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- PDB-2ydl: Crystal structure of SH3C from CIN85 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydl
タイトルCrystal structure of SH3C from CIN85
要素SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity ...Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / endocytosis / cell-cell junction / cell migration / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / regulation of cell shape / Clathrin-mediated endocytosis / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / focal adhesion / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bravo, J. / Cardenes, N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Distinct Ubiquitin Binding Modes Exhibited by SH3 Domains: Molecular Determinants and Functional Implications.
著者: Ortega Roldan, J.L. / Casares, S. / Ringkjobing Jensen, M. / Cardenes, N. / Bravo, J. / Blackledge, M. / Azuaga, A.I. / Van Nuland, N.A.J.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0351
ポリマ－8,0351
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.828, 47.828, 70.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 SH3 DOMAIN-CONTAINING KINASE-BINDING PROTEIN 1 / CD2-BINDING PROTEIN 3 / CD2BP3 / CBL-INTERACTING PROTEIN OF 85 KDA / HUMAN SRC FAMILY KINASE- ...CD2-BINDING PROTEIN 3 / CD2BP3 / CBL-INTERACTING PROTEIN OF 85 KDA / HUMAN SRC FAMILY KINASE-BINDING PROTEIN 1 / HSB-1 / CIN85


分子量: 8034.963 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 C, RESIDUES 270-328 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIRD SH3 DOMAIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96B97
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M CITRATE PH 5.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER FR530 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月4日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→26.78 Å / Num. obs: 5991 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 8.31
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SEM

1sem


解像度: 2.05→41.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.67 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25222 275 4.6 %RANDOM
Rwork0.20515 ---
obs0.2074 5715 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数547 0 0 56 603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.934763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.856565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92425.16131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4151590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.269152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9511.5332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8042537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6043230
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3344.5226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.047→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 15 -
Rwork0.27 417 -
obs--94.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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