PDB-5vxj: 2.50 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxj

タイトル

2.50 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JMK-E3

要素

Invasin IpaD
single-domain antibody JMK-E3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / tip protein / VHH / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.50 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JMK-E3
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxj.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxj.ent.gz	909.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j0oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4r5o-3 4k34-3 4bq6-1 4r5o-2 3egg-1 6hue-1 4bq7-2 1hpl-1 2x1l-2 4k95-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Invasin IpaD

B: single-domain antibody JMK-E3

C: Invasin IpaD

D: single-domain antibody JMK-E3

E: Invasin IpaD

F: single-domain antibody JMK-E3

G: Invasin IpaD

H: single-domain antibody JMK-E3

I: Invasin IpaD

J: single-domain antibody JMK-E3

238 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Invasin IpaD

B: single-domain antibody JMK-E3

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Invasin IpaD

D: single-domain antibody JMK-E3

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Invasin IpaD

F: single-domain antibody JMK-E3

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47.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Invasin IpaD

H: single-domain antibody JMK-E3

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47.6 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Invasin IpaD

J: single-domain antibody JMK-E3

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.014, 163.350, 216.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Invasin IpaD / 36 kDa membrane antigen 分子量: 31904.623 Da / 分子数: 5 / 変異: C322S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD, CP0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 抗体	single-domain antibody JMK-E3 分子量: 15662.462 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 20% (w/v) PEG 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→48.62 Å / Num. obs: 96196 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.83 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 651001 / Scaling rejects: 123

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.5-2.54	7	1.213	33653	4787	0.683	0.495	1.312	2	100
13.69-48.62	6.3	0.039	4297	685	0.991	0.018	0.043	33.8	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12rc1_2803	精密化
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J0O

2j0o

解像度: 2.5→45.048 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	9228	5.02 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1964	174630	-	-
obs	0.1995	183858	98.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.16 Å² / B_iso mean: 54.3366 Å² / B_iso min: 14.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→45.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14944	0	0	186	15130
B_iso mean	-	-	-	37.96	-
残基数	-	-	-	-	1955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	15181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	20552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.056	9182

