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万見
- PDB-5x67: Human thymidylate synthase in complex with dUMP and nolatrexed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x67
タイトルHuman thymidylate synthase in complex with dUMP and nolatrexed
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / dihydrofolate reductase activity / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Z9 / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Chen, D. / Jansson, A. / Larsson, A. / Nordlund, P.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Nanyang Technological UniversityM060080004.70301200 シンガポール
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of human thymidylate synthase reveal a site that may control conformational switching between active and inactive states.
著者: Chen, D. / Jansson, A. / Sim, D. / Larsson, A. / Nordlund, P.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6936
ポリマ－66,5082
非ポリマー1,1854
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.290, 108.290, 106.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TSase


分子量: 33254.125 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-7Z9 / 2-azanyl-6-methyl-5-pyridin-4-ylsulfanyl-3H-quinazolin-4-one / Nolatrexed / 2-Amino-6-methyl-5-(4-pyridylthio)-1H-quinazolin-4-one / ノラトレキセド


分子量: 284.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N4OS / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM sodium calcodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.013 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→48.22 Å / Num. obs: 35533 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 560607 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.13-2.2150.8674084727180.8730.2280.8974.394.4
9.06-48.2212.40.04269085550.9990.0120.04337.299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.2.14データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I00

1i00


解像度: 2.13→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.108 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 1693 4.8 %RANDOM
Rwork0.1535 ---
obs0.156 33804 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.81 Å2 / Biso mean: 22.127 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4593 0 80 267 4940
Biso mean--14.91 28.81 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.9786516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041310327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2855574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69523.392227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35215798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.551536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021159
LS精密化 シェル解像度: 2.135→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 106 -
Rwork0.19 2320 -
all-2426 -
obs--93.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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