PDB-5zgt: Crystal structure of NDM-1 at pH7.5 (HEPES) with 2 molecules per ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zgt

タイトル

Crystal structure of NDM-1 at pH7.5 (HEPES) with 2 molecules per asymmetric unit

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1.
著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q.

履歴

登録	2018年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年12月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zgt.cif.gz	228.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zgt.ent.gz	181.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zgt_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zgt_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	5zgt_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	5zgt_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zgeC 5zgfC 5zgiC 5zgpC 5zgqC 5zgrC 5zguC 5zgvC 5zgwC 5zgxC 5zgyC 5zgzC 5zh1C 3q6x PDB 未公開エントリS 5xp6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zgv-1 5zh1-1 5zgu-1 1w11-d 5ekv-1 6r79-1 5xg4-d 2m5d-d 4lw3-d 2viw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (5) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (5)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.691, 73.475, 66.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.87 % / Mosaicity: 0.426 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97941 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97941 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 119756 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.356 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.22	6.7	0.444	5913	0.908	1	98.9
1.22-1.24	6.7	0.391	5908	0.912	1	98.5
1.24-1.27	6.7	0.362	5980	0.919	1	98.9
1.27-1.29	6.8	0.32	5935	0.921	1	99.2
1.29-1.32	6.8	0.277	5933	0.934	1	98.9
1.32-1.35	6.8	0.243	5980	0.945	1	99.2
1.35-1.39	6.9	0.216	5964	0.953	1	99.6
1.39-1.42	6.9	0.193	5980	0.997	1	99.3
1.42-1.46	6.9	0.168	5947	1.06	1	99.5
1.46-1.51	6.9	0.148	5979	1.169	1	99.3
1.51-1.57	7	0.136	6005	1.297	1	99.4
1.57-1.63	7	0.123	6006	1.438	1	99.8
1.63-1.7	7	0.109	5995	1.627	1	99.5
1.7-1.79	7	0.091	5983	1.684	1	99.5
1.79-1.9	7	0.069	6018	1.577	1	99.8
1.9-2.05	6.8	0.055	5984	1.591	1	99.4
2.05-2.26	7.6	0.049	6060	1.826	1	100
2.26-2.59	7.7	0.045	6042	2.026	1	100
2.59-3.26	7.7	0.037	6054	2.074	1	100
3.26-50	7.4	0.03	6090	1.863	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.953 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0343 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.032
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1329	6005	5 %	RANDOM
R_work	0.1144	-	-	-
obs	0.1153	113625	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.37 Å² / B_iso mean: 14.018 Å² / B_iso min: 5.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3572	0	24	656	4252
B_iso mean	-	-	19.18	29.32	-
残基数	-	-	-	-	481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.941	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.937	3	8280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.618	24.713	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.446	15	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.273	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.838	3	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.197	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.373	5	7622

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.231 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.165	429	-
R_work	0.153	8234	-
all	-	8663	-
obs	-	-	97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8695	-1.0053	-4.1803	7.9316	0.6988	7.3543	0.097	0.2566	0.4756	-0.2536	0.3798	-0.1976	-0.4077	-0.1656	-0.4768	0.0813	-0.07	-0.0261	0.1122	0.0742	0.1498	-4.549	32.8913	33.4849
2	1.5835	0.3835	-0.3926	2.2125	-0.2601	1.9831	-0.0356	0.0916	-0.0243	-0.1963	-0.023	0.1526	0.01	-0.1142	0.0585	0.0313	0.0007	-0.0284	0.0284	-0.0193	0.0398	9.7187	31.2911	31.6429
3	0.7533	0.006	0.2169	1.1076	0.1409	0.7424	0.005	-0.0333	0.0486	0.018	-0.0482	0.0813	0.0188	-0.0294	0.0432	0.0261	-0.0086	0.0051	0.0219	-0.0095	0.0213	17.0252	33.8539	42.0036
4	1.1083	0.111	0.3532	4.0061	-0.0002	0.785	-0.0067	0.0139	0.105	0.0105	-0.0274	-0.2909	0.0547	0.071	0.0341	0.0346	-0.003	-0.0031	0.01	0.0037	0.0328	26.9953	27.7414	50.1087
5	0.8949	0.2775	0.1812	1.3315	0.3604	0.8832	0.0465	-0.0267	-0.0451	0.0604	-0.0383	0.0126	0.0811	-0.0256	-0.0083	0.0435	-0.006	0.0001	0.0056	0.0031	0.0133	21.6348	18.1771	39.9686
6	7.5658	0.1606	-2.3655	2.3077	0.1167	2.982	-0.0062	-0.0785	-0.0941	-0.1228	-0.0346	-0.2005	0.1229	0.2997	0.0408	0.056	0.0098	-0.0013	0.0382	0.0072	0.0309	25.8579	10.8356	31.2173
7	8.4416	0.0412	-3.6216	0.0979	0.6479	6.1848	0.0588	-0.0509	0.5014	-0.0255	0.0408	0.0187	-0.2425	0.2347	-0.0996	0.0292	0.0122	-0.0036	0.0503	-0.0044	0.0677	28.6453	32.759	15.7488
8	2.9515	-1.5289	-0.1645	3.0605	0.3254	2.1849	-0.1051	-0.1857	0.0569	0.2581	0.0293	-0.0082	-0.2141	-0.0874	0.0758	0.057	0.0045	-0.0245	0.0271	-0.001	0.0444	11.722	32.4587	17.5705
9	1.0687	0.108	0.2652	1.1763	0.0898	0.8244	-0.0575	0.0684	0.0648	-0.0675	-0.0115	-0.1439	-0.0843	0.0985	0.069	0.0223	-0.0118	-0.0012	0.014	0.0132	0.0283	9.7196	32.5355	6.3657
10	1.1432	0.221	0.8598	2.455	0.2253	1.3215	-0.0316	-0.0122	0.1316	-0.122	-0.0431	0.2744	-0.0499	-0.0978	0.0747	0.0357	-0.0017	-0.016	0.0224	-0.0026	0.0425	-2.7936	25.5934	-1.1354
11	0.7781	-0.2834	0.2768	0.9401	-0.1755	0.6718	-0.0046	-0.0069	-0.0146	-0.0049	-0.014	-0.0065	0.0252	0.0123	0.0186	0.0222	-0.0054	0.0067	0.011	-0.0033	0.0145	3.5805	16.2274	10.3355
12	7.7085	0.5546	-0.394	1.3231	-0.6024	2.8386	-0.0714	-0.0815	-0.2516	0.0452	0.0803	0.1032	-0.0084	-0.2529	-0.0089	0.0333	0.0065	0.0219	0.0295	0.014	0.0322	-3.1748	10.0484	21.2887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	149 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	169 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	255 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	29 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	44 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	72 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	138 - 166
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	167 - 256
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	257 - 270

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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