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万見
- PDB-4gmh: Crystal structure of staphylococcus aureus 5'-methylthioadenosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gmh
タイトルCrystal structure of staphylococcus aureus 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / NUCLEOSIDASE / MTAN / ALPHA/BETA PROTEINS / S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE / CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brown, R.L. / Anderson, B.F. / Norris, G.E. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Sutherland-Smith, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of staphylococcus aureus 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidase
著者: Brown, R.L. / Anderson, B.F. / Norris, G.E. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Sutherland-Smith, A.J.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8754
ポリマ－24,6981
非ポリマー1773
水2,486138
1
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7518
ポリマ－49,3962
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.423, 55.852, 97.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTA/SAH nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S- ...MTA/SAH nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / AdoHcy nucleosidase / SAH nucleosidase / SRH nucleosidase


分子量: 24698.191 Da / 分子数: 1 / 断片: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MU50 / 遺伝子: mtnN, SAV1599 / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99TQ0, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 4.2M FORMATE, 0.1M TRIS HCL, CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.93 Å / Num. obs: 18068 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.91 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 3.49
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.87 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: S AUREUS MTAN 3BL6

3bl6


解像度: 2→26.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.132 / SU ML: 0.115 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23305 919 5.1 %RANDOM
Rwork0.18343 ---
obs0.18591 17111 99.92 %-
all-17111 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 12 138 1877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0191815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1171.9672463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9875241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46826.66772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17215321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.48153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 65 -
Rwork0.264 1225 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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