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- PDB-5xgg: Crystal Structure C-terminal SH3 domain of Myosin IB from Entamoe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgg
タイトルCrystal Structure C-terminal SH3 domain of Myosin IB from Entamoeba histolytica
要素Unconventional myosin IB
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / SH3 / MyosinI / Entamoeba histolytica / EhMySH3
機能・相同性
機能・相同性情報


phagosome reneutralization / lateral pseudopodium retraction / phagocytic cup lip / regulation of post-lysosomal vacuole size / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I complex / chemotaxis to cAMP / pinocytosis / leading edge of lamellipodium ...phagosome reneutralization / lateral pseudopodium retraction / phagocytic cup lip / regulation of post-lysosomal vacuole size / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I complex / chemotaxis to cAMP / pinocytosis / leading edge of lamellipodium / myosin light chain binding / actin-myosin filament sliding / actomyosin / filopodium assembly / endosomal transport / microfilament motor activity / exocytosis / phagocytosis / actin filament organization / filopodium / cell motility / phospholipid binding / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / early endosome / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SH3 Domains ...Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin IB
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Gautam, G. / Gourinath, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
SERB インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the PEG-bound SH3 domain of myosin IB from Entamoeba histolytica reveals its mode of ligand recognition
著者: Gautam, G. / Rehman, S.A.A. / Pandey, P. / Gourinath, S.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin IB
B: Unconventional myosin IB
C: Unconventional myosin IB
D: Unconventional myosin IB
E: Unconventional myosin IB
F: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3308
ポリマ－46,1376
非ポリマー1922
水11,638646
1
A: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
2
B: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7862
ポリマ－7,6901
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
3
C: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4760 Å2
手法PISA
4
D: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7862
ポリマ－7,6901
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4720 Å2
手法PISA
5
E: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
6
F: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.110, 77.670, 61.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Unconventional myosin IB / Unconventional myosin ib


分子量: 7689.563 Da / 分子数: 6 / 断片: SH3 domain, UNP residues 995-1049 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: CL6EHI_110810, EHI_110810 / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LUC7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2M ammonium sulphate, 5% v/v isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→77.67 Å / Num. obs: 101866 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.027 / Rsym value: 0.11 / Χ2: 1.94 / Net I/av σ(I): 25.2 / Net I/σ(I): 4.17
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.185 / Rsym value: 0.43 / Χ2: 0.82 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4iim

4iim


解像度: 1.72→58.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.099 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21878 2512 5.1 %RANDOM
Rwork0.18458 ---
obs0.18627 47114 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.72→58.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 10 649 3720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9364293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0436679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4225374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86226.346156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74615521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5341.2011514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5261.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2731.791882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2731.7911883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8841.5521642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.881.5491635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3542.1822399
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.76213.364226
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.89311.3533751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.721→1.766 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 170 -
Rwork0.212 3511 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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