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万見
- PDB-5xmy: Crystal structure of TAF3 PHD finger bound to H3K4me3Q5ser -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmy
タイトルCrystal structure of TAF3 PHD finger bound to H3K4me3Q5ser
要素
  • Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 3
キーワードTRANSCRIPTION / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein location in nucleus / histone H3K4me3 reader activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation ...maintenance of protein location in nucleus / histone H3K4me3 reader activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription regulator inhibitor activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / male germ cell nucleus / mRNA transcription by RNA polymerase II / p53 binding / nuclear membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein heterodimerization activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of TAF3 PHD finger bound to H3K4me3Q5ser
著者: Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
P: Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
D: Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4808
ポリマ－16,2194
非ポリマー2624
水1,928107
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
P: Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2404
ポリマ－8,1092
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4880 Å2
手法PISA
2
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
D: Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2404
ポリマ－8,1092
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.982, 48.096, 52.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAFII140


分子量: 7290.298 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD finger, UNP residues 853-915 / 変異: Y856M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / プラスミド: pSUMOH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#2: タンパク質・ペプチド Histone peptide H3(1-15)K4me3Q5ser


分子量: 818.961 Da / 分子数: 2 / 断片: H3 peptide 1-15 / 変異: K4 trimethylation Q5 serotonylation / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized H3K4me3 peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MES, 0.1 M imidazole, PH6.5, 15% PEGMME 550, 15% PEG 20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2015年3月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 14658 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.233 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.735.20.8561.195199.4
1.73-1.765.20.7161.254198.9
1.76-1.795.10.6191.259198
1.79-1.835.20.5161.375199
1.83-1.875.10.4481.441199.6
1.87-1.915.10.3571.512198.8
1.91-1.965.20.2891.522198.9
1.96-2.025.20.2331.677199.7
2.02-2.075.10.1781.814198.3
2.07-2.145.20.1661.8931100
2.14-2.225.20.1352.164199.6
2.22-2.315.20.1222.188199.2
2.31-2.415.20.0972.323199.7
2.41-2.545.20.0982.597199.6
2.54-2.750.0843.027199.6
2.7-2.9150.0713.365199.7
2.91-3.24.90.0623.765199.3
3.2-3.664.70.053.522199.7
3.66-4.614.80.0433.55199.5
4.61-504.40.0463.802196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_2689精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C13

5c13


解像度: 1.699→25.274 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 729 4.98 %
Rwork0.1816 --
obs0.1835 14642 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.07 Å2 / Biso mean: 43.3708 Å2 / Biso min: 17.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.699→25.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1104 0 4 107 1215
Biso mean--39.76 47.98 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9151560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.568665
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6993-1.83050.2971570.23482699285697
1.8305-2.01470.2841430.22132759290299
2.0147-2.3060.271290.20712818294799
2.306-2.90470.25731450.211428082953100
2.9047-25.2770.18291550.15292829298499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.390.1163-0.44281.0654-0.20960.6134-0.27660.60890.2630.25910.21250.0237-0.0046-0.03280.03190.2007-0.03930.00160.2390.0630.262-2.18415.672313.3828
21.0806-0.2360.03910.5247-0.71380.43720.0066-0.201-0.0495-0.2028-0.0721-0.046-0.0360.111-0.05750.26710.0019-0.00060.14650.03370.26131.1491-2.444522.0763
30.5260.15330.22020.29940.20010.6760.1656-0.1602-0.106-0.3469-0.5036-0.03730.338-0.0132-0.28640.25910.02380.04020.14150.04970.29591.2121-6.840324.19
40.1583-0.0740.11920.2466-0.06440.5363-0.0947-0.3643-0.20960.30710.12060.02190.23690.15560.00350.33540.00560.02020.30550.10510.3282-1.6937-7.090133.8662
50.0542-0.0743-0.01080.05060.04120.00670.0719-0.0991-1.2739-0.03450.3292-0.4646-0.48070.9180.00020.31550.012-0.10730.5261-0.00140.555110.91920.353932.5961
60.1156-0.32620.08021.0829-0.43251.12850.2245-0.1831-0.202-0.31180.53031.42160.3261-1.18590.03290.2185-0.022-0.0520.2890.09970.4126-7.8167-4.727624.7273
70.5076-0.74610.24741.3105-0.2290.5983-0.14610.49370.12260.1115-0.1055-0.06990.0983-0.3866-0.12670.2014-0.0390.02210.4602-0.03430.2953-16.53245.077513.7015
81.14690.07860.53950.76910.93771.1717-0.0181-0.26950.4253-0.1337-0.23890.12790.3856-0.7859-0.0850.3546-0.04970.00120.644-0.03660.231-19.25580.7845-2.4061
90.24470.2168-0.02470.18450.08160.085-0.23790.0214-0.0750.2709-0.2645-0.40180.72410.9068-0.01090.38820.05310.01640.6723-0.05620.3504-10.57830.2979-0.3018
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 855 through 868 )A855 - 868
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 869 through 890 )A869 - 890
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 891 through 897 )A891 - 897
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 898 through 911 )A898 - 911
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 912 through 917 )A912 - 917
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 7 )P1 - 7
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 855 through 868 )C855 - 868
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 869 through 915 )C869 - 915
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 7 )D1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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