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万見
- PDB-1sem: STRUCTURAL DETERMINANTS OF PEPTIDE-BINDING ORIENTATION AND OF SEQ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sem
タイトルSTRUCTURAL DETERMINANTS OF PEPTIDE-BINDING ORIENTATION AND OF SEQUENCE SPECIFICITY IN SH3 DOMAINS
要素
  • 10-RESIDUE PROLINE-RICH PEPTIDE FROM MSOS (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG)
  • SEM-5
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / SRC-HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN / PEPTIDE-BINDING PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling ...Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / Insulin receptor signalling cascade / MET activates RAS signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOU GTPase cycle / FLT3 Signaling / PIP3 activates AKT signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EGFR Transactivation by Gastrin / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Downstream signal transduction / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / regulation of nematode larval development / Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Regulation of signaling by CBL / regulation of vulval development / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell projection organization / male genitalia development / COP9 signalosome / epidermal growth factor receptor binding / muscle organ development / regulation of MAPK cascade / phosphotyrosine residue binding / regulation of cell migration / epidermal growth factor receptor signaling pathway / signal transduction / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. ...Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sex muscle abnormal protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lim, W.A. / Richards, F.M. / Fox, R.O.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structural determinants of peptide-binding orientation and of sequence specificity in SH3 domains.
著者: Lim, W.A. / Richards, F.M. / Fox, R.O.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The Sh2 and SH3 Domains of Mammalian Grb2 Couple the Egf Receptor to the Ras Activator Msos1
著者: Rozakis-Adcock, M. / Fernley, R. / Wade, J. / Pawson, T. / Bowtell, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: C. Elegans Cell-Signalling Gene Sem-5 Encodes a Protein with Sh2 and SH3 Domains
著者: Clark, S.G. / Stern, M.J. / Horvitz, H.R.
履歴
登録1995年3月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEM-5
B: SEM-5
C: 10-RESIDUE PROLINE-RICH PEPTIDE FROM MSOS (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG)
D: 10-RESIDUE PROLINE-RICH PEPTIDE FROM MSOS (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8004
ポリマ－15,8004
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.912, 68.410, 35.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SEM-5


分子量: 6799.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: GRB2 / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29355
#2: タンパク質・ペプチド 10-RESIDUE PROLINE-RICH PEPTIDE FROM MSOS (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG)


分子量: 1100.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
由来についての詳細MOLECULE_NAME: MSOS, 10-RESIDUE PEPTIDE (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG). PEPTIDE IS FROM ...MOLECULE_NAME: MSOS, 10-RESIDUE PEPTIDE (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG). PEPTIDE IS FROM BIOLOGICAL SEQUENCE, BUT IS CHEMICALLY SYNTHESIZED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
215 mMsodium acetate1drop
352.5 %satammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
55 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月24日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 6912 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→7 Å / σ(F): 2
詳細: SSBOND CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF DTT; DISULFIDE BOND THOUGHT TO FORM AFTER INITIAL EXPOSURE TO X-RAYS; CAUSED STABLE SHIFT IN UNIT CELL DIMENSIONS.
Rfactor反射数
Rwork0.189 -
obs0.189 6912
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 0 67 1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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