PDB-6ze0: Orthorhombic crystal structure of the bulky-bulky ketone specific...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ze0

タイトル

Orthorhombic crystal structure of the bulky-bulky ketone specific alcohol dehydrogenase from Comamonas testosteroni

要素

alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / bulky-bulky ketones / NADPH-dependent

機能・相同性

short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / SDR family oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Comamonas sp. 26 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Toelzer, C. / Niefind, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Catalysts / 年: 2020
タイトル: Expanding the Application Range of Microbial Oxidoreductases by an Alcohol Dehydrogenase from Comamonas testosteroni with a Broad Substrate Spectrum and pH Profile
著者: Bakonyi, D. / Toelzer, C. / Stricker, M. / Hummel, W. / Niefind, K. / Groger, H.

履歴

登録	2020年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ze0.cif.gz	363.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ze0.ent.gz	249 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ze0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ze0_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ze0_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	6ze0_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	6ze0_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6ze0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6ze0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zdzC 4bmvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tjr-d 3zxl-2 3ioy-d 1ipf-3 3mcm-1 4fgs-2 3v2h-d 2gez-2 3c7h-d 3c7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: alcohol dehydrogenase

B: alcohol dehydrogenase

C: alcohol dehydrogenase

88.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: alcohol dehydrogenase

B: alcohol dehydrogenase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: alcohol dehydrogenase

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.929, 70.820, 210.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-472- HOH
2	1	C-481- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 39 or resid 41 through 106 or resid 108 through 260))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 39 or resid 41...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 39 or resid 41...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	VAL	A	1 - 38
d_1	2	ens_1	MET	ASP	A	40 - 105
d_1	3	ens_1	LEU	PRO	A	107 - 249
d_2	1	ens_1	THR	VAL	B	1 - 38
d_2	2	ens_1	MET	ASP	B	41 - 106
d_2	3	ens_1	LEU	THR	B	108 - 188
d_2	4	ens_1	ASN	PRO	B	190 - 251
d_3	1	ens_1	THR	VAL	C	1 - 38
d_3	2	ens_1	MET	ASP	C	40 - 105
d_3	3	ens_1	LEU	THR	C	108 - 188
d_3	4	ens_1	ASN	PRO	C	191 - 252

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.964238173574, -0.130531532557, 0.230664829634), (-0.129674156743, -0.991375736865, -0.0189409986), (0.231147913023, -0.0116476333773, -0.972848896254)	-10.5789375529, 78.3410133767, 133.687480101
2	given	(-0.991466813049, 0.0561224691335, -0.117659793815), (-0.0575906377374, -0.998298689775, 0.00911287213205), (-0.116948181119, 0.0158112128523, 0.993012149211)	99.1044693715, 37.5940598657, 37.7560717855

#1: タンパク質	alcohol dehydrogenase 分子量: 29525.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. 26 (バクテリア) / 遺伝子: CLU84_2013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G6ZQ46
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % polyethylen glycole 1500, 0.1 M sodium HEPES buffer, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.989→105.434 Å / Num. obs: 43285 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.56 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.989→2.126 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2163 / CC_1/2: 0.644

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BMV

4bmv

解像度: 1.99→67.13 Å / SU ML: 0.2671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1566
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	1082	2.5 %
R_work	0.1991	42172	-
obs	0.2001	43254	82.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→67.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5697	0	0	448	6145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	5790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5284	7849
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7396	2156

