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- PDB-5wtt: Structure of the 093G9 Fab in complex with the epitope peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtt
タイトルStructure of the 093G9 Fab in complex with the epitope peptide
要素
  • Epitope peptide of Cyr61
  • Heavy chain of 093G9 Fab
  • Light chain of 093G9 Fab
キーワードPROTEIN BINDING / Cyr61 / epitope / rheumatoid arthritis / therapeutic antibody 093G9
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhong, C. / Hu, K. / Shen, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: J. Mol. Recognit. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for the recognition of CCN1 by monoclonal antibody 093G9.
著者: Zhong, C. / Huo, R. / Hu, K. / Shen, J. / Li, D. / Li, N. / Ding, J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of 093G9 Fab
L: Light chain of 093G9 Fab
P: Epitope peptide of Cyr61
A: Heavy chain of 093G9 Fab
B: Light chain of 093G9 Fab
C: Epitope peptide of Cyr61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1226
ポリマ－107,1226
非ポリマー00
水43224
1
H: Heavy chain of 093G9 Fab
L: Light chain of 093G9 Fab
P: Epitope peptide of Cyr61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5613
ポリマ－53,5613
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
2
A: Heavy chain of 093G9 Fab
B: Light chain of 093G9 Fab
C: Epitope peptide of Cyr61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5613
ポリマ－53,5613
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.883, 214.437, 50.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of 093G9 Fab


分子量: 26205.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light chain of 093G9 Fab


分子量: 26513.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Epitope peptide of Cyr61


分子量: 841.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 6000, 8% MPD, pH7.9, 5% ethyle acetate / PH範囲: 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 23993 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000data processing
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 18.178 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27406 1221 5.1 %RANDOM
Rwork0.22189 ---
obs0.22456 22713 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å2-6.1 Å2
2---4.93 Å20 Å2
3---3.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6768 0 0 24 6792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.026956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1351.9489473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3385872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49224.244271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.209151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4951526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7565.3973509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8318.0934374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.225.5443447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.09627165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 88 -
Rwork0.343 1702 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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