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.3672	264	0.3037	6019	6283	100
2.5284-2.5582	0.3422	309	0.3059	5899	6208	100
2.5582-2.5893	0.3143	335	0.2889	5872	6207	100
2.5893-2.6221	0.3424	322	0.2878	5889	6211	100
2.6221-2.6566	0.3698	335	0.2846	5861	6196	100
2.6566-2.693	0.3596	245	0.2802	4404	4649	75
2.693-2.7315	0.3668	292	0.2778	5985	6277	100
2.7315-2.7722	0.3097	310	0.2756	5900	6210	100
2.7722-2.8156	0.3486	311	0.2656	5958	6269	100
2.8156-2.8617	0.2935	306	0.2504	5804	6110	100
2.8617-2.911	0.3065	355	0.2497	5965	6320	100
2.911-2.964	0.3053	282	0.2447	5850	6132	100
2.964-3.021	0.3337	306	0.2405	5962	6268	100
3.021-3.0826	0.293	327	0.2382	5898	6225	100
3.0826-3.1496	0.3042	336	0.2348	5909	6245	100
3.1496-3.2229	0.3196	345	0.2313	5838	6183	100
3.2229-3.3034	0.3361	298	0.2324	6007	6305	100
3.3034-3.3927	0.2726	334	0.2082	5856	6190	100
3.3927-3.4925	0.2477	276	0.1887	5946	6222	100
3.4925-3.6052	0.2595	310	0.1808	5933	6243	100
3.6052-3.734	0.2452	345	0.1794	5855	6200	100
3.734-3.8834	0.2606	285	0.1743	5645	5930	97
3.8834-4.0601	0.2116	253	0.1581	4961	5214	97
4.0601-4.274	0.1816	307	0.1427	5912	6219	100
4.274-4.5415	0.2123	312	0.1306	5939	6251	100
4.5415-4.8918	0.1826	277	0.1335	5948	6225	100
4.8918-5.3833	0.1868	284	0.1448	5918	6202	100
5.3833-6.1606	0.2661	323	0.1792	5927	6250	100
6.1606-7.7553	0.2305	331	0.1864	5881	6212	100
7.7553-45.0553	0.1886	313	0.1721	5889	6202	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0036	-0.0019	-0.0019	0.0174	0.0036	0.0057	-0.1237	0.1065	0.02	0.0318	-0.1409	0.1237	-0.0128	-0.1089	-0	0.3109	0.0215	-0.0112	0.5684	-0.0483	0.4402	-56.2912	110.3376	163.103
2	0.0243	0.0075	-0.0028	0.0105	-0.024	-0.0098	0.0749	-0.1569	-0.134	0.0102	-0.0298	0.0204	0.0511	-0.0304	-0	0.3197	-0.01	0.0566	0.2799	0.0018	0.2739	-42.3266	101.9458	166.064
3	0.069	-0.0585	-0.1013	0.1552	-0.0184	0.0675	-0.2998	-0.0237	-0.0349	-0.2989	0.1472	-0.0446	-0.1703	-0.1061	-0	0.2749	0.0033	-0.0244	0.2183	-0.0015	0.2927	-45.848	108.974	157.9833
4	0.0142	0.013	-0.0139	-0.001	0.0002	0.013	0.1161	-0.0911	-0.0779	-0.0869	-0.0883	0.0643	-0.0652	0.1189	-0	0.3248	0.061	-0.0134	0.2553	0.0116	0.2697	-31.0211	116.8218	162.1494
5	0.0061	-0.0274	0.0076	0.0884	0.0126	-0.0139	0.1564	0.0918	0.1499	-0.3993	0.0805	-0.3035	0.1059	0.1675	-0.0033	0.3558	0.0291	-0.1193	0.488	-0.0548	0.301	-44.8654	104.7799	150.1937
6	0.701	0.1785	0.5586	0.3816	0.3027	0.2909	-0.067	-0.0684	0.0649	0.0466	0.0451	0.043	-0.0216	0.0048	-0.0523	0.177	-0.0191	-0.0264	0.19	-0.0171	0.1982	-42.3671	123.9898	118.217
7	0.2519	0.0602	0.4842	0.1529	0.0544	0.2012	-0.0826	0.074	0.1017	0.0098	-0.0656	-0.0505	-0.0972	0.0877	-0.0001	0.182	0.0059	-0.0159	0.1991	0.0093	0.1782	-54.5812	115.251	87.4724
8	0.3332	-0.1587	0.0898	0.0109	-0.0901	0.1585	-0.0083	0.001	0.0762	-0.0022	0.0124	0.0228	0.065	-0.0681	0.0124	0.1956	0.0033	-0.0169	0.2045	-0.0093	0.2265	-58.9333	118.1479	93.2768
9	0.194	-0.1228	0.1069	0.1143	0.0247	0.0378	0.1348	-0.0159	0.0294	-0.085	-0.1018	0.0425	0.072	0.0957	-0	0.3235	-0.0241	0.0135	0.1736	0.0315	0.2256	-38.0494	104.2741	114.986
10	0.364	0.3865	0.2273	0.5053	0.336	0.2787	0.3525	0.1526	0.1389	0.0259	-0.4158	-0.2511	0.1704	-0.0897	-0.0195	0.304	0.1958	0.1063	0.2451	0.0255	0.2873	-27.2474	99.6977	112.0512
11	0.0092	0.0069	0.0087	0.0761	0.0365	0.016	0.0776	-0.3148	-0.0147	0.3044	0.0256	-0.1859	0.1515	0.2099	0.0018	0.1932	0.0538	0.0167	0.2297	-0.038	0.1761	-28.0264	105.1177	123.9707
12	0.026	0.0838	0.0647	0.0619	0.0601	0.0304	-0.0964	0.1139	0.0934	-0.0299	0.0746	-0.1233	0.0465	-0.0305	0	0.2794	0.0153	-0.0035	0.2482	-0.0214	0.2839	-33.7665	109.2793	118.0733
13	0.0549	-0.014	-0.0016	0.02	0.0305	0.0243	0.2148	0.0214	-0.1172	0.0678	-0.2025	0.062	0.1203	0.0328	0	0.3368	0.0461	-0.0237	0.2098	-0.0345	0.3087	-36.5503	96.9851	115.5807
