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- PDB-7cuc: Crystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cuc | ||||||
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Title | Crystal Structure of Urate Oxidase from Bacillus sp. TB-90 in the absence from Chloride Anion at 1.44 A resolution | ||||||
![]() | Uric acid degradation bifunctional protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / catalytic mechanism / water structure / enzyme kinetics / enzyme structure / conformational flexibility / quasi-stable water molecule | ||||||
Function / homology | ![]() 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hibi, T. / Itoh, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Identification of quasi-stable water molecules near the Thr73-Lys13 catalytic diad of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase by X-ray crystallography with controlled humidity. Authors: Hibi, T. / Itoh, T. #1: ![]() Title: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase. Authors: Hibi, T. #2: ![]() Title: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity. Authors: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 470.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 322.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cufC ![]() 7cugC ![]() 3wlvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 35823.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase |
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-Non-polymers , 6 types, 710 molecules ![](data/chem/img/AZA.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MXE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MXE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MXE / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 50.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 16%(w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/H2SO4, pH 8.3, 0.09 M K2SO4, 2mM 8-azaxanthine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER R 4M / Detector: PIXEL / Date: Jan 17, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.44→50 Å / Num. obs: 126484 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 18.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.44→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3941 / CC1/2: 0.83 / Rrim(I) all: 0.572 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WLV Resolution: 1.44→37.87 Å / SU ML: 0.1725 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.104 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.202 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.44→37.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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