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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xf6 | ||||||
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タイトル | Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nucleosome / Histone adduct / Ruthenium compound / Binuclear metal-based agent / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, Z. / Adhireksan, Z. / Murray, B.S. / Dyson, P.J. / Davey, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nucleosome acidic patch-targeting binuclear ruthenium compounds induce aberrant chromatin condensation 著者: Davey, G.E. / Adhireksan, Z. / Ma, Z. / Riedel, T. / Sharma, D. / Padavattan, S. / Rhodes, D. / Ludwig, A. / Sandin, S. / Murray, B.S. / Dyson, P.J. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13907.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44749.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44740.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 29分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/RUD.gif)
![](data/chem/img/EDN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/RUD.gif)
![](data/chem/img/EDN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MG / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-EDN / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | The dinuclear ruthenium antitumour compound [en linker] is composed of RUD-EDN-RUD. RUD-EDN-RUD ...The dinuclear ruthenium antitumour compound [en linker] is composed of RUD-EDN-RUD. RUD-EDN-RUD form the complete ligand and are linked with peptide bonds. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→48.81 Å / Num. obs: 60682 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 31.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.77 Å / 冗長度: 2.4 % / % possible all: 71.6 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3MNN 解像度: 2.63→47.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.307 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.63→47.15 Å
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拘束条件 |
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