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- PDB-6zdz: Tetragonal crystal structure of the bulky-bulky ketone specific a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdz
タイトルTetragonal crystal structure of the bulky-bulky ketone specific alcohol dehydrogenase from Comamonas testosteroni
要素alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / bulky-bulky ketones / NADPH-dependent
機能・相同性short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Short-subunit dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Comamonas sp. 26 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.153 Å
データ登録者Toelzer, C. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB635/project B07 ドイツ
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2020
タイトル: Expanding the Application Range of Microbial Oxidoreductases by an Alcohol Dehydrogenase from Comamonas testosteroni with a Broad Substrate Spectrum and pH Profile
著者: Bakonyi, D. / Toelzer, C. / Stricker, M. / Hummel, W. / Niefind, K. / Groger, H.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alcohol dehydrogenase
B: alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2444
ポリマ－59,0512
非ポリマー1922
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.481, 103.481, 112.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 76 or resid 78 through 185 or resid 202 through 259))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 76 or resid 78 through 259))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRLEUA1 - 75
d_12ens_1GLUALAA78 - 185
d_13ens_1PROLEUA187 - 244
d_21ens_1THRLEUB1 - 75
d_22ens_1GLULEUB77 - 242

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.97685288174, -0.213905748249, 0.00166682375098), (-0.213904469847, -0.976854157181, -0.000912894939528), (0.00182351718554, 0.000535223001622, -0.999998194159) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97685288174, -0.213905748249, 0.00166682375098), (-0.213904469847, -0.976854157181, -0.000912894939528), (0.00182351718554, 0.000535223001622, -0.999998194159)
ベクター: 10.9945071887, 102.327206616, 79.9404127338)

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要素

#1: タンパク質 alcohol dehydrogenase


分子量: 29525.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. 26 (バクテリア) / 遺伝子: CLU84_2013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G6ZQ46
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % polyethylene glycol 4000, 0.2 M magnesium chloride, 60 mM potassium sulphate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.153→76.153 Å / Num. obs: 23618 / % possible obs: 70.1 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 39.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.153→2.361 Å / 冗長度: 24.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1182 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 14.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BMV

