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万見
- PDB-5mfy: RBM5 OCRE domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mfy
タイトルRBM5 OCRE domain
要素RNA-binding protein 5
キーワードSPLICING / ocre
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding ...regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others ...RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Warner, L.R. / Mourao, A. / Soni, K. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the recognition of spliceosomal SmN/B/B' proteins by the RBM5 OCRE domain in splicing regulation.
著者: Mourao, A. / Bonnal, S. / Soni, K. / Warner, L. / Bordonne, R. / Valcarcel, J. / Sattler, M.
履歴
登録2016年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4371
ポリマ－7,4371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4940 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 5 / OCRE / Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal ...OCRE / Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-9


分子量: 7436.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 451-511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM5, H37, LUCA15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52756

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
241isotropic22D 1H-13C HSQC
251isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
181isotropic13D HNCA
171isotropic13D HNCO
161isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
2111isotropic1HECB Kay
2101isotropic1HDCB Kay
2141isotropic23D 1H-13C NOESY
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ocre5, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O
Label: ocre5_apo / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMocre5[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
10 %D2Onatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
170 mMH2O6.51 atm298 K
270 mM100% D2O6.5 pD1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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