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万見
- PDB-2po3: Crystal Structure Analysis of DesI in the presence of its TDP-sug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2po3
タイトルCrystal Structure Analysis of DesI in the presence of its TDP-sugar product
要素4-dehydrase
キーワードTRANSFERASE / external aldimine / PLP / aminotransferase / TDP-sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydro-6-deoxyglucose aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...dTDP-4-dehydro-6-deoxyglucose aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T4K / 4-dehydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Molecular Architecture of DesI: A Key Enzyme in the Biosynthesis of Desosamine
著者: Burgie, E.S. / Holden, H.M.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-dehydrase
B: 4-dehydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5134
ポリマ－90,9602
非ポリマー1,5532
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.5, 66.8, 242.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains one homodimer comprising subunits A and B

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要素

#1: タンパク質 4-dehydrase


分子量: 45480.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: desI / プラスミド: pET31b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS 174 DE3 / 参照: UniProt: Q9ZGH0
#2: 化合物 ChemComp-T4K / (2R,3R,4S,5S,6R)-3,4-DIHYDROXY-5-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)IMINO]-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL [(2R,3S,5R)-3-HYDROXY-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 776.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35N4O19P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: sitting drop (batch) / pH: 8
詳細: 7 mg/ml DesI, 75 mM NaCl, 150 mM LiCl, 14%PEG 8000, 10 mM dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-alpha,D-glucose, 5 mM HEPES, 50 mM HEPPS, pH 8.0, Sitting drop (batch), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月19日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 59056 / Num. obs: 56057 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.08→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7630 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROTEUM PLUSデータ収集
PHASER位相決定
TNT精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OGA

2oga


解像度: 2.1→44.84 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 5599 -random
Rwork0.18 ---
all0.184 57438 --
obs0.184 55830 97.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5942 0 100 593 6635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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