4bmv


解像度: 2.153→51.74 Å / SU ML: 0.2315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1173 4.97 %
Rwork0.1906 22427 -
obs0.1925 23600 70.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.153→51.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3679 0 10 166 3855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43885069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.04681387
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.718714757352 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.250.3736160.3263296X-RAY DIFFRACTION7.56
2.25-2.370.3829480.3083894X-RAY DIFFRACTION22.93
2.37-2.520.2832800.27741632X-RAY DIFFRACTION41.07
2.52-2.710.27681680.27533352X-RAY DIFFRACTION84.39
2.71-2.980.28352070.24063980X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.420.25992110.20323995X-RAY DIFFRACTION100
3.42-4.30.20622100.16534051X-RAY DIFFRACTION99.77
4.3-51.740.19152330.15764227X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79142942072-0.233658217851.385790561370.1361653715930.2176728918821.652726747160.06356921256230.501302030112-0.61273505452-0.126142935281-0.239803024979-0.5553702612980.5513175872930.246766299183-0.1624239185990.5045749938470.1937435429350.1156982961830.2898610715720.03705262476150.47427288111212.568564800334.821713100720.8873438431
21.341247214610.3274677161650.5186457639050.8190349275070.3721135658791.012580590330.001615064010910.434396774631-0.324468935048-0.5015750278-0.0664306909863-0.4173543473770.6664824476420.4140142440130.0158260047750.474329323130.1453626619070.1187057587230.360326641130.02564690628430.2730336057913.591168551639.031044277516.9914585896
31.66354933636-0.723382944992-0.09419152537852.00070688811-0.05478943404671.30262682918-0.09380522773150.208640669124-0.173738236641-0.108420214755-0.03897379502550.07508524080860.544160058937-0.2562886370160.1151523715830.4426607812280.008558112665840.06953736663960.257189186993-0.002161637868730.2530550915225.5489198491938.80261225921.8206552581
40.3915389953190.4742592548530.5265980614853.812398296391.495222958321.287153913210.2024427542820.3007536151880.562833294993-0.864846344307-0.353765408565-0.600499629026-0.331798172890.01201823886510.1448996850830.2980150163270.03017240858470.002125230235020.2622586651250.1131423129110.40700170204512.616495830157.60989278733.1082893606
51.410969551930.288449858025-0.2418011488120.226852768984-0.2184037689892.84640416456-0.01163941300010.0508174457619-0.185249416787-0.226873780272-0.113145366206-0.2262454938430.7246860922450.41859908480.0920791792720.2159289367870.136736147880.08541399142940.3545686542650.1107894278090.32486470223219.298686923141.187781996734.7708729759
63.102595048130.3358507097781.454164228130.9355450210250.6197543523950.918726543452-0.05797387437560.736502599795-0.209240408447-0.742198802005-0.108213380052-0.8156230297520.4068483619260.8849987724410.07540944168160.512527085870.2565177498340.1636533185950.6233931919610.1339653374450.49893254398427.637709107641.834040096722.9028876474
71.815031531880.0748407527244-1.167618918792.378243108341.659615910881.975904487990.106977015712-0.256667250941-0.2525264566850.343723951606-0.0528412073318-0.5005540517110.7169378199080.996371652188-0.1673071182570.3470356189940.209698471428-0.0308203330680.770362029690.2152824724660.64938494563736.490756790945.68686677348.3658996605
83.78568520367-0.4583076836110.4676316410770.0560817376932-0.0003151366671383.563059722520.105012911968-0.03107310110580.4334833256120.356544502982-0.329634078075-0.213249642771-0.4961182942730.1932684073190.1645869570680.426437026064-0.0621761818507-0.06691863045340.2767820737270.05619975223710.3669976367915.39362196265.699816430659.2704879681
92.435112006960.632852277987-0.9038380174821.76183032796-0.516449069362.17063563967-0.069820138186-0.2009269101860.2117729114240.326387229343-0.0977416118795-0.0383801649553-0.5496597958670.07078842102510.1549855801620.314120369877-0.0229384007323-0.06513074017590.1731006657340.02074228003670.2356194839110.644824279862.49676251259.8760939355
100.5443412792450.1102017751830.1155304269082.531194109331.542863874160.949597699960.0775269650268-0.266033709122-0.2155064642940.260701305052-0.435757352946-0.4625784556790.3129666801980.2125347731070.1725124056040.293713211640.08046979443290.009756747370370.2588430200610.1204158918660.38659072619811.037547510243.329605684946.8505291988
111.19577935361-0.260156489789-0.2481931737161.574794198860.532415980091.583385894120.06572028172370.127689155776-0.07729788724860.0426568726775-0.251908873781-0.586611054729-0.03989974376230.935278140476-0.1251042146710.1283741397110.0112725877671-0.02513076209670.4052148469640.1951051765340.32424794888327.464312216155.300913864545.6981897703
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 14 )AA2 - 141 - 13
22chain 'A' and (resid 15 through 37 )AA15 - 3714 - 36
33chain 'A' and (resid 38 through 87 )AA38 - 8737 - 87
44chain 'A' and (resid 88 through 113 )AA88 - 11388 - 113
55chain 'A' and (resid 114 through 174 )AA114 - 174114 - 174
66chain 'A' and (resid 175 through 231 )AA175 - 231175 - 216
77chain 'A' and (resid 232 through 259 )AA232 - 259217 - 244
88chain 'B' and (resid 2 through 14 )BB2 - 141 - 13
99chain 'B' and (resid 15 through 87 )BB15 - 8714 - 86
1010chain 'B' and (resid 88 through 113 )BB88 - 11387 - 112
1111chain 'B' and (resid 114 through 259 )BB114 - 259113 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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