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- PDB-6h7d: Crystal Structure of A. thaliana Sugar Transport Protein 10 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h7d
タイトルCrystal Structure of A. thaliana Sugar Transport Protein 10 in complex with glucose in the outward occluded state
要素Sugar transport protein 10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha-helical protein / sugar transport / protoin/sugar symporter / MAjor Facilitator
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose transmembrane transporter activity / hexose:proton symporter activity / galactose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport protein STP/MST-like, plant / Sugar transport protein STP/Polyol transporter PLT, plant / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Sugar transport protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pedersen, B.P. / Paulsen, P.A. / Custodio, T.F.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent ResearchDFF-4002-0052 デンマーク
European Research CouncilStG-637372 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the plant symporter STP10 illuminates sugar uptake mechanism in monosaccharide transporter superfamily.
著者: Paulsen, P.A. / Custodio, T.F. / Pedersen, B.P.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.type / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar transport protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3219
ポリマ－56,9371
非ポリマー2,3848
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.680, 92.460, 66.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sugar transport protein 10 / Hexose transporter 10


分子量: 56936.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: STP10, At3g19940, MPN9.19 / プラスミド: p423_GAL1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant (発現宿主): DSY-5 / 参照: UniProt: Q9LT15
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 41分子

#3: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % / 解説: 70x10x30 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M NaCitrate pH 4.5, 0.01 M Ammonium dihydrogen phosphate, 5% DMSO, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→63.018 Å / Num. obs: 23248 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.591 % / Biso Wilson estimate: 41.32 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.282 / Rrim(I) all: 0.306 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 153232 / Scaling rejects: 34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.56.6462.1550.8926560.3482.34399.8
2.5-2.66.661.7181.1322770.4971.86799.8
2.6-2.76.6641.4171.419560.5681.539100
2.7-2.86.6491.0181.9916770.7261.10699.6
2.8-2.96.5550.8982.214730.7590.975100
2.9-36.5110.7682.5712670.7830.83699.8
3-3.26.4880.6013.1620810.8610.65499.7
3.2-3.46.6060.444.3416190.9220.47899.8
3.4-3.66.760.3035.9512820.9710.328100
3.6-3.86.720.2317.5210350.9820.2599.6
3.8-46.5930.1868.768480.9870.20199.5
4-56.6110.14211.0924530.9910.154100
5-66.5830.14311.0611020.9880.15599.4
6-86.3790.11812.138680.9940.12999.9
8-95.9530.08914.261920.9950.09799
9-105.9290.09915.591260.9960.108100
10-156.2460.08916.362320.9970.09698.3
15-205.9830.07617.07580.9920.08496.7
20-63.0184.8260.08314.59460.9990.09697.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 26, 2018データ削減
XSCALEJan 26, 2018データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13rc1精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→63.018 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 1161 5 %
Rwork0.2025 --
obs0.2057 23216 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.34 Å2 / Biso mean: 54.437 Å2 / Biso min: 23.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→63.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3771 0 164 34 3969
Biso mean--68.7 46.43 -
残基数----487
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.50920.36511450.317127342879100
2.5092-2.64150.35291490.274127322881100
2.6415-2.8070.3171360.253227622898100
2.807-3.02370.3411530.236227592912100
3.0237-3.3280.30651450.218527412886100
3.328-3.80950.23261420.187127522894100
3.8095-4.79930.24891430.165327822925100
4.7993-63.04020.21651480.17512793294199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91110.03450.02781.9717-0.26651.0631-0.0456-0.1487-0.10560.16340.0545-0.05040.1325-0.0266-0.00390.68390.02590.09660.266-0.00720.3556-21.9167-17.87970.7933
21.89691.1938-0.0612.29090.81061.7925-0.17060.4545-0.0395-0.64450.2089-0.14790.12140.1779-0.05021.0469-0.00150.13560.42440.03930.3867-16.21-7.3278-28.5862
31.69080.11180.12082.4483-0.05940.7652-0.0045-0.13210.05210.16890.0256-0.0226-0.30370.0096-0.03150.47110.00470.03160.2133-0.01610.2462-19.08851.7251.3504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1resid 21 through 225 OR resid 601 OR resid 602 OR resid 603 OR resid 606 OR resid 6070
2X-RAY DIFFRACTION2resid 226 through 280 OR resid 472 through 5070
3X-RAY DIFFRACTION3resid 281 through 471 OR resid 600 OR resid 604 OR resid 6050

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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