PDB-5x69: Human thymidylate synthase with a fragment bound in the dimer int...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x69

タイトル

Human thymidylate synthase with a fragment bound in the dimer interface

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Chen, D. / Jansson, A. / Larsson, A. / Nordlund, P.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of human thymidylate synthase reveal a site that may control conformational switching between active and inactive states
著者: Chen, D. / Jansson, A. / Sim, D. / Larsson, A. / Nordlund, P.

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x69.cif.gz	342.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x69.ent.gz	277 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x69_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x69_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5x69_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	5x69_validation.cif.gz	77.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/5x69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x4wC 5x4xC 5x4yC 5x5aC 5x5dC 5x5qC 5x66C 5x67C 1i00S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ob7-2 5x66-1 5x5d-3 4ein-d 5x5q-3 5x66-3 4o1x-1 5x66-2 1hvy-1 6r2e-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thymidylate synthase

E: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Thymidylate synthase

F: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.353, 109.353, 315.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	A	A	26 - 310	3 - 287
2	1	GLU	GLU	B	B	26 - 310	3 - 287
1	2	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	2	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	3	MET	MET	A	A	26 - 309	3 - 286
2	3	MET	MET	D	D	26 - 309	3 - 286
1	4	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	4	PRO	PRO	E	E	26 - 305	3 - 282
1	5	PRO	PRO	A	A	26 - 305	3 - 282
2	5	PRO	PRO	F	F	26 - 305	3 - 282
1	6	PRO	PRO	B	B	26 - 305	3 - 282
2	6	PRO	PRO	C	C	26 - 305	3 - 282
1	7	MET	MET	B	B	26 - 309	3 - 286
2	7	MET	MET	D	D	26 - 309	3 - 286
1	8	THR	THR	B	B	26 - 306	3 - 283
2	8	THR	THR	E	E	26 - 306	3 - 283
1	9	PRO	PRO	B	B	26 - 305	3 - 282
2	9	PRO	PRO	F	F	26 - 305	3 - 282
1	10	THR	THR	C	C	26 - 306	3 - 283
2	10	THR	THR	D	D	26 - 306	3 - 283
1	11	THR	THR	C	C	26 - 306	3 - 283
2	11	THR	THR	E	E	26 - 306	3 - 283
1	12	THR	THR	C	C	26 - 306	3 - 283
2	12	THR	THR	F	F	26 - 306	3 - 283
1	13	THR	THR	D	D	26 - 306	3 - 283
2	13	THR	THR	E	E	26 - 306	3 - 283
1	14	PRO	PRO	D	D	26 - 305	3 - 282
2	14	PRO	PRO	F	F	26 - 305	3 - 282
1	15	THR	THR	E	E	26 - 306	3 - 283
2	15	THR	THR	F	F	26 - 306	3 - 283

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase 分子量: 33254.125 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-7ZC / 1-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)-N,N-dimethyl-methanamine / 5-メトキシグラミン分子量: 204.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₂O
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM sodium calcodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.69→30 Å / Num. obs: 53294 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 1.16 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 569527

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.8	6.9	0.429	4841	0.935	0.172	0.465	0.388	91.1
2.8-2.91	7.5	0.375	5050	0.956	0.145	0.403	0.457	95.3
2.91-3.04	8.1	0.305	5304	0.974	0.114	0.327	0.565	99.4
3.04-3.2	8.9	0.246	5298	0.984	0.088	0.262	0.734	99.9
3.2-3.4	9.6	0.187	5371	0.992	0.064	0.198	1.009	100
3.4-3.66	11.5	0.144	5366	0.993	0.046	0.151	1.223	99.9
3.66-4.03	12.5	0.114	5394	0.996	0.035	0.12	1.46	100
4.03-4.61	13.2	0.095	5422	0.997	0.029	0.099	1.622	99.9
4.61-5.8	13.9	0.088	5515	0.998	0.026	0.092	1.594	100
5.8-30	13.8	0.067	5733	0.999	0.019	0.069	1.28	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I00

1i00

解像度: 2.69→22.175 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 13.342 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.695 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2455	2698	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2091	-	-	-
obs	0.211	50502	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.97 Å² / B_iso mean: 40.324 Å² / B_iso min: 16.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.69→22.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13502	0	110	79	13691
B_iso mean	-	-	70.67	29.11	-
残基数	-	-	-	-	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	13980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.967	18949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	30160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.801	23.162	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.418	15	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.267	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3390

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18616	0.05
1	2	B	18616	0.05
2	1	A	17680	0.06
2	2	C	17680	0.06
3	1	A	18172	0.06
3	2	D	18172	0.06
4	1	A	17684	0.07
4	2	E	17684	0.07
5	1	A	17764	0.06
5	2	F	17764	0.06
6	1	B	17566	0.07
6	2	C	17566	0.07
7	1	B	18104	0.07
7	2	D	18104	0.07
8	1	B	17638	0.07
8	2	E	17638	0.07
9	1	B	17732	0.07
9	2	F	17732	0.07
10	1	C	17472	0.07
10	2	D	17472	0.07
11	1	C	17530	0.07
11	2	E	17530	0.07
12	1	C	17326	0.07
12	2	F	17326	0.07
13	1	D	17716	0.06
13	2	E	17716	0.06
14	1	D	17754	0.06
14	2	F	17754	0.06
15	1	E	17462	0.07
15	2	F	17462	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.691→2.76 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	169	-
R_work	0.311	3338	-
all	-	3507	-
obs	-	-	89.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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