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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ib7 | ||||||
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Title | Crystal structure of full length Rv0805 | ||||||
![]() | Icc protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallophosphoesterase / alpha-beta fold / swapped-dimer | ||||||
Function / homology | ![]() 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / : / cell wall modification / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding ...2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / : / cell wall modification / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / manganese ion binding / iron ion binding / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podobnik, M. / Dermol, U. | ||||||
![]() | ![]() Title: A mycobacterial cyclic AMP phosphodiesterase that moonlights as a modifier of cell wall permeability Authors: Podobnik, M. / Tyagi, R. / Matange, N. / Dermol, U. / Gupta, A.K. / Mattoo, R. / Seshadri, K. / Visweswariah, S.S. #1: ![]() Title: Structural and biochemical analysis of the Rv0805 cyclic nucleotide phosphodiesterase from Mycobacterium tuberculosis Authors: Shenoy, A.R. / Capuder, M. / Draskovic, P. / Lamba, D. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M. #2: Journal: Biochemistry / Year: 2005 Title: The Rv0805 gene from Mycobacterium tuberculosis encodes a 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase: biochemical and mutational analysis Authors: Shenoy, A.R. / Sreenath, N. / Podobnik, M. / Kovacevic, M. / Visweswariah, S.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 434.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ib8C ![]() 2hy1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 35526.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O06629, UniProt: P9WP65*PLUS, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase |
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-Non-polymers , 6 types, 299 molecules ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FE / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-MN / | ||||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-BTB / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.59 % / Mosaicity: 0.217 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Bis-Tris, amm. acetate, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Fixed exit double crystal (Si), horizontally focussing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 54354 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3547 / Χ2: 1.003 / % possible all: 99.6 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2HY1 Resolution: 1.6→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.262 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.04 Å2 / Biso mean: 25.518 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→32.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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