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- PDB-3ib8: Crystal structure of full length Rv0805 in complex with 5'-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ib8
タイトルCrystal structure of full length Rv0805 in complex with 5'-AMP
要素Icc protein
キーワードHYDROLASE / metallophosphoesterase / alpha-beta fold / swapped-dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / cell wall modification / cell envelope / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ferric iron binding ...: / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / cell wall modification / cell envelope / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / phosphate ion binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ferric iron binding / peptidoglycan-based cell wall / manganese ion binding / iron ion binding / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide phosphodiesterase GpdQ/CpdA-like / : / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / : / cAMP/cGMP dual specificity phosphodiesterase MT0825 / cAMP/cGMP dual specificity phosphodiesterase Rv0805
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Podobnik, M. / Dermol, U.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: A mycobacterial cyclic AMP phosphodiesterase that moonlights as a modifier of cell wall permeability
著者: Podobnik, M. / Tyagi, R. / Matange, N. / Dermol, U. / Gupta, A.K. / Mattoo, R. / Seshadri, K. / Visweswariah, S.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and biochemical analysis of the Rv0805 cyclic nucleotide phosphodiesterase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Shenoy, A.R. / Capuder, M. / Draskovic, P. / Lamba, D. / Visweswariah, S.S. / Podobnik, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Rv0805 gene from Mycobacterium tuberculosis encodes a 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase: biochemical and mutational analysis
著者: Shenoy, A.R. / Sreenath, N. / Podobnik, M. / Kovacevic, M. / Visweswariah, S.S.
履歴
登録2009年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Icc protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6079
ポリマ－35,5261
非ポリマー1,0818
水4,450247
1
A: Icc protein
ヘテロ分子

A: Icc protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,21418
ポリマ－71,0532
非ポリマー2,16216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10950 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.400, 100.400, 80.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Icc protein / Rv0805 phosphodiesterase protein


分子量: 35526.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0805 / プラスミド: pProExHTc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O06629, UniProt: P9WP65*PLUS, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 7種, 255分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 % / Mosaicity: 0.303 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Bis-Tris, amm. acetate, MPD, AMP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9864 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Fixed exit double crystal (Si), horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 38865 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2546 / Χ2: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IB7

3ib7


解像度: 1.8→31.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 3868 10 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.217 45158 --
obs0.152 38804 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.68 Å2 / Biso mean: 27.65 Å2 / Biso min: 12.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 67 247 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9993186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4915294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90822.7100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.20515354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8021523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21610
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4011.51506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6422352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2793918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0784.5834
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 277 -
Rwork0.204 2537 -
all-2814 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.39573.98664.152514.8299-3.03134.735-0.02041.13511.1209-1.1974-0.16370.5885-0.7779-1.38440.18410.03160.0689-0.02380.03520.09990.004914.112134.9658-18.1885
26.6661-4.35-0.036310.2771-2.81023.37070.24830.22850.0448-0.33080.02760.4183-0.343-0.2185-0.2758-0.0938-0.0006-0.002-0.0770.0305-0.141823.620523.2453-17.9726
31.0511-0.63480.13974.6106-3.28063.24340.01130.0493-0.2176-0.21690.0930.22310.2358-0.109-0.1043-0.137-0.004-0.0381-0.13850.0086-0.09722.2676-1.6452-2.7418
41.3201-1.0731.23987.0642-10.887316.92760.03240.0708-0.3408-0.20990.18620.51780.2384-0.5276-0.2186-0.0729-0.036-0.0495-0.12920.0018-0.032415.4925-2.6114-4.8256
515.7538-0.79885.310715.6823-16.749119.1530.50910.8644-0.4104-1.2223-0.11830.46450.79390.1939-0.3908-0.0190.0173-0.0757-0.0532-0.0657-0.051814.10715.355-15.9412
60.89550.1007-0.17033.0523-1.39011.06240.03910.2229-0.1504-0.4341-0.0472-0.02390.27250.00360.0081-0.08490.0142-0.0072-0.1065-0.0043-0.102327.37940.6403-9.0352
72.5581.12641.798924.9828-8.107911.3820.26950.4696-0.0945-1.2406-0.01070.57280.3886-0.0488-0.25880.0420.0413-0.0342-0.0196-0.0161-0.105224.52973.2498-18.5195
82.6945-0.7838-0.80581.42610.30733.0421-0.0250.0977-0.337-0.17940.0117-0.10490.25070.2390.0133-0.12580.02260.0052-0.12130.009-0.061334.87590.3515-4.455
921.17910.2666-12.833418.679212.026415.7302-0.30870.9739-1.2225-1.0703-0.7430.5292-0.1141-0.40091.0517-0.01480.04760.01960.0221-0.09930.085437.4504-4.6049-11.8028
100.73270.7411-0.60162.5165-1.76031.7349-0.01540.0716-0.1591-0.2054-0.0503-0.17250.31180.20810.0657-0.12410.0146-0.0092-0.09950.033-0.044838.93997.6964-4.8478
116.6063.1426-5.95082.4925-2.57565.426-0.0113-0.3658-0.480.0002-0.2283-0.27720.23330.39910.2395-0.1332-0.0155-0.0453-0.05760.0492-0.030444.905112.10541.1525
120.75940.6784-0.83210.9748-1.03082.7920.0640.03110.01190.06220.0128-0.0799-0.0431-0.0155-0.0768-0.16240.0023-0.016-0.12640.0317-0.103234.980217.4136-2.2934
137.85452.4899-3.24945.3027-3.64125.692-0.1278-0.5321-0.21790.1667-0.0419-0.26220.1410.16860.1697-0.0750.0003-0.0455-0.09730.0358-0.116532.437910.480712.7858
141.70030.8585-1.06112.053-1.41131.54250.07270.00640.11930.2196-0.022-0.1424-0.19440.1278-0.0507-0.12480.0072-0.0242-0.11880.0232-0.12934.85918.78350.6637
151.84050.62130.51751.7160.10560.5550.0417-0.1559-0.04760.1449-0.02860.06380.0287-0.0259-0.0131-0.139-0.0026-0.0145-0.14860.0245-0.132920.148511.41713.9978
1613.0691-0.66322.11289.33781.21811.70740.16810.35250.3437-0.0602-0.15380.1196-0.3989-0.0816-0.0143-0.12230.00990.0043-0.12460.0485-0.14324.640325.8535-13.2879
175.66492.3808-0.96663.0592-0.6931.0724-0.04560.0948-0.1495-0.20710.04890.04910.1299-0.0221-0.0033-0.13790.0018-0.0228-0.14160.0146-0.150316.567315.865-6.8536
185.26934.3686-9.68744.5452-11.424130.275-0.27330.7677-0.2314-0.74080.3840.24160.2927-0.9877-0.11070.0942-0.0374-0.12140.010.0180.00050.493116.5583-15.74
1928.209516.5953-6.863686.5551-4.10712.0184-0.84142.20071.4961-2.84510.87691.70860.4488-0.9157-0.03550.1339-0.0265-0.18820.1010.0897-0.04194.2425.3557-23.1397
2045.4259-20.90014.224112.9546-0.91950.70690.79591.61290.1206-1.1791-0.6510.2202-0.18670.4039-0.14490.18840.0295-0.05710.27390.151-0.014616.412129.0604-22.9251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3A16 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4A33 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5A45 - 51
6X-RAY DIFFRACTION6A52 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7A78 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8A91 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9A106 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10A112 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11A142 - 153
12X-RAY DIFFRACTION12A154 - 177
13X-RAY DIFFRACTION13A178 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14A189 - 209
15X-RAY DIFFRACTION15A210 - 252
16X-RAY DIFFRACTION16A253 - 257
17X-RAY DIFFRACTION17A258 - 269
18X-RAY DIFFRACTION18A270 - 280
19X-RAY DIFFRACTION19A281 - 285
20X-RAY DIFFRACTION20A286 - 298

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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