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- PDB-5w9q: Zinc finger region of MBD1 in complex with CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w9q
タイトルZinc finger region of MBD1 in complex with CpG DNA
要素
  • Methyl-CpG-binding domain protein 1
  • dna
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc finger / dna-binding / CXXC3 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded methylated DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / unmethylated CpG binding / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / methyl-CpG binding / negative regulation of astrocyte differentiation / response to nutrient levels / SUMOylation of transcription cofactors / response to cocaine / neuron differentiation ...double-stranded methylated DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / unmethylated CpG binding / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / methyl-CpG binding / negative regulation of astrocyte differentiation / response to nutrient levels / SUMOylation of transcription cofactors / response to cocaine / neuron differentiation / nuclear matrix / response to estradiol / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2017年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 1
B: Methyl-CpG-binding domain protein 1
C: dna
D: dna
E: dna
F: dna
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,92226
ポリマ－28,6606
非ポリマー26220
水82946
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 1
C: dna
D: dna
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,46113
ポリマ－14,3303
非ポリマー13110
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 1
E: dna
F: dna
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,46113
ポリマ－14,3303
非ポリマー13110
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.339, 27.800, 64.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 1 / CXXC-type zinc finger protein 3 / Methyl-CpG-binding protein MBD1 / Protein containing methyl-CpG- ...CXXC-type zinc finger protein 3 / Methyl-CpG-binding protein MBD1 / Protein containing methyl-CpG-binding domain 1


分子量: 7003.344 Da / 分子数: 2 / 断片: Zinc finger region (UNP residues 330-388) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD1, CXXC3, PCM1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UIS9
#2: DNA鎖
dna


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG-400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.69 Å / Num. obs: 22639 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 83217 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.843.70.726495713370.8070.4350.8481.999.9
9-33.693.10.0426162010.9950.0290.05130.797.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データ削減
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4HP3, 3QMD

4hp3

3qmd


解像度: 1.8→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 11.831 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.139
詳細: arp/warp was used in map improvement mode. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2532 1306 5.8 %thin shells (sftools)
Rwork0.2262 ---
obs0.2277 21331 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.41 Å2 / Biso mean: 48.642 Å2 / Biso min: 25.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å20 Å20.36 Å2
2---4.31 Å2-0 Å2
3---4.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数839 972 20 46 1877
Biso mean--45.2 40.91 -
残基数----158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0151976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.4972843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3673.013163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1165111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.85519.76242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87515169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4681518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8361.341441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8151.339440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3931.996547
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 69 -
Rwork0.362 1610 -
all-1679 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.40050.51151.851310.18982.40655.26090.20280.8672-0.1789-0.3113-0.08290.1841-0.0320.4125-0.11990.2670.009-0.02150.3848-0.02550.0111-11.975611.96378.0522
211.8033-5.53432.839111.0574-0.09545.7105-0.1567-0.9859-0.18680.7590.1650.28680.1163-0.4832-0.00830.3228-0.0006-0.02650.3971-0.04280.0723-22.84936.1379-8.3201
311.02232.2064-2.55684.5220.06392.61710.1601-0.9795-0.12290.3568-0.2859-0.0795-0.07740.19980.12580.3431-0.0528-0.06860.4207-0.01530.0836-10.96499.214321.6868
412.74187.2853-1.543810.1215-0.6912.7607-0.0166-0.1545-0.92990.24640.0346-0.3539-0.20360.1161-0.01790.4144-0.0345-0.01170.3798-0.02870.0877-10.72758.059920.298
58.5686-4.2305-1.53255.0978-0.35211.23460.40190.8027-0.2986-0.4818-0.52270.4273-0.065-0.06530.12080.35270.0664-0.15170.4462-0.0610.2604-23.77752.3751-22.1177
613.2381-8.7748-0.09447.3589-0.17612.03110.20570.4045-1.0322-0.255-0.25590.6211-0.0839-0.19360.05010.40670.0472-0.06210.4296-0.03790.242-23.8871.3871-20.8795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A333 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION2B334 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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