PDB-5xvr: EarP bound with dTDP-rhamnose (co-crystal)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xvr

タイトル

EarP bound with dTDP-rhamnose (co-crystal)

要素

EarP

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-B / EF-P / rhamnosylation / translation elongation / dTDP-rhamnose

機能・相同性

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Protein-arginine rhamnosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis H44/76 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Sengoku, T. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of protein arginine rhamnosylation by glycosyltransferase EarP
著者: Sengoku, T. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Watanabe, C. / Honma, T. / Hikida, Y. / Yamaguchi, Y. / Takahashi, H. / Yokoyama, S. / Yanagisawa, T.

履歴

登録	2017年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xvr.cif.gz	343 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xvr.ent.gz	277.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xvr_validation.pdf.gz	997.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xvr_full_validation.pdf.gz	1000.5 KB	表示
XML形式データ	5xvr_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	5xvr_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wxiC 5wxjC 5wxkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lre-3 4kc7-1 3un5-2 4x9m-d 3uny-1 1cc4-d 4lra-2 6dkd-1 3uny-4 2x8s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EarP

B: EarP

ヘテロ分子

90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EarP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EarP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.390, 195.190, 46.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	EarP 分子量: 44444.234 Da / 分子数: 2 / 変異: D20N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis H44/76 (髄膜炎菌) 株: H44/76 / 遺伝子: NMH_0797 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6MVV9
#2: 化合物	ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス分子量: 548.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆N₂O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8% tacsimate pH 6.0, 12% PEG6000, 0.2M lithium sulfate, 10mM dTDP-rhamnose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→48.8 Å / Num. obs: 110150 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 21.6 % / Net I/σ(I): 19.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.63→48.798 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	2603	2.37 %
R_work	0.1643	-	-
obs	0.1652	110028	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→48.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6163	0	95	950	7208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	8970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.368	5260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6596	0.3284	132	0.2897	5547	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6596-1.6916	0.2868	123	0.2658	5483	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6916-1.7261	0.2635	116	0.2391	5577	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7261-1.7636	0.2866	134	0.218	5523	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7636-1.8047	0.2449	145	0.2039	5551	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8047-1.8498	0.2131	132	0.1894	5593	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8498-1.8998	0.2444	137	0.1878	5532	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8998-1.9557	0.229	139	0.174	5593	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9557-2.0188	0.2511	139	0.1761	5629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0188-2.091	0.2086	137	0.1633	5587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.091-2.1747	0.2158	139	0.1602	5630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1747-2.2737	0.1865	140	0.1536	5641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2737-2.3936	0.1871	135	0.1586	5676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3936-2.5435	0.2006	137	0.1685	5672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5435-2.7399	0.1842	141	0.1694	5717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7399-3.0156	0.2444	141	0.1709	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0156-3.4518	0.1917	142	0.1595	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4518-4.3485	0.1665	144	0.1365	5862	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3485-48.8194	0.1727	150	0.1505	6108	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7424	-0.1919	-0.4124	2.5451	0.0108	2.277	0.0942	0.05	0.2605	-0.0906	0.0629	0.0464	-0.1202	-0.1053	-0.1141	0.1386	0.0109	0.0438	0.1661	-0.0079	0.2496	38.3156	73.6024	6.1723
2	1.6779	2.5439	0.6897	8.0815	0.9838	1.6873	0.0472	-0.0541	0.2178	0.2283	0.0717	-0.2688	0.0239	-0.0017	-0.1311	0.1648	0.0368	0.0226	0.1819	-0.0286	0.2708	31.0616	74.494	21.58
3	0.892	-0.3435	0.1064	1.9458	-0.2365	0.4354	0.0383	-0.0321	0.1746	0.0768	0.0773	-0.068	-0.0891	0.0069	-0.1131	0.2011	0.0066	0.0624	0.1522	-0.0193	0.2721	22.0268	95.0706	19.0905
4	2.2519	-0.3125	1.0398	4.1502	0.4292	3.1314	0.1078	0.1628	-0.0323	-0.341	-0.0071	0.066	0.0708	-0.019	-0.0975	0.1508	0.032	-0.0253	0.1911	0.0032	0.2056	6.0074	57.9346	3.2974
5	0.6861	-0.181	-0.0734	1.0809	0.4858	0.7778	-0.0119	-0.0289	-0.0135	0.0443	-0.0185	0.098	0.01	-0.0158	0.0329	0.1363	-0.0076	-0.0041	0.1368	0.0026	0.1292	21.3009	36.1088	6.8091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 379 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 114 through 378 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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