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- PDB-5wl2: VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wl2
タイトルVH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
要素
  • Germline-reverted light chain of CR9114
  • Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / VH1-69 germline antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Wilson, I.A. / Lang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI 117675 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Anti-idiotypic antibody K1-18 engages VH1-69 precursor and affinity-matured, anti-stem antibodies through mimicry of the HA stem.
著者: Wilson, I.A. / Lang, S. / Kurosawa, Y. / Ohshima, N. / Ota, T. / Abadejos, J. / Lee, P.S. / Nemazee, D.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
L: Germline-reverted light chain of CR9114
A: Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
B: Germline-reverted light chain of CR9114


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6194
ポリマ－94,6194
非ポリマー00
水5,332296
1
H: Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
L: Germline-reverted light chain of CR9114


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3092
ポリマ－47,3092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
A: Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114
B: Germline-reverted light chain of CR9114


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3092
ポリマ－47,3092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.125, 71.125, 185.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114


分子量: 24482.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Germline-reverted light chain of CR9114


分子量: 22827.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M sodium citrate pH 5.6 19% 2-propanol 5% (v/v) glycerol 19% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→43.663 Å / Num. obs: 81962 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4107 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.43 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→43.663 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 3652 5.27 %
Rwork0.1999 --
obs0.2017 69277 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→43.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 0 296 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1118959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.513918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9949-2.02110.31881530.29162300X-RAY DIFFRACTION88
2.0211-2.04880.31041720.27722379X-RAY DIFFRACTION92
2.0488-2.07810.32981140.27992353X-RAY DIFFRACTION91
2.0781-2.10910.32641530.27842394X-RAY DIFFRACTION92
2.1091-2.14210.30381590.25922433X-RAY DIFFRACTION94
2.1421-2.17720.33181280.26552447X-RAY DIFFRACTION94
2.1772-2.21470.25641150.24592469X-RAY DIFFRACTION93
2.2147-2.2550.3261220.25652438X-RAY DIFFRACTION95
2.255-2.29840.28411330.25362547X-RAY DIFFRACTION95
2.2984-2.34530.23281150.25592507X-RAY DIFFRACTION97
2.3453-2.39630.33361460.25872539X-RAY DIFFRACTION97
2.3963-2.4520.27281360.24342577X-RAY DIFFRACTION98
2.452-2.51330.29431960.24642495X-RAY DIFFRACTION98
2.5133-2.58130.31681520.25542562X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.65720.31621600.25332620X-RAY DIFFRACTION100
2.6572-2.7430.35781210.25192631X-RAY DIFFRACTION100
2.743-2.8410.28221320.23092600X-RAY DIFFRACTION99
2.841-2.95470.23971420.22492601X-RAY DIFFRACTION99
2.9547-3.08910.24171600.23292579X-RAY DIFFRACTION100
3.0891-3.2520.31291350.21662581X-RAY DIFFRACTION98
3.252-3.45560.24511140.20642570X-RAY DIFFRACTION100
3.4556-3.72230.22941580.19732641X-RAY DIFFRACTION100
3.7223-4.09660.19151180.17862579X-RAY DIFFRACTION100
4.0966-4.68880.17591360.14172597X-RAY DIFFRACTION99
4.6888-5.90510.17351240.15132625X-RAY DIFFRACTION99
5.9051-43.67310.18821580.16922561X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.6452 Å / Origin y: 0.3136 Å / Origin z: -20.5317 Å
111213212223313233
T0.353 Å2-0.0328 Å20.076 Å2-0.3114 Å2-0.0434 Å2--0.373 Å2
L0.4434 °2-0.2753 °20.067 °2-0.1225 °2-0.0402 °2--0.692 °2
S0.0711 Å °-0.1044 Å °0.0338 Å °-0.1087 Å °-0.0558 Å °-0.0209 Å °0.075 Å °-0.0386 Å °-0.018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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