkv-d 5yan-2 4dmt-d 1cgd-d 6ucl-d 6fpr-2 1eq7-d 1cag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: collagen type III peptide

B: collagen type III peptide

C: collagen type III peptide

ヘテロ分子

8.39 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.835, 14.133, 57.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	collagen type III peptide 分子量: 2743.960 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% PEG 400, 0.1M Na Acetate pH 4.6, 0.1M Cadmium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979304897 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979304897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 10258 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.21
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / R_merge(I) obs: 0.11 / Num. unique obs: 469

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WUH

2wuh

解像度: 1.501→18.911 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	523	5.1 %
R_work	0.1726	-	-
obs	0.1738	10246	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→18.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	577	0	10	115	702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.458	874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.84	377
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	80
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	120

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5011-1.652	0.2339	136	0.2019	2377	X-RAY DIFFRACTION	99
1.652-1.8909	0.2476	131	0.2006	2418	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8909-2.3816	0.2165	122	0.174	2444	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3816-18.9128	0.1631	134	0.1581	2484	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.492	-3.1786	2.4183	3.3482	-0.6424	6.9379	-0.0846	-0.8227	-0.6669	0.0181	0.288	-0.1469	0.6258	-0.289	-0.3038	0.1602	-0.0171	0.018	0.3357	0.0406	0.1917	29.8095	4.0084	36.2991
2	1.3776	-0.0155	2.1031	-0.0585	-0.2211	2.5064	-0.2558	-0.2387	0.2477	0.0975	-0.0693	0.0483	-0.4218	-0.2894	0.1645	0.1651	0.0082	-0.0332	0.1108	-0.0181	0.0868	4.6186	2.4177	11.3654
3	2.4831	-3.2138	1.4346	5.4977	-1.755	0.8759	-0.3015	0.4788	0.5006	-1.0433	-0.3791	1.6854	-0.3816	-0.9603	0.2121	0.1646	0.0379	-0.1835	0.3871	-0.0845	0.5297	-18.5706	-1.3302	-9.1481
4	1.6964	1.2681	1.8158	4.3568	2.2722	2.2034	-0.4344	-0.07	1.0586	0.4818	-0.0311	-0.8571	-0.1892	0.5547	0.3578	0.2969	-0.0797	-0.0946	0.3911	-0.0734	0.351	32.0742	8.099	37.1656
5	8.8997	2.0231	8.7212	1.7974	2.1587	9.6424	-0.1675	0.3668	0.0462	0.0558	0.2384	-0.1497	-0.2941	0.6193	0.0501	0.1642	-0.0056	0.015	0.17	-0.0268	0.1212	13.4395	1.9821	18.1993
6	2.2237	-0.4169	2.0336	0.5896	0.1208	2.3666	0.0044	-0.317	-0.0311	-0.0063	-0.0455	0.0901	0.3555	-0.7488	0.0222	0.1224	-0.0174	0.0193	0.1624	-0.001	0.1191	-5.5944	-1.769	5.1505
7	8.6463	-0.5317	6.5217	1.6999	-0.1879	4.9448	-0.2995	-0.3809	0.3571	0.0023	-0.1214	0.1458	-0.2605	-0.7611	0.41	0.134	0.0229	-0.0118	0.1973	-0.0496	0.1995	-14.4812	2.6616	-5.7489
8	2.2349	2.0255	2.0914	7.8349	4.5347	3.1091	-0.0758	0.0991	0.1291	0.2021	0.1559	0.009	-0.4032	0.9607	0.0195	0.2189	-0.0535	0.0197	0.5759	-0.0087	0.2483	36.6602	7.6785	35.7719
9	2.089	3.5081	0.8572	5.9547	2.0133	8.6661	0.281	-0.239	-0.942	0.1739	-0.1934	-0.4309	0.4631	0.8718	-0.2748	0.2601	-0.036	-0.0976	0.1632	0.0366	0.2379	19.0576	0.6774	26.6437
10	8.591	-1.7351	6.4082	1.2218	-1.3327	4.4715	-0.3975	-0.4973	0.2	0.2765	0.0954	0.0169	-0.2515	-0.36	0.3111	0.127	0.0375	-0.0028	0.1263	-0.0167	0.1086	0.5567	2.2553	11.6968
11	3.4704	-0.7023	4.5893	8.0053	0.7498	7.2208	0.2598	0.0859	0.2164	-0.3481	-0.7104	0.4205	-0.028	-0.2857	0.1973	0.0994	0.0745	-0.0091	0.1487	-0.0864	0.1568	-11.2712	0.9533	-8.9867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 30 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 7 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 24 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 7 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 9 through 13 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 14 through 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 25 through 30 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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