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- PDB-6zdz: Tetragonal crystal structure of the bulky-bulky ketone specific a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zdz | ||||||
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Title | Tetragonal crystal structure of the bulky-bulky ketone specific alcohol dehydrogenase from Comamonas testosteroni | ||||||
![]() | alcohol dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / bulky-bulky ketones / NADPH-dependent | ||||||
Function / homology | short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / SDR family oxidoreductase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Toelzer, C. / Niefind, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Expanding the Application Range of Microbial Oxidoreductases by an Alcohol Dehydrogenase from Comamonas testosteroni with a Broad Substrate Spectrum and pH Profile Authors: Bakonyi, D. / Toelzer, C. / Stricker, M. / Hummel, W. / Niefind, K. / Groger, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 451.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ze0C ![]() 4bmvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.97685288174, -0.213905748249, 0.00166682375098), (-0.213904469847, -0.976854157181, -0.000912894939528), (0.00182351718554, 0.000535223001622, -0.999998194159)Vector: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.97685288174, -0.213905748249, 0.00166682375098), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 29525.717 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10 % polyethylene glycol 4000, 0.2 M magnesium chloride, 60 mM potassium sulphate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 22, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.153→76.153 Å / Num. obs: 23618 / % possible obs: 70.1 % / Redundancy: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 39.65 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.153→2.361 Å / Redundancy: 24.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1182 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 14.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BMV Resolution: 2.153→51.74 Å / SU ML: 0.2315 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.907 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.153→51.74 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.718714757352 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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