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- PDB-6wyd: CRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wyd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) COMPLEX WITH Compound-12 (AKA; 7-benzyl-1H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyrid
要素(Myeloperoxidase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / MYELOPEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / chromatin binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7-benzyl-1H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine / beta-D-mannopyranose / alpha-L-fucopyranose / HEME C / alpha-D-mannopyranose / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and structure activity relationships of 7-benzyl triazolopyridines as stable, selective, and reversible inhibitors of myeloperoxidase.
著者: Shaw, S.A. / Vokits, B.P. / Dilger, A.K. / Viet, A. / Clark, C.G. / Abell, L.M. / Locke, G.A. / Duke, G. / Kopcho, L.M. / Dongre, A. / Gao, J. / Krishnakumar, A. / Jusuf, S. / Khan, J. / ...著者: Shaw, S.A. / Vokits, B.P. / Dilger, A.K. / Viet, A. / Clark, C.G. / Abell, L.M. / Locke, G.A. / Duke, G. / Kopcho, L.M. / Dongre, A. / Gao, J. / Krishnakumar, A. / Jusuf, S. / Khan, J. / Spronk, S.A. / Basso, M.D. / Zhao, L. / Cantor, G.H. / Onorato, J.M. / Wexler, R.R. / Duclos, F. / Kick, E.K.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
D: Myeloperoxidase light chain
E: Myeloperoxidase heavy chain
F: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
H: Myeloperoxidase light chain
I: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,95963
ポリマ－261,1198
非ポリマー10,84055
水4,684260
1
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,04516
ポリマ－65,2802
非ポリマー2,76514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13430 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
2
D: Myeloperoxidase light chain
E: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,04516
ポリマ－65,2802
非ポリマー2,76514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area22620 Å2
手法PISA
3
F: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,82415
ポリマ－65,2802
非ポリマー2,54413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
4
H: Myeloperoxidase light chain
I: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,04516
ポリマ－65,2802
非ポリマー2,76514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.683, 150.651, 231.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Myeloperoxidase ... , 2種, 8分子 ADFHBEGI

#1: タンパク質
Myeloperoxidase light chain / MPO


分子量: 11974.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Blood Neutrophill / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質
Myeloperoxidase heavy chain / MPO


分子量: 53305.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

-
糖 , 4種, 35分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 280分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 化合物
ChemComp-7GD / 7-benzyl-1H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine


分子量: 225.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 20-25%(V/V)PEG3350.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen
PH範囲: 7.5?

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→200 Å / Num. obs: 82041 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 62.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.68 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 5972 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QJ2

6qj2


解像度: 2.55→115.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9357 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8939 / SU R Cruickshank DPI: 0.824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.732 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.309
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 4084 5 %RANDOM
Rwork0.1935 ---
obs0.1965 81612 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.16 Å2 / Biso mean: 50.55 Å2 / Biso min: 13.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4398 Å20 Å20 Å2
2---0.5081 Å20 Å2
3----5.9317 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.322 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→115.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17784 0 690 260 18734
Biso mean--54.64 40.32 -
残基数----2272
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6290SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes463HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2773HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18939HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2504SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22899SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18939HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg25843HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3291 264 4.42 %
Rwork0.2351 5708 -
all0.2391 5972 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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