PDB-5x5a: Human thymidylate synthase bound with phosphate ion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x5a

タイトル

Human thymidylate synthase bound with phosphate ion

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Chen, D. / Jansson, A. / Larsson, A. / Nordlund, P.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of human thymidylate synthase reveal a site that may control conformational switching between active and inactive states
著者: Chen, D. / Jansson, A. / Sim, D. / Larsson, A. / Nordlund, P.

履歴

登録	2017年2月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x5a.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x5a.ent.gz	278.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x5a_validation.pdf.gz	483 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x5a_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	5x5a_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	5x5a_validation.cif.gz	80.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/5x5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x4wC 5x4xC 5x4yC 5x5dC 5x5qC 5x66C 5x67C 5x69C 1i00S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5x5d-2 6qxh-2 6qxg-1 2rda-3 6y08-d 5x66-3 5x5q-1 5x5d-1 3ihi-d 4xsd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

200 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.533, 109.533, 317.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	26 - 312	3 - 289
2	1	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	26 - 312	3 - 289
1	2	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	2	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	3	HIS	HIS	PRO	PRO	A	A	28 - 305	5 - 282
2	3	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	4	HIS	HIS	PRO	PRO	A	A	28 - 305	5 - 282
2	4	HIS	HIS	PRO	PRO	E	E	28 - 305	5 - 282
1	5	HIS	HIS	PRO	PRO	A	A	28 - 305	5 - 282
2	5	HIS	HIS	PRO	PRO	F	F	28 - 305	5 - 282
1	6	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	26 - 305	3 - 282
2	6	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	7	HIS	HIS	PRO	PRO	B	B	28 - 305	5 - 282
2	7	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	8	HIS	HIS	PRO	PRO	B	B	28 - 305	5 - 282
2	8	HIS	HIS	PRO	PRO	E	E	28 - 305	5 - 282
1	9	HIS	HIS	PRO	PRO	B	B	28 - 305	5 - 282
2	9	HIS	HIS	PRO	PRO	F	F	28 - 305	5 - 282
1	10	HIS	HIS	PRO	PRO	C	C	28 - 305	5 - 282
2	10	HIS	HIS	PRO	PRO	D	D	28 - 305	5 - 282
1	11	HIS	HIS	PRO	PRO	C	C	28 - 305	5 - 282
2	11	HIS	HIS	PRO	PRO	E	E	28 - 305	5 - 282
1	12	HIS	HIS	PRO	PRO	C	C	28 - 305	5 - 282
2	12	HIS	HIS	PRO	PRO	F	F	28 - 305	5 - 282
1	13	HIS	HIS	THR	THR	D	D	28 - 306	5 - 283
2	13	HIS	HIS	THR	THR	E	E	28 - 306	5 - 283
1	14	HIS	HIS	THR	THR	D	D	28 - 306	5 - 283
2	14	HIS	HIS	THR	THR	F	F	28 - 306	5 - 283
1	15	HIS	HIS	THR	THR	E	E	28 - 306	5 - 283
2	15	HIS	HIS	THR	THR	F	F	28 - 306	5 - 283

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 33254.125 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM sodium calcodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.7749 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 66303 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 672785

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	10.3	0.498	6156	0.96	0.149	0.522	0.85	81.6
2.49-2.59	10.3	0.433	6140	0.967	0.131	0.454	0.855	81
2.59-2.7	10.1	0.339	6170	0.981	0.103	0.356	0.877	81.6
2.7-2.85	10	0.263	6166	0.985	0.08	0.276	0.908	81.1
2.85-3.02	9.9	0.197	6178	0.992	0.06	0.207	0.95	81.2
3.02-3.26	9.7	0.138	6194	0.996	0.043	0.145	1.006	81.2
3.26-3.58	9.5	0.1	6363	0.998	0.031	0.105	1.098	82.7
3.58-4.1	8.6	0.075	7096	0.998	0.024	0.079	1.098	91.8
4.1-5.16	9.2	0.06	7771	0.999	0.02	0.063	1.037	99.4
5.16-30	13.4	0.049	8069	0.999	0.014	0.051	0.83	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I00

1i00

解像度: 2.39→20.348 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 8.67 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2508	3226	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2166	-	-	-
obs	0.2183	62381	85.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.31 Å² / B_iso mean: 36.823 Å² / B_iso min: 15.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.39→20.348 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13567	0	30	233	13830
B_iso mean	-	-	44.64	31.9	-
残基数	-	-	-	-	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	13959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.961	18903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.731	23.451	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.007	15	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.203	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10742

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18876	0.05
1	2	B	18876	0.05
2	1	A	18570	0.05
2	2	C	18570	0.05
3	1	A	18252	0.05
3	2	D	18252	0.05
4	1	A	18292	0.05
4	2	E	18292	0.05
5	1	A	18236	0.06
5	2	F	18236	0.06
6	1	B	18504	0.05
6	2	C	18504	0.05
7	1	B	18300	0.05
7	2	D	18300	0.05
8	1	B	18288	0.05
8	2	E	18288	0.05
9	1	B	18110	0.06
9	2	F	18110	0.06
10	1	C	18226	0.05
10	2	D	18226	0.05
11	1	C	18168	0.06
11	2	E	18168	0.06
12	1	C	18228	0.06
12	2	F	18228	0.06
13	1	D	18412	0.05
13	2	E	18412	0.05
14	1	D	18260	0.05
14	2	F	18260	0.05
15	1	E	18234	0.05
15	2	F	18234	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.394→2.456 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	204	-
R_work	0.263	3928	-
all	-	4132	-
obs	-	-	73.73 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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