[日本語] English
万見
- PDB-1q7c: The structure of betaketoacyl-[ACP] reductase Y151F mutant in com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q7c
タイトルThe structure of betaketoacyl-[ACP] reductase Y151F mutant in complex with NADPH fragment
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxoacyl reductase / NADP+ / crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid biosynthetic process / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding ...biotin biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid biosynthetic process / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Price, A.C. / Zhang, Y.-M. / Rock, C.O. / White, S.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Cofactor-Induced Conformational Rearrangements Establish a Catalytically Competent Active Site and a Proton Relay Conduit in FabG
著者: Price, A.C. / Zhang, Y.-M. / Rock, C.O. / White, S.M.
履歴
登録2003年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6334
ポリマ－51,1432
非ポリマー1,4912
水1,08160
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2678
ポリマ－102,2854
非ポリマー2,9824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area16120 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.857, 95.857, 131.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is the tetramer formed from the dimer in the ASU by the two fold axis: -x, y, -z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase / E.C.1.1.1.100 / betaketoacyl-[ACP] reductase / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase


分子量: 25571.277 Da / 分子数: 2 / 変異: Y141F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25716, UniProt: P0AEK2*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH7.6
250 mM1dropNaCl
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
55 mg/mlprotein1drop
620 %PEG10001reservoir
70.2 Mcalcium acetate1reservoir
80.1 MTris-HCl1reservoirpH9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月5日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→65.8 Å / Num. all: 17095 / Num. obs: 17095 / % possible obs: 99.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 10.1 % / Num. measured all: 172466 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Num. unique obs: 2163 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PROTEUM PLUSデータ収集
SAINTデータ削減
LSCALEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
SAINTデータスケーリング
LSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→65.8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2524 1641 RANDOM
Rwork0.215 --
all0.2187 16381 -
obs0.2187 16381 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.623 Å20 Å20 Å2
2---3.703 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→65.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 62 60 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.1945
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1945
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る