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- PDB-5xg9: Crystal Structure of PEG-bound SH3 domain of Myosin IB from Entam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xg9
タイトルCrystal Structure of PEG-bound SH3 domain of Myosin IB from Entamoeba histolytica
要素Unconventional myosin IB
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / SH3 / MyosinI / Entamoeba histolytica / PEG-bound SH3 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phagosome reneutralization / lateral pseudopodium retraction / phagocytic cup lip / regulation of post-lysosomal vacuole size / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I complex / chemotaxis to cAMP / pinocytosis / leading edge of lamellipodium ...phagosome reneutralization / lateral pseudopodium retraction / phagocytic cup lip / regulation of post-lysosomal vacuole size / actin wave / macropinocytic cup cytoskeleton / myosin I complex / chemotaxis to cAMP / pinocytosis / leading edge of lamellipodium / myosin light chain binding / actin-myosin filament sliding / actomyosin / filopodium assembly / endosomal transport / microfilament motor activity / exocytosis / phagocytosis / filopodium / actin filament organization / cell motility / phospholipid binding / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / early endosome / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SH3 Domains ...Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / Unconventional myosin IB
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Gautam, G. / Gourinath, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
SERB インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the PEG-bound SH3 domain of myosin IB from Entamoeba histolytica reveals its mode of ligand recognition
著者: Gautam, G. / Rehman, S.A.A. / Pandey, P. / Gourinath, S.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Unconventional myosin IB
A: Unconventional myosin IB
C: Unconventional myosin IB
D: Unconventional myosin IB
E: Unconventional myosin IB
F: Unconventional myosin IB
G: Unconventional myosin IB
H: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,98819
ポリマ－61,5178
非ポリマー4,47111
水10,539585
1
B: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1493
ポリマ－7,6901
非ポリマー1,4602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4050 Å2
手法PISA
2
A: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1773
ポリマ－7,6901
非ポリマー1,4882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4210 Å2
手法PISA
3
C: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5855
ポリマ－7,6901
非ポリマー8954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
4
D: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9562
ポリマ－7,6901
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
5
E: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4190 Å2
手法PISA
6
F: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3980 Å2
手法PISA
7
G: Unconventional myosin IB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0523
ポリマ－7,6901
非ポリマー3622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4080 Å2
手法PISA
8
H: Unconventional myosin IB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6901
ポリマ－7,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.462, 79.611, 88.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 BACDEFGH

#1: タンパク質
Unconventional myosin IB / Unconventional myosin ib


分子量: 7689.563 Da / 分子数: 8 / 断片: SH3 domain, UNP residues 995-1049 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: CL6EHI_110810, EHI_110810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LUC7

-
非ポリマー , 5種, 596分子

#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→74.5 Å / Num. obs: 58363 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.28 / Rrim(I) all: 0.55 / Rsym value: 0.471 / Χ2: 0.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XGG

5xgg


解像度: 1.78→74.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.09 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22804 2892 5 %RANDOM
Rwork0.18253 ---
obs0.18485 55453 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å2-0 Å2-0.95 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→74.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3777 0 149 586 4512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.024014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.9795400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02738814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6495463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3526.957184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74815660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3082.2721876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3072.2711875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1813.3812331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1813.3822332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9862.832136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9852.832136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7684.0073069
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.04620.9264879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.04520.9324880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.783→1.829 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 183 -
Rwork0.226 3817 -
obs--91.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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