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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y52 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Highly Active BTUO Mutant P287G Improved by Humidity Control at 83% RH | ||||||
![]() | Uric acid degradation bifunctional protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Protein engineering / Oxidase / pH dependence / enzyme activation / flexibility / loop plasticity | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Itoh, T. / Kishimoto, T. / Nishiya, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Flexibility of Plastic Interface Loop Allows Entropic Adaptation of Urate Oxidase to Environmental pH 著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Fukada, H. / Kishimoto, T. / Nishiya, Y. #1: ![]() タイトル: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase 著者: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. #2: ![]() タイトル: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity 著者: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 704.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 593 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 497 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 500 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wlvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 37869.586 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 172-502 / 変異: P287G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q45697, 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, factor-independent urate hydroxylase |
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-非ポリマー , 5種, 1374分子 ![](data/chem/img/AZA.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AZA / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 16% PEG 8000, 0.08M K2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 163621 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 8264 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.31 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3wlv 解像度: 1.63→37.756 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.196 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→37.756 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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