PDB-6qxg: Crystal structure of His-tag human thymidylate synthase (HT-hTS) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qxg

タイトル

Crystal structure of His-tag human thymidylate synthase (HT-hTS) in complex with FdUMP

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / human thymidylate synthase / folate pathway / inhibitor / FdUMP

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Mangani, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Structural Comparison ofEnterococcus faecalisand Human Thymidylate Synthase Complexes with the Substrate dUMP and Its Analogue FdUMP Provides Hints about Enzyme Conformational Variabilities.
著者: Pozzi, C. / Ferrari, S. / Luciani, R. / Tassone, G. / Costi, M.P. / Mangani, S.

履歴

登録	2019年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qxg.cif.gz	364.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qxg.ent.gz	303.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qxg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6qxhC 6qxsC 6qyaC 1hwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qxh-1 3hb8-3 5noo-2 6qxh-2 3gg5-2 5h39-d 3ihi-d 5x5d-1 5x5a-1 3gg5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

113 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.220, 61.980, 169.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 37168.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂FN₂O₈P / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 27-30 % wt/vol PEG4000, 30 mM ammonium sulfate and 0.1 M TRIS, pH 9

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月29日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→33.37 Å / Num. obs: 63324 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.05 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9136 / CC_1/2: 0.851 / R_pim(I) all: 0.287 / R_rim(I) all: 0.617 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HWY

1hwy

解像度: 2.08→32.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 10.979 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.168

