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- PDB-3wlv: Thermostable urate oxidase from Bacillus sp. TB-90 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wlv
タイトルThermostable urate oxidase from Bacillus sp. TB-90
要素Urate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tunnel fold motif / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase ...2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / : / Uric acid degradation bifunctional protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.747 Å
データ登録者Hibi, T. / Hayashi, Y. / Itoh, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase.
著者: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urate oxidase
B: Urate oxidase
C: Urate oxidase
D: Urate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,68916
ポリマ－142,6644
非ポリマー1,02512
水18,2851015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25290 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area42660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.571, 144.635, 70.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-578-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Urate oxidase / Uricase


分子量: 35666.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

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非ポリマー , 5種, 1027分子

#2: 化合物
ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 0.07M potassium sulfate, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.747→30 Å / Num. all: 138848 / Num. obs: 138568 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 56.8
反射 シェル解像度: 1.747→1.78 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 6893 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.747→19.924 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8562 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 6834 5.02 %random
Rwork0.1586 ---
all0.1933 136282 --
obs0.1602 136257 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.05 Å2 / Biso mean: 21.1897 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1904 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.747→19.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9618 0 60 1015 10693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27913723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2153636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7473-1.76710.2612160.1951394691
1.7671-1.78790.24892220.1916431799
1.7879-1.80970.24042160.2003430098
1.8097-1.83260.26612250.1945426798
1.8326-1.85670.23132390.1964425398
1.8567-1.88210.24552280.2003414396
1.8821-1.9090.22142290.1862430898
1.909-1.93740.23152310.1709431499
1.9374-1.96770.28242170.1822429698
1.9677-1.99990.20982140.1807421698
1.9999-2.03440.21742200.1802430398
2.0344-2.07130.20932280.1656430698
2.0713-2.11110.19482470.1618424298
2.1111-2.15420.19982400.1603428998
2.1542-2.20090.21452190.1553429198
2.2009-2.25210.2022320.1583431799
2.2521-2.30830.19682260.1547429898
2.3083-2.37060.18532170.1559430397
2.3706-2.44030.19082370.1562433098
2.4403-2.51890.18842220.1543429198
2.5189-2.60870.19152260.1569430398
2.6087-2.71290.21232220.1591434599
2.7129-2.83610.18932340.1613437499
2.8361-2.98510.19362220.1606438699
2.9851-3.17140.18242280.1633439899
3.1714-3.41520.18822540.1559439699
3.4152-3.75680.17162400.1472442699
3.7568-4.29570.13622370.1358442299
4.2957-5.39430.12992280.1199449399
5.3943-19.92560.19962180.1749455096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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