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- PDB-5zsq: NifS from Hydrogenimonas thermophila, soaked with L-cysteine for 4 min -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zsq | |||||||||
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Title | NifS from Hydrogenimonas thermophila, soaked with L-cysteine for 4 min | |||||||||
![]() | Cysteine desulfurase | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cysteine desulfurase | |||||||||
Function / homology | ![]() cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nakamura, R. / Fujishiro, T. / Takahashi, Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray snapshots of two classes of cysteine desulfurase enzymes NifS and SufS Authors: Fujishiro, T. / Nakamura, R. / Takahashi, Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 317.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 256.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zsrC ![]() 5zssC ![]() 1eg5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 0 - 385 / Label seq-ID: 3 - 388
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 46289.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% (v/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 24, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.21→45.007 Å / Num. obs: 17458 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.845 % / Biso Wilson estimate: 75.65 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rrim(I) all: 0.208 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 199285 / Scaling rejects: 58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1EG5 Resolution: 3.211→45.007 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.53 Å2 / Biso mean: 77.3635 Å2 / Biso min: 22.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.211→45.007 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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