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2248	3181	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.18326	59309	97.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.927 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.305 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→32.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6786	0	68	413	7267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	7036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.01	1.651	9547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.282	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.439	21.394	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.199	15	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.412	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.609	1.45	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.214	2.153	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.086	1.737	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.935	20.265	10456
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	243	-
R_work	0.277	4378	-
obs	-	-	98.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2214	-0.7319	-2.1589	0.32	0.5524	2.5943	0.0223	0.1512	0.2432	-0.0044	-0.0437	-0.0212	-0.1245	-0.0702	0.0214	0.9355	0.0765	-0.1198	0.7251	-0.0282	0.918	31.3283	-16.7735	16.0875
2	4.4723	0.0848	-1.8222	8.5325	-8.1612	8.4845	-0.3085	0.6519	-0.3983	0.0473	-0.0685	-0.211	0.0675	-0.1759	0.377	0.9069	-0.0183	-0.0164	0.9135	-0.1456	0.7252	45.555	-27.659	7.726
3	1.654	-0.4795	-0.4453	0.2747	0.5609	1.6162	0.04	0.275	0.1918	-0.0681	-0.0722	0.0549	-0.1637	-0.13	0.0322	0.9304	0.0482	-0.0687	0.7202	-0.0886	0.8427	37.9067	-23.105	19.8627
4	1.3237	-0.1329	2.0478	0.979	0.1779	3.3689	0.2558	-0.2517	0.112	-0.0313	-0.3735	-0.0685	0.3844	-0.7216	0.1178	0.8288	-0.0672	-0.0653	0.8758	-0.0571	0.8581	23.2188	-29.6489	25.8413
5	2.0423	-1.6041	1.0559	1.9402	-0.1048	1.3292	0.112	-0.3264	-0.0788	0.1199	0.1147	0.0058	0.3761	-0.2572	-0.2268	1.161	-0.1429	-0.1489	0.6155	0.0139	0.7961	31.1111	-43.7521	32.6229
6	4.3507	-3.2669	-0.9105	2.8174	-0.0382	1.7161	0.6991	0.1016	0.4611	-0.977	-0.0588	0.0028	0.8578	-0.244	-0.6403	1.2884	-0.0932	-0.1757	0.5082	-0.0973	0.8025	34.6404	-47.0293	21.8316
7	0.9025	-1.312	-1.3601	3.8738	4.1288	5.1252	0.3732	-0.084	0.3226	0.032	-0.0374	-0.1567	1.0254	0.0717	-0.3358	1.5936	0.0622	-0.0654	0.2353	-0.0158	0.6048	43.5963	-52.8474	23.7482
8	2.4734	0.0368	0.8781	0.3863	0.8493	2.1579	0.2736	-0.136	0.3799	0.0888	-0.0125	-0.1895	0.4561	-0.1557	-0.2611	1.1772	-0.0179	-0.0808	0.5946	-0.0533	0.7841	40.596	-40.1783	34.2604
9	0.3282	-1.0618	0.2651	6.4053	0.4875	0.8949	0.1171	-0.131	0.1089	0.0149	-0.1049	-0.2716	0.2923	-0.202	-0.0122	1.0888	0.0001	-0.0464	0.6472	-0.0073	0.8069	43.7093	-45.3914	40.1062
10	0.3322	-0.1003	-0.8275	2.0738	0.2714	2.1128	0.0136	-0.0503	0.0865	0.117	0.1475	-0.1751	0.1848	-0.0325	-0.1611	0.9227	0.0213	-0.0642	0.8271	-0.1366	0.7999	40.7232	-26.282	43.8219
11	23.0134	6.6881	23.8487	4.6246	6.0117	25.0476	0.6974	2.0547	2.1025	0.5323	-2.6935	1.1037	0.7468	3.278	1.9961	0.9055	-0.1672	0.1132	4.2264	-0.4171	0.2828	50.8617	-41.1314	30.78
12	2.6851	-3.7707	-1.7574	10.8228	0.6737	1.7511	0.0875	-0.0234	-0.0928	-0.1642	-0.1307	0.1162	0.0207	-0.0313	0.0433	0.8743	0.0131	-0.0247	0.7936	-0.0421	0.8266	42.832	-37.4125	25.4425
13	1.064	0.7009	0.2521	0.7328	0.6456	2.2521	0.1208	-0.0913	-0.0177	-0.0126	0.131	0.0353	0.0702	0.0263	-0.2519	0.9009	0.0403	-0.0376	0.7064	-0.0934	0.8454	37.2432	-23.3245	31.744
14	0.5029	0.2429	0.5475	0.1344	0.3645	1.5777	0.0447	-0.0084	0.0221	-0.0443	-0.0035	0.0403	0.0896	-0.2022	-0.0412	0.9223	0.025	-0.0716	0.7471	-0.0856	0.8432	32.1534	-26.2067	26.4388
15	0.2475	0.4708	-0.6826	1.6672	0.0538	4.9136	0.0497	-0.1072	0.0944	-0.2207	-0.2704	0.2709	-0.1817	-0.0395	0.2207	0.7677	0.1217	-0.0869	0.8926	-0.0447	0.8515	20.7508	-21.5493	17.6566
16	0.2244	0.5992	0.3442	1.6247	0.9241	0.5558	0.1132	-0.0293	0.0247	0.2163	-0.0735	-0.0476	0.2382	-0.1629	-0.0397	0.8217	-0.0996	0.0427	0.9031	0.0176	0.7713	21.9844	-32.4745	43.4463
17	6.283	-0.4842	-1.7082	1.821	-1.7328	2.4154	-0.0264	-0.4191	-0.2284	0.004	0.2828	0.3005	0.03	-0.1737	-0.2565	0.8703	-0.0795	-0.0217	0.8543	0.0563	0.7954	22.0548	-37.6799	40.5289
18	5.4777	-7.3409	6.4842	10.3645	-7.9902	8.7439	-0.1227	-0.1651	-0.0984	0.3325	0.0462	0.3414	-0.2033	-0.2792	0.0765	0.7634	-0.1083	0.0159	0.9361	-0.0292	0.8234	16.829	-30.4781	34.0084
19	0.4698	0.8101	-1.0895	2.1013	0.0267	8.1019	-0.0694	0.021	0.0277	-0.1638	0.0049	0.2749	-0.1589	-0.3379	0.0645	0.7822	0.0445	-0.0884	0.9529	-0.0792	0.8306	16.8578	-27.5879	18.217
20	5.663	-3.9418	-6.1796	2.7565	4.3259	6.8069	-0.3848	-0.2783	-0.3533	0.2121	0.1082	0.2392	0.2707	0.1926	0.2766	0.7447	0.016	-0.0741	0.8995	-0.0116	0.9509	29.4049	-34.8904	11.2069
21	3.6729	0.4212	-3.0407	0.1942	-0.7282	3.8845	-0.0408	0.1338	0.5592	0.0484	0.0599	0.0956	-0.0603	-0.0164	-0.0191	0.9444	-0.0023	-0.0258	0.5469	-0.081	1.0593	45.2016	-3.3074	28.5185
22	0.5841	-2.0115	1.184	12.6097	-7.2749	4.2042	0.2057	-0.3049	0.0539	0.4715	-0.3158	-0.1062	-0.2956	0.1153	0.1101	0.9594	0.056	-0.0195	0.8223	-0.26	0.8016	43.6522	-11.4478	48.2376
23	1.3009	-0.1601	-1.1176	0.0481	0.3587	3.7191	-0.1977	0.068	0.4121	-0.053	0.0071	0.0515	-0.2093	-0.1074	0.1906	0.9404	0.0184	-0.0236	0.6331	-0.1224	0.9169	46.2581	-11.1424	30.2069
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	26 - 36
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	45 - 49
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	50 - 57
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	58 - 68
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	69 - 80
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	81 - 98
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	99 - 109
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	110 - 118
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	119 - 125
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	126 - 146
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	147 - 152
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	153 - 160
54	X-RAY DIFFRACTION	54	C	161 - 174
55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	175 - 205
56	X-RAY DIFFRACTION	56	C	206 - 262
57	X-RAY DIFFRACTION	57	C	263 - 273
58	X-RAY DIFFRACTION	58	C	274 - 296
59	X-RAY DIFFRACTION	59	C	297 - 304
60	X-RAY DIFFRACTION	60	C	305 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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