+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wl2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / VH1-69 germline antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilson, I.A. / Lang, S. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Anti-idiotypic antibody K1-18 engages VH1-69 precursor and affinity-matured, anti-stem antibodies through mimicry of the HA stem. Authors: Wilson, I.A. / Lang, S. / Kurosawa, Y. / Ohshima, N. / Ota, T. / Abadejos, J. / Lee, P.S. / Nemazee, D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 332.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 280.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 459.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 49.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 24482.320 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 22827.123 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.09 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.095 M sodium citrate pH 5.6 19% 2-propanol 5% (v/v) glycerol 19% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77.2 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→43.663 Å / Num. obs: 81962 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4107 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.43 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 97.3 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2→43.663 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 27.09 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.995→43.663 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -23.6452 Å / Origin y: 0.3136 Å / Origin z: -20.5317 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |