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万見
- PDB-5zst: NifS from Hydrogenimonas thermopile in a persulfurated form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zst
タイトルNifS from Hydrogenimonas thermopile in a persulfurated form
要素Cysteine desulfurase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenimonas thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H04472 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2018年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase
B: Cysteine desulfurase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6422
ポリマ－92,6422
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.940, 136.940, 98.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))
21(chain B and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEU(chain A and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))AA0 - 3103 - 313
12ASPASPSERSER(chain A and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))AA312 - 384315 - 387
21HISHISLEULEU(chain B and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))BB0 - 3103 - 313
22ASPASPSERSER(chain B and (resid 0 through 310 or resid 312 through 384))BB312 - 384315 - 387

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase / NifS


分子量: 46321.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenimonas thermophila (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216234_11013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I5NEH3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% (w/v) PEG 8000, 5mM L-Cysteine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.61 Å / Num. obs: 37536 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.799 % / Biso Wilson estimate: 55.89 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 11.49 / Num. measured all: 217677 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.25.8710.9752.0519938340233960.7461.0799.8
3.2-3.35.8790.6922.8517648301130020.8720.75999.7
3.3-3.45.8760.6233.1715577265126510.8850.684100
3.4-3.55.3940.4824.3312832238623790.9130.53699.7
3.5-3.65.8740.3615.3312558214121380.9520.39699.9
3.6-3.75.5220.3136.4410287186718630.9590.34699.8
3.7-3.85.8910.2577.3210120171917180.9720.28399.9
3.8-3.95.3090.2298.778150154215350.9680.25599.5
3.9-45.6920.2218.837827137713750.980.24399.9
4-65.8910.12314.487247512306123020.9930.135100
6-105.8820.05726.3323922406740670.9980.063100
10-45.615.7140.03145.336343111911100.9990.03499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EG5

1eg5


解像度: 3.1→45.61 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1882 5.02 %
Rwork0.2019 35631 -
obs0.2036 37513 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.77 Å2 / Biso mean: 59.2349 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 0 23 6035
Biso mean---28.72 -
残基数----773
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2332X-RAY DIFFRACTION6.56TORSIONAL
12B2332X-RAY DIFFRACTION6.56TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1003-3.18410.36441470.319527522899100
3.1841-3.27780.31121400.289127032843100
3.2778-3.38350.26071490.257827882937100
3.3835-3.50440.33121440.29492701284599
3.5044-3.64470.27571440.23327342878100
3.6447-3.81050.27471480.225127492897100
3.8105-4.01130.27161430.228227412884100
4.0113-4.26240.20591460.182127392885100
4.2624-4.59120.2231430.163927392882100
4.5912-5.05270.16741470.161427372884100
5.0527-5.78260.17991480.167527622910100
5.7826-7.28070.21661420.179527242866100
7.2807-45.61470.1891410.145127622903100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2587-1.95511.22123.1666-0.69751.342-0.2705-0.09390.00890.24590.1686-0.2253-0.0918-0.2780.09180.38320.00590.06510.45010.02650.2548-60.288317.576312.6863
22.7153-0.56781.88882.57880.36252.97360.1512-0.0019-0.197-0.33950.01730.05980.3726-0.0451-0.1920.4251-0.06760.05670.42850.02090.336-77.47178.4341-7.3301
30.80630.04811.31342.5650.97462.46320.0157-0.162-0.204-0.10760.03850.36620.123-0.4531-0.05870.3297-0.04220.07040.38970.04110.3948-81.701214.9953-0.5495
42.01522.2861.5453.73311.43412.81880.111-0.5454-1.2246-0.2499-0.0286-0.17490.71940.0842-0.12150.64050.08150.04180.41190.08230.4565-68.75732.24354.7654
50.7972-1.94540.78126.0117-3.54532.6618-0.06760.007-0.18230.64140.14220.5971-0.275-0.2636-0.07740.29810.0440.03430.5805-0.03350.282-73.737330.72258.8224
63.52940.8334-0.28263.691-0.90233.3833-0.09210.22230.0799-0.38790.07120.30950.2228-0.20840.01770.41630.05310.05130.4414-0.04790.3219-77.11735.6496-10.2874
74.4897-0.1242-0.50175.8629-2.9675.7985-0.20850.28860.5534-0.0744-0.12730.2447-0.8213-0.32190.31640.29560.0671-0.04390.3712-0.02560.3535-70.582147.4373-10.3646
81.2388-0.84060.26542.4375-0.11351.22550.11360.301-0.2109-0.6411-0.1786-0.38530.40260.33850.05290.54240.09220.16020.4997-0.00130.4185-49.78351.7388-5.0992
92.007-2.2082-2.81454.88473.89086.75420.9181.15530.5063-0.8514-0.5248-0.4823-1.03570.1555-0.38480.6786-0.00480.0610.6835-0.00490.487-56.57497.592-13.6243
102.1597-1.17850.70272.9736-1.53362.0577-0.0320.1829-0.2875-0.1976-0.2077-0.57070.38240.44290.22630.41120.09120.12430.50420.00030.525-40.1062-5.119713.0163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 57 )A-1 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 131 )A58 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 211 )A132 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 212 through 241 )A212 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 242 through 278 )A242 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 360 )A279 - 360
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 361 through 386 )A361 - 386
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 211 )B0 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 212 through 231 )B212 - 231
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 232 through 384 )B232 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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