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- PDB-5wt4: L-Cysteine-PLP intermediate of NifS from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wt4
タイトルL-Cysteine-PLP intermediate of NifS from Helicobacter pylori
要素Cysteine desulfurase IscS
キーワードTRANSFERASE / Iron-sulfur cluster biogenesis / cysteine desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cysteine desulfurase NifS, proteobacteria / Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6P / ISOPROPYL ALCOHOL / Cysteine desulfurase IscS
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Nakamura, R. / Takahashi, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS15H04472 日本
JSPS15H06085 日本
the Sumitomo Foundation163037 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5383
ポリマ－44,1251
非ポリマー4122
水1629
1
A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase IscS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0756
ポリマ－88,2502
非ポリマー8254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.170, 103.170, 133.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase NifS


分子量: 44125.230 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V, K138R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: iscS, HP_0220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O25008, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#3: 化合物 ChemComp-C6P / N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-L-CYSTEINE / 4-((1-CARBOXY-2-THIOL-ETHYLAMINO)-METHYL)-3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDINIUM


分子量: 352.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7PS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES/NaOH, PEG4000, glycerol, isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月3日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 16036 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 66.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1082 / Net I/σ(I): 26.52
反射 シェル解像度: 2.92→3.024 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9236 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 1579 / CC1/2: 0.908 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ECX

1ecx


解像度: 2.92→48.123 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 795 5 %
Rwork0.2677 --
obs0.269 15900 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→48.123 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 26 9 2810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.553860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6271719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.9201-3.1030.30271320.295424971575100
3.103-3.34250.37591310.32122510100
3.3425-3.67880.46091240.3838236093
3.6788-4.21080.361280.3048243395
4.2108-5.30410.22761350.21752564100
5.3041-48.12990.21341450.21282739100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67011.18470.06934.0586-0.24055.5216-0.00620.723-0.51680.2669-0.0089-0.15570.41110.39660.13850.26870.09150.06710.4739-0.06540.5098-19.4783-30.5671-3.6831
28.07761.13290.01313.7620.01780.1849-0.17751.3346-0.1832-0.49780.1488-0.278-0.96941.0289-0.21680.7985-0.4572-0.02841.43380.39090.8788-7.7315-8.9524-16.5104
33.920.6383-1.59493.43720.25553.68770.01771.3962-0.1925-0.26970.164-0.5341-0.3011.1369-0.09490.3538-0.06130.1251.2321-0.05580.6441-8.9495-22.3264-13.6335
43.9607-1.04721.45683.9755-1.09025.60350.01791.95370.1749-1.5114-0.29180.11190.27010.05560.21510.72230.0019-0.04981.4294-0.05750.5579-29.0635-24.9642-26.0196
56.8988-3.697-1.68359.64694.01182.92050.98351.96021.9703-2.65010.01971.3783-0.9892-0.37660.0141.2307-0.2373-0.55882.36930.02610.1306-42.1216-20.5474-33.4765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 133 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 243 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 244 through 362 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 363 through 384 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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