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Yorodumi- PDB-5y52: Crystal Structure of Highly Active BTUO Mutant P287G Improved by ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y52 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Highly Active BTUO Mutant P287G Improved by Humidity Control at 83% RH | ||||||
Components | Uric acid degradation bifunctional protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Protein engineering / Oxidase / pH dependence / enzyme activation / flexibility / loop plasticity | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.63 Å | ||||||
Authors | Itoh, T. / Kishimoto, T. / Nishiya, Y. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Conformational Flexibility of Plastic Interface Loop Allows Entropic Adaptation of Urate Oxidase to Environmental pH Authors: Hibi, T. / Itoh, T. / Fukada, H. / Kishimoto, T. / Nishiya, Y. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase Authors: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y. #2: Journal: Biochemistry / Year: 2016 Title: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity Authors: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y52.cif.gz | 704.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y52.ent.gz | 593 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y52.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y52_validation.pdf.gz | 497 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y52_full_validation.pdf.gz | 500 KB | Display | |
Data in XML | 5y52_validation.xml.gz | 56.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5y52_validation.cif.gz | 85 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/5y52 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wlvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 37869.586 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 172-502 / Mutation: P287G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus sp. (strain TB-90) (bacteria) / Strain: TB-90 / Gene: uao / Production host: Escherichia coli DH5alpha (bacteria) / Strain (production host): DH5alpha References: UniProt: Q45697, 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, factor-independent urate hydroxylase |
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-Non-polymers , 5 types, 1374 molecules
#2: Chemical | ChemComp-AZA / #3: Chemical | ChemComp-OXY / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1M Tris-HCl, 16% PEG 8000, 0.08M K2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.63→50 Å / Num. obs: 163621 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.63→1.66 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 8264 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.31 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3wlv Resolution: 1.63→37.756 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.196 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.63→37.756 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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