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万見
- PDB-5yj8: Identification of a small molecule inhibitor for the Tudor domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yj8
タイトルIdentification of a small molecule inhibitor for the Tudor domain of TDRD3
要素Tudor domain-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Transcriptional coactivator / complex / inhibitor / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topological change / methylated histone binding / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromatin binding / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / UBA/TS-N domain / Tudor domain / Tudor domain ...: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / UBA/TS-N domain / Tudor domain / Tudor domain / Ubiquitin associated domain / SH3 type barrels. - #140 / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(aminomethyl)-1,3-dimethyl-benzimidazol-2-one / Tudor domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Liu, J. / Ruan, K.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural plasticity of the TDRD3 Tudor domain probed by a fragment screening hit.
著者: Liu, J. / Zhang, S. / Liu, M. / Liu, Y. / Nshogoza, G. / Gao, J. / Ma, R. / Yang, Y. / Wu, J. / Zhang, J. / Li, F. / Ruan, K.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tudor domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4343
ポリマ－7,1471
非ポリマー2872
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.974, 50.974, 42.087
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

SO4

21A-837-

HOH

31A-838-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tudor domain-containing protein 3


分子量: 7147.088 Da / 分子数: 1 / 断片: Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9H7E2
#2: 化合物 ChemComp-8W9 / 5-(aminomethyl)-1,3-dimethyl-benzimidazol-2-one


分子量: 191.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N3O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→40 Å / Num. obs: 6495 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 123251
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.7915.70.5042950.970.1270.520.45596.1
1.79-1.8218.20.4583230.9780.1080.4710.45899.4
1.82-1.8619.10.413140.9140.0960.4210.58998.7
1.86-1.919.90.3523200.980.080.3610.541100
1.9-1.9419.60.3043200.9850.0690.3120.54598.2
1.94-1.9819.50.2433070.9930.0560.2490.483100
1.98-2.0318.40.1953240.9930.0460.20.52799.1
2.03-2.0918.90.1783200.9080.0430.1830.588100
2.09-2.1520.30.173180.9940.0380.1740.5199.1
2.15-2.2220.10.1523340.9950.0340.1560.45799.1
2.22-2.319.90.1273090.9970.0290.130.457100
2.3-2.3918.90.1233280.9770.0290.1271.23599.7
2.39-2.518.40.1073210.9920.0260.1111.02399.7
2.5-2.6319.30.13310.9880.0230.1031.05999.7
2.63-2.7919.90.0773250.9980.0170.0790.429100
2.79-3.0119.90.0713320.9890.0160.0731.30699.7
3.01-3.31180.0593260.9960.0140.0611.075100
3.31-3.7919.80.0623350.9830.0140.0642.993100
3.79-4.7718.40.0463390.9990.0110.0472.101100
4.77-4017.40.0553740.9910.0140.0573.833100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PMT

3pmt


解像度: 1.762→30.462 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 635 9.8 %
Rwork0.1866 --
obs0.1906 6480 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.76 Å2 / Biso mean: 26.5879 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.762→30.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数504 0 19 38 561
Biso mean--29.5 31.96 -
残基数----60
LS精密化 シェル解像度: 1.7621→1.8982 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2248 132
Rwork0.1876 1227
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6418-3.51040.95933.4288-1.19631.87320.1102-0.16520.2561-0.0123-0.1323-0.35520.01360.1990.05820.2014-0.0274-0.0010.24650.01870.1632-26.255925.19951.4155
28.9411.06691.66762.1397-0.01683.7759-0.28190.45650.5681-0.04980.1589-0.1753-0.15530.54530.10460.20990.00580.03570.28130.00670.2138-8.652717.56722.6664
37.8424-2.0991-1.54233.23430.8964.876-0.12010.38990.1092-0.0466-0.0966-0.03990.1293-0.01050.18510.2059-0.0099-0.02680.2351-0.00010.1846-16.171415.43415.5858
43.0611-1.12582.87814.0293-0.62183.1875-0.18990.24970.46870.1259-0.1224-0.2124-0.23450.21850.33050.18050.010.0190.23970.00040.3085-15.236819.01614.9429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 549 through 560 )A549 - 560
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 561 through 570 )A561 - 570
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 571 through 595 )A571 - 595
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 596 through 608 )A596 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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