PDB-5wxk: EarP bound with domain I of EF-P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wxk

タイトル

EarP bound with domain I of EF-P

要素

EarP
Elongation factor P

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-B / EF-P / rhamnosylation / translation elongation / dTDP-rhamnose

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / peptide biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Sengoku, T. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of protein arginine rhamnosylation by glycosyltransferase EarP
著者: Sengoku, T. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Watanabe, C. / Honma, T. / Hikida, Y. / Yamaguchi, Y. / Takahashi, H. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

履歴

登録	2017年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wxk.cif.gz	208.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wxk.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/5wxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wxiC 5wxjC 5xvrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ih4-1 1m7h-1 3c5q-d 4pwz-2 6l3m-2 6iuj-2 1n4m-1 4gmh-1 6zdz-d 6h7d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EarP

B: Elongation factor P

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.204, 57.254, 72.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-783- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	EarP 分子量: 44219.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76) (髄膜炎菌) 株: H44/76 / 遺伝子: NMH_0797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6MVV9
#2: タンパク質	Elongation factor P / EF-P 分子量: 7777.938 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-63 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76) (髄膜炎菌) 株: H44/76 / 遺伝子: efp, NMH_0798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6MVW0

-
非ポリマー , 6種, 488分子

#3: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes-NaOH buffer (pH 7.0) and 1.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.66 Å / Num. obs: 45727 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC_1/2: 0.716 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo EarP

解像度: 1.801→41.965 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	2282	4.99 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1592	45715	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→41.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3539	0	70	477	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	5152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.941	2223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8007-1.8399	0.2939	132	0.2502	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8399-1.8827	0.2885	152	0.222	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8827-1.9298	0.2349	150	0.2074	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9298-1.9819	0.2452	121	0.1888	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9819-2.0403	0.2272	141	0.1858	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0403-2.1061	0.2229	144	0.1704	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1061-2.1814	0.2018	142	0.1649	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1814-2.2687	0.1984	141	0.1591	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2687-2.372	0.2087	145	0.1556	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.497	0.2219	142	0.1538	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.497-2.6534	0.2189	159	0.1506	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6534-2.8583	0.209	126	0.1522	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8583-3.1458	0.2143	145	0.1555	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1458-3.6008	0.1765	150	0.1366	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6008-4.5358	0.1664	137	0.124	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5358-41.9764	0.1676	155	0.1515	2787	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3526	0.3857	-0.4406	1.466	-0.1127	0.8089	-0.151	0.1482	-0.3264	0.0212	0.0063	0.0262	0.2412	0.0066	0.1222	0.2035	-0.0057	0.0956	0.1292	-0.0296	0.2488	13.4564	-15.2775	12.2057
2	1.3584	-0.3761	-0.1859	3.6701	-0.4478	0.1406	-0.1868	0.4896	-0.5872	-0.427	-0.1535	0.2201	0.2687	-0.2442	0.1757	0.2904	-0.046	0.1007	0.1902	-0.1073	0.3335	1.5311	-15.814	11.0781
3	2.06	0.2462	-0.8443	0.8836	-0.1877	0.9523	-0.0882	-0.0907	-0.2902	0.0449	-0.0457	0.0048	0.1117	0.0094	0.1063	0.1468	0.009	0.0471	0.0901	0.0002	0.1647	11.0945	-6.3321	20.8562
4	3.6411	1.4085	0.5456	2.9657	0.1296	1.0828	0.0663	-0.0356	0.362	-0.0275	0.0216	0.0853	-0.2182	0.0615	-0.0835	0.131	-0.0145	0.067	0.107	-0.0181	0.1273	25.1063	15.423	8.7496
5	4.0214	-0.1495	-0.0448	2.4606	-0.5388	0.128	0.0795	0.2557	0.1579	-0.2398	-0.0934	-0.0731	0.1067	-0.0204	0.0256	0.1621	0.0018	0.0551	0.1292	0.0079	0.1179	27.5229	10.9946	0.6004
6	1.3797	0.2228	-1.2403	1.2382	-0.3242	1.5298	-0.0268	-0.0516	-0.0731	-0.0572	-0.0475	-0.1126	0.0037	0.1237	0.0781	0.0924	-0.0087	0.0173	0.0937	0.0028	0.1183	25.0983	4.3714	13.1635
7	1.8335	1.0275	-0.5376	2.4343	-0.4319	1.2934	0.2119	-0.2132	0.3372	0.1054	-0.0645	0.1069	-0.2655	0.1124	-0.1158	0.1885	-0.0273	0.0883	0.1205	-0.0532	0.2007	18.4897	18.4156	20.9723
8	3.3448	3.6329	-1.1491	6.653	-0.4996	1.6053	0.1024	-0.4374	-0.317	0.3804	-0.2066	-0.2094	0.0537	0.2881	0.0572	0.1271	0.0316	-0.0079	0.1848	0.0205	0.1136	19.0099	-0.9038	30.3456
9	8.1349	-0.3701	-4.6213	6.5485	0.4171	6.6756	0.0532	0.1124	0.3848	-0.1825	0.1451	0.3852	-0.3236	-0.5785	-0.1914	0.1696	0.0196	0.0045	0.2135	0.0503	0.2193	-16.7509	2.113	17.9747
10	8.6756	-1.0441	-1.8908	2.619	0.5634	5.3418	-0.0076	0.2951	-0.6105	0.144	-0.0221	0.3387	0.5867	-0.4876	0.2035	0.2235	-0.0971	0.0042	0.3502	-0.0921	0.2172	-19.8373	-9.4419	24.6311
11	6.512	1.7792	-3.689	2.668	-0.6557	3.0219	0.3348	-0.0619	0.4523	0.1344	-0.0721	0.1722	-0.1508	-0.0912	-0.3019	0.1337	0.0002	0.0032	0.1848	0.0073	0.1593	-8.9178	2.1641	22.0987
12	7.951	3.9358	-8.5859	1.9496	-4.2458	9.2731	0.3348	-0.187	0.2565	0.2501	-0.1211	0.1081	-0.3625	0.2146	-0.2001	0.1402	-0.017	0.0344	0.1737	-0.0279	0.1839	-12.33	-2.3628	27.9203
13	4.6496	2.0966	-3.6127	5.2329	-2.1998	7.3287	0.1817	0.5389	0.1997	0.1181	0.0616	0.6976	-0.1964	-0.6761	-0.1973	0.1628	-0.012	-0.0133	0.1984	0.026	0.2083	-18.7304	-2.1767	18.9166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 70 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 179 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 180 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 203 through 235 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 236 through 290 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 291 through 346 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 347 through 378 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 11 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 12 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 35 through 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 56 through 66 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)