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万見
- PDB-6mjm: Substrate Free Cytochrome P450 3A5 (CYP3A5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mjm
タイトルSubstrate Free Cytochrome P450 3A5 (CYP3A5)
要素Cytochrome P450 3A5
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / monooxygenase / membrane protein / drug metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / Xenobiotics ...retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / Xenobiotics / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 3A5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hsu, M.H. / Johnson, E.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM031001 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Active-site differences between substrate-free and ritonavir-bound cytochrome P450 (CYP) 3A5 reveal plasticity differences between CYP3A5 and CYP3A4.
著者: Hsu, M.H. / Johnson, E.F.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7555
ポリマ－54,8631
非ポリマー8934
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.670, 100.690, 136.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A5 / CYPIIIA5 / Cytochrome P450 HLp2 / Cytochrome P450-PCN3


分子量: 54862.586 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP 24-497 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SEQADV 5VEU MET A 22 UNP P20815 INITIATING METHIONINE SEQADV 5VEU ALA A 23 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 498 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 499 UNP P20815 ...詳細: SEQADV 5VEU MET A 22 UNP P20815 INITIATING METHIONINE SEQADV 5VEU ALA A 23 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 498 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 499 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 500 UNP P20815 EXPRESSION TAG SEQADV 5VEU HIS A 501 UNP P20815 EXPRESSION TAG
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A5 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] / 参照: UniProt: P20815, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ADA, Anapoe 20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.89 Å / Num. obs: 26713 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 34.47
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.924 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tqn

1tqn


解像度: 2.2→34.274 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 29.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1353 5.07 %
Rwork0.2092 --
obs0.2112 26710 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 61 49 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7445129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9122296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2004-2.2790.32921240.272482X-RAY DIFFRACTION99
2.279-2.37020.32411150.24632531X-RAY DIFFRACTION100
2.3702-2.47810.30261370.25212491X-RAY DIFFRACTION100
2.4781-2.60870.28541310.24742514X-RAY DIFFRACTION100
2.6087-2.7720.30021480.25882508X-RAY DIFFRACTION100
2.772-2.9860.32211340.2652535X-RAY DIFFRACTION100
2.986-3.28620.35081370.25872522X-RAY DIFFRACTION100
3.2862-3.76120.27881410.22092536X-RAY DIFFRACTION100
3.7612-4.73680.22751360.17572572X-RAY DIFFRACTION100
4.7368-34.2740.18041500.1792666X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5489 Å / Origin y: 23.7448 Å / Origin z: 15.6501 Å
111213212223313233
T0.4282 Å2-0.0411 Å2-0.1226 Å2-0.4517 Å20.0348 Å2--0.4284 Å2
L1.7754 °20.5858 °20.171 °2-3.0686 °20.287 °2--1.7375 °2
S0.0066 Å °0.0952 Å °0.2524 Å °0.3603 Å °-0.1017 Å °-0.3749 Å °-0.3035 Å °0.2141 Å °0.0836 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 26 through 496)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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