PDB-6zx7: Antiparallel basket-type G-quadruplex DNA structure formed in hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zx7

タイトル

Antiparallel basket-type G-quadruplex DNA structure formed in human Bcl-2 promoter

要素

bcl2ex

キーワード

DNA / bcl2 / G-quadruplex / promoter

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Bielskute, S. / Plavec, J. / Podbevsek, P.

資金援助

スロベニア, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Oxidative lesions modulate G-quadruplex stability and structure in the human BCL2 promoter.
著者: Bielskute, S. / Plavec, J. / Podbevsek, P.

履歴

登録	2020年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zx7.cif.gz	191.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zx7.ent.gz	156.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zx7_validation.pdf.gz	511.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zx7_full_validation.pdf.gz	542.7 KB	表示
XML形式データ	6zx7_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	6zx7_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zx6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pwt-d 2lj0-d 1fyn-d 5xg9-1 1gcp-1 2jvo-d 1uj0-d 3c0c-d 2l15-d 5oav-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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インテグラーゼ (Integrase)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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DNA (DNA)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: bcl2ex

7.96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	12 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	bcl2ex 分子量: 7961.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	2	isotropic	2	2D 1H-13C HSQC aromatic

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	0.7 mM NA bcl2ex, 90% H2O/10% D2O	bcl2ex	90% H2O/10% D2O
solution	2	0.7 mM NA bcl2ex, 100% D2O	bcl2ex_100%D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.7 mM	bcl2ex	NA	1
0.7 mM	bcl2ex	NA	2

試料状態

イオン強度: 90 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7 / 圧: 101 325 Pa / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian DD2	Varian	DD2	800	1
Varian DD2	Varian	DD2	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	structure calculation
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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