PDB-5wc4: Crystal structure of biphenyl synthase from Malus domestic comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wc4

タイトル

Crystal structure of biphenyl synthase from Malus domestic complexed with benzoyl-CoA

要素

BIS3 biphenyl synthase

キーワード

TRANSFERASE / thiolase fold / polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

3,5-dihydroxybiphenyl synthase / biphenyl synthase activity / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Malus domestica (リンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Stewart Jr, C.E. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Molecular architectures of benzoic acid-specific type III polyketide synthases.
著者: Stewart, C. / Woods, K. / Macias, G. / Allan, A.C. / Hellens, R.P. / Noel, J.P.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年11月13日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wc4.cif.gz	489.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wc4.ent.gz	406.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uc5C 5ucoC 5w8qSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6op5-1 6cqb-d 3a5s-d 5ypt-3 1i8b-1 1l8n-d 3a5q-d 6gw3-1 4ydr-d 1mqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BIS3 biphenyl synthase

B: BIS3 biphenyl synthase

ヘテロ分子

88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.247, 112.985, 62.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BIS3 biphenyl synthase 分子量: 43253.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus domestica (リンゴ) / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K9MST3, 3,5-dihydroxybiphenyl synthase
#2: 化合物	ChemComp-BU4 / (3R)-butane-1,3-diol / (R)-1,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-BYC / benzoyl coenzyme A 分子量: 871.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₀N₇O₁₇P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 = protein : Sodium-HEPES (pH7.5) 0.1M, Ammonium Acetate 0.2M, PEG8000 14%

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 239899 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 8.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.443 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 876363

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.22	3.4	0.477	1.411	1	100
1.22-1.24	3.5	0.418	1.401	1	100
1.24-1.27	3.6	0.372	1.369	1	100
1.27-1.29	3.6	0.33	1.347	1	100
1.29-1.32	3.6	0.298	1.375	1	100
1.32-1.35	3.6	0.273	1.246	1	100
1.35-1.39	3.6	0.231	1.217	1	100
1.39-1.42	3.7	0.2	1.148	1	100
1.42-1.46	3.7	0.173	1.194	1	100
1.46-1.51	3.7	0.145	1.291	1	100
1.51-1.57	3.7	0.126	1.423	1	100
1.57-1.63	3.7	0.11	1.513	1	100
1.63-1.7	3.7	0.099	1.648	1	99.9
1.7-1.79	3.7	0.093	1.672	1	100
1.79-1.9	3.7	0.082	1.832	1	100
1.9-2.05	3.7	0.074	2.072	1	99.9
2.05-2.26	3.7	0.064	1.842	1	100
2.26-2.59	3.7	0.053	1.662	1	100
2.59-3.26	3.8	0.044	1.191	1	99.9
3.26-50	3.6	0.037	0.951	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		data processing
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W8Q

5w8q

解像度: 1.2→42.631 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1247	11955	5.02 %
R_work	0.1001	-	-
obs	0.1013	238366	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.76 Å² / B_iso mean: 14.3826 Å² / B_iso min: 3.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→42.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5919	0	216	1041	7176
B_iso mean	-	-	19.99	28.5	-
残基数	-	-	-	-	757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.446	8618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.663	2374

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2046	394	0.1875	7495	7889	99
1.2136-1.2279	0.1996	408	0.1742	7563	7971	100
1.2279-1.2428	0.1696	432	0.1567	7400	7832	100
1.2428-1.2586	0.1679	408	0.1432	7531	7939	100
1.2586-1.2751	0.1669	394	0.134	7472	7866	100
1.2751-1.2926	0.1531	392	0.1243	7574	7966	100
1.2926-1.3111	0.1491	393	0.1178	7563	7956	100
1.3111-1.3307	0.1547	406	0.1165	7525	7931	100
1.3307-1.3514	0.1436	391	0.115	7541	7932	100
1.3514-1.3736	0.1453	395	0.1087	7537	7932	100
1.3736-1.3973	0.1407	401	0.1052	7534	7935	100
1.3973-1.4227	0.1354	435	0.1045	7523	7958	100
1.4227-1.4501	0.117	396	0.0958	7583	7979	100
1.4501-1.4797	0.1186	376	0.0822	7540	7916	100
1.4797-1.5118	0.1086	418	0.0785	7550	7968	100
1.5118-1.547	0.1024	390	0.0736	7522	7912	100
1.547-1.5857	0.109	373	0.073	7586	7959	100
1.5857-1.6286	0.1023	383	0.0728	7613	7996	100
1.6286-1.6765	0.1044	416	0.0717	7532	7948	100
1.6765-1.7306	0.0989	393	0.0757	7553	7946	100
1.7306-1.7925	0.1081	388	0.0808	7592	7980	100
1.7925-1.8642	0.1149	391	0.0845	7545	7936	100
1.8642-1.9491	0.1066	454	0.0846	7511	7965	100
1.9491-2.0518	0.1036	413	0.0836	7578	7991	100
2.0518-2.1804	0.0983	381	0.0838	7559	7940	100
2.1804-2.3487	0.1086	373	0.0866	7589	7962	100
2.3487-2.5851	0.1127	379	0.0953	7626	8005	100
2.5851-2.959	0.1353	390	0.1055	7619	8009	100
2.959-3.7278	0.1281	393	0.1077	7624	8017	100
3.7278-42.6583	0.1402	399	0.1226	7431	7830	97

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