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.02241253723
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.20578011252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.04	0.3536	36	0.3658	1377	X-RAY DIFFRACTION	35.18
2.11-2.19	0.3774	91	0.2761	3581	X-RAY DIFFRACTION	78.78
2.19-2.33	0.298	154	0.2419	6031	X-RAY DIFFRACTION	95.65
2.33-2.51	0.2672	164	0.2204	6356	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.51-2.76	0.2607	162	0.219	6351	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.76-3.16	0.2578	165	0.2119	6385	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.16-3.98	0.2319	138	0.1794	5384	X-RAY DIFFRACTION	83.31
3.98-67.13	0.1889	172	0.1661	6707	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.948854180189	-0.233894488984	-0.00693927281167	1.5850575871	-0.18133285424	1.02726872424	-0.0698020441004	0.0326696644069	0.223462071341	-0.196371415849	0.0706426974519	-0.324209746203	-0.280366253541	0.286494159467	0.00314382290222	0.248595773525	-0.0757354559552	0.00428775142519	0.298014378047	-0.00966342032197	0.253498447775	72.661668659	11.1268867909	100.350692161
2	4.87160199632	-0.78981456104	1.02920549719	2.25206056855	1.07931677567	3.96289036698	0.346798596628	0.196769081273	-0.84607117468	-0.707607990906	0.128270128065	0.0453537479499	0.410711549294	0.112723301359	-0.16676940411	0.31995947119	0.0833254257518	-0.0126104669577	0.231709251581	-0.0846835586521	0.330482064251	74.6587196725	-21.2857822755	104.339634277
3	4.84815087195	-0.0453432171144	-1.61662775983	5.9314894052	-1.9294397498	2.09630201665	-0.178374872443	-0.0868321539281	-0.593776413034	-0.639236257701	-0.0642211260481	-0.190674754562	0.202803981973	0.508598798566	0.319261645483	0.226532031477	0.040655597424	-0.0375494495074	0.220959905684	0.0131827625589	0.497349745112	39.6073847488	13.7069100137	60.3739074421
4	2.96086466098	-1.17360724504	-1.30685539682	0.687281205433	-0.103580906022	2.7000779065	-0.12361433408	-0.0420030492669	-0.906434004794	0.577654145407	-0.165905142887	-0.726665663733	0.731496135469	0.06693565205	0.202688296906	0.478992355176	-0.00142223634115	-0.0819344746078	0.210040263884	0.063948618226	0.616318748417	40.5373569625	8.53018113344	66.5898987098
5	1.19083487821	0.247741779329	0.225410501861	2.86072642122	0.873866571844	2.10313703702	0.0315405614276	0.0427376885622	-0.158042394435	0.21174693194	0.000674764193713	-0.446643670321	0.186192578014	0.0903603111211	-0.0242955414462	0.191955696858	-0.00996201672013	-0.0430273800488	0.192037503841	0.0155275021979	0.259960206098	39.4611283652	26.884941894	67.2021914362
6	0.526647320764	-0.0843088604726	-0.891487067238	1.70386403116	-1.51544461542	5.27100059361	0.0607423883261	-0.282586577401	-0.22111129622	-0.0197625394005	-0.306834179869	0.353035500485	0.34636402518	0.411831244952	0.453591855706	0.416979800347	-0.102739411963	0.0329739036849	0.478349824271	0.0253246679889	0.271661269211	27.0113303366	17.9010552752	73.9172602214
7	1.02418452603	-1.45709982645	-0.0666325622193	4.11809089112	0.645038633412	1.25555155303	0.202922313054	0.143137222262	-0.409566071272	-0.224710966391	-0.279344868494	0.978140283257	0.121722721657	-0.36055641779	0.100427618891	0.289971800319	-0.0689341608175	-0.0427778738842	0.434971595353	-0.0718684724699	0.339114085703	20.3757827047	26.1467123251	64.8982941238
8	4.57295629574	1.36435449565	0.922147063999	5.54988288703	0.197553397468	5.35645967753	0.472149703762	0.206549627596	0.245419832935	-0.488815928413	-0.686982587542	0.666934387284	-0.470857110241	-0.82446290387	0.193845719661	0.395915482264	0.0980361459248	0.0115005192582	0.370223170485	0.013848645127	0.315165426227	19.9869070576	58.7663394814	68.3875428317
9	3.3508222371	0.399318760367	-0.0892374118394	2.79064846087	-0.0286189140081	1.8798398954	-0.168159787467	0.077831808817	0.493757164517	-0.199130077369	0.101145096392	0.056047875079	-0.26042913346	-0.0639314985175	0.0289749607729	0.299367482358	0.0218040528617	-0.0702425602572	0.202608104812	-0.00308708494894	0.267078823232	42.2967023678	62.2957739572	79.2712435821
10	1.34709309273	0.419588201308	0.379695359555	1.90215825083	1.06115591775	1.46287653515	0.0108083943259	-0.0268765665078	-0.100730452701	-0.0130180341067	0.024164308222	-0.26362138493	-0.247995087765	0.0566787442214	-0.0429269087993	0.254253715947	-0.00552019013071	-0.0370933620992	0.232631455476	0.0119635429407	0.232619973903	39.5587009632	45.2728416853	77.160411711
11	0.825091389504	-0.0481037154746	0.240434883098	0.640055324518	-1.10277887145	6.01340764836	-0.0119739087859	0.228695771237	0.171219177576	-0.305174591712	-0.310091288767	0.0155147851118	-0.207509971411	0.0232257458275	0.28500115222	0.428098485286	0.0986618521951	-0.043107794165	0.365158477272	0.0299066221486	0.25009524359	29.4724582507	55.8332618714	67.0577202781
12	1.44654761452	-0.331250151335	0.20735346063	2.01425428701	0.937950070337	1.19889577839	0.0396494569494	0.0376229105488	-0.00659833084671	0.24108203368	-0.27999877553	0.640170927009	0.143460190344	-0.374365477109	0.241670039004	0.237264483142	-0.0165758329325	0.0469330340243	0.391464067396	-0.0585289841484	0.238218935427	19.8008863265	41.3539803635	73.9260542719
13	5.20029985887	1.22306153551	-1.46732778523	4.30868731204	-0.0374056527425	1.75282548104	0.136306691338	0.193626758387	0.467641505005	-0.493171700268	0.0679059890773	0.00600585288692	-0.153905067848	0.305258635555	-0.271104773	0.290686491089	0.00894058322418	-0.0266230121673	0.19719557943	0.0199231068559	0.276736012616	53.4694162419	22.0379149245	93.1418228338
14	3.05963131047	-0.604990551803	0.833839183181	1.59912511313	0.254454981592	3.14730388647	0.0878834934512	-0.0966092060699	0.514444215298	-0.045712365572	-0.16992960483	-0.0165731142587	-0.135506608543	-0.136670387291	0.0858031483937	0.296739790196	0.00357149414729	-0.029123711429	0.179689839407	-0.0217394648841	0.275496964801	54.2040967385	24.8466111546	98.0311536644
15	2.15855318385	-0.268437415272	-0.360568324314	2.28167881759	-0.174171951133	1.15455223521	-0.0360195123778	0.0520820794498	0.16724421733	-0.0322108069216	-0.0770781995173	0.374605622315	-0.13742343386	-0.201292011823	0.125348985156	0.284458138517	0.0285619202642	-0.0863165114442	0.238401738667	-0.0346478833931	0.29929556471	46.2971159817	20.5371976012	96.3038040862
16	0.771274794491	0.1340228135	0.174840456437	0.922670333503	0.00475427350925	1.49624636038	-0.0336261458058	-0.00160480734544	0.0469323214661	0.0329376277621	-0.0242001356707	0.154459173666	-0.198655396722	-0.0889369705617	0.0720154912394	0.230139228071	-0.000586141818996	-0.0179610337411	0.168627038958	-0.0423801142499	0.223896178933	56.6804303961	6.17983801515	103.075430816
17	1.85189264701	0.834321958792	1.85583938098	1.13767402439	1.6540496274	6.23929353437	-0.0603509877998	-0.356139112402	0.136596151727	-0.155287480172	-0.0066583235846	-0.00616592523873	-0.474585179202	-0.530415025023	0.0305098524441	0.222071142208	-0.00267770682413	-0.000321004083646	0.242584473397	-0.040475458555	0.241922764948	65.4599615432	18.7124635984	110.095177291

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 207 through 248 )	C	C	207 - 248	199 - 240
2	2	chain 'C' and (resid 249 through 260 )	C	C	249 - 260	241 - 252
3	3	chain 'A' and (resid 2 through 14 )	A	A	2 - 14	1 - 13
4	4	chain 'A' and (resid 15 through 52 )	A	A	15 - 52	14 - 51
5	5	chain 'A' and (resid 53 through 174 )	A	A	53 - 174	52 - 173
6	6	chain 'A' and (resid 175 through 206 )	A	A	175 - 206	174 - 195
7	7	chain 'A' and (resid 207 through 248 )	A	A	207 - 248	196 - 237
8	8	chain 'A' and (resid 249 through 260 )	A	A	249 - 260	238 - 249
9	9	chain 'B' and (resid 2 through 52 )	B	B	2 - 52	1 - 52
10	10	chain 'B' and (resid 53 through 174 )	B	B	53 - 174	53 - 174
11	11	chain 'B' and (resid 175 through 206 )	B	B	175 - 206	175 - 197
12	12	chain 'B' and (resid 207 through 260 )	B	B	207 - 260	198 - 251
13	13	chain 'C' and (resid 2 through 14 )	C	C	2 - 14	1 - 13
14	14	chain 'C' and (resid 15 through 37 )	C	C	15 - 37	14 - 36
15	15	chain 'C' and (resid 38 through 87 )	C	C	38 - 87	37 - 86
16	16	chain 'C' and (resid 88 through 174 )	C	C	88 - 174	87 - 174
17	17	chain 'C' and (resid 175 through 206 )	C	C	175 - 206	175 - 198

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)