14	0.0014	0.0159	-0.0023	0.0173	0.0076	0.0133	0.1365	0.0207	-0.0367	-0.1756	-0.0709	-0.0804	0.0365	-0.1527	0	0.5068	0.0358	-0.0384	0.2344	0.06	0.3221	-39.3165	88.8769	117.026
15	0.0047	0.0059	-0.0268	0.0203	-0.0031	0.0203	0.1405	0.0144	-0.014	-0.0205	0.0819	-0.0891	0.0108	0.1982	0	0.3247	-0.0383	-0.0316	0.4405	0.0393	0.3141	-32.92	109.3478	105.0872
16	0.1262	-0.4185	-0.0765	0.228	0.0696	0.2325	0.1021	-0.0331	0.0083	0.0525	-0.1059	0.1531	-0.0282	-0.5368	-0	0.3245	-0.0307	0.0105	0.4413	-0.0773	0.2787	-17.7774	51.9031	97.0947
17	0.0171	-0.0104	0.0124	0.0038	-0.0196	0.0222	0.0063	-0.1956	0.0685	0.2666	-0.2403	-0.1336	0.0091	0.1459	0	0.5179	-0.0302	0.0042	0.2726	-0.004	0.4423	-5.1449	47.9877	109.3546
18	-0.0044	0.1211	0.1486	0.1049	-0.0492	0.1156	0.0425	-0.0024	-0.0394	0.0157	-0.0762	0.0383	0.0661	0.0393	-0	0.2482	0.0204	0.0058	0.228	-0.0311	0.2282	-6.1934	44.2086	75.455
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62	0.0672	0.1443	0.0166	0.229	-0.0765	0.0373	0.0038	0.0188	-0.0267	-0.0109	-0.1716	0.0565	0.0884	0.1148	-0.0063	0.2857	0.0696	-0.0227	0.1888	-0.0164	0.2265	-32.1551	84.7501	126.6976
63	0.147	0.0987	0.0265	0.1829	0.0924	0.0127	0.0546	-0.0139	0.1309	0.0009	-0.0725	-0.0525	-0.1621	0.2239	-0	0.3403	0.0441	-0.009	0.2982	0.0003	0.3055	-25.5058	91.8671	137.846
64	-0.2176	0.0108	-0.1883	0.9336	-0.0765	0.0502	0.1701	0.0289	-0.153	0.228	-0.2299	0.004	-0.0572	0.231	0.0473	0.328	0.013	-0.0204	0.2604	0.0073	0.2799	-31.7961	77.8368	141.5415
65	0.0192	0.0001	0.0045	0.0084	0.0012	-0.0009	-0.0895	0.1514	0.1031	-0.0404	-0.2589	-0.0351	-0.2009	-0.0062	-0.0008	0.4154	0.0442	0.0906	0.3064	-0.0388	0.4235	-31.7806	104.7113	157.3024
66	0.0124	-0.0341	-0.029	0.0881	0.025	0.0115	-0.0434	0.2173	-0.0831	-0.136	-0.0088	-0.0182	0.4443	0.1151	-0	0.3783	-0.0089	0.0198	0.3138	-0.0511	0.2937	-43.4992	101.1069	158.2954
67	0.0379	-0.0102	-0.0639	0.0614	-0.0223	0.0522	-0.2357	0.0874	0.0446	0.027	0.1029	0.0765	-0.1019	-0.0624	0.0001	0.3201	-0.0256	-0.0019	0.3042	0.007	0.2184	-39.172	110.7406	163.309
68	0.007	-0.0283	-0.033	0.0494	0.0345	0.0502	-0.1625	0.0474	0.0749	0.0151	-0.1107	0.199	0.0161	0.2287	0	0.366	0.0122	-0.0232	0.2544	0.0289	0.2896	-46.0281	112.0164	163.788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'J' and (resid 62 through 67 )	J	62 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'J' and (resid 68 through 83 )	J	68 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'J' and (resid 84 through 102 )	J	84 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'J' and (resid 103 through 109 )	J	103 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'J' and (resid 110 through 117 )	J	110 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 39 through 149 )	A	39 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 150 through 230 )	A	150 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 322 )	A	231 - 322
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 39 )	B	1 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 51 )	B	40 - 51
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 52 through 67 )	B	52 - 67
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 68 through 91 )	B	68 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 92 through 102 )	B	92 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 109 )	B	103 - 109
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 110 through 119 )	B	110 - 119
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 43 through 116 )	C	43 - 116
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 117 through 130 )	C	117 - 130
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 131 through 206 )	C	131 - 206
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 207 through 261 )	C	207 - 261
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 262 through 320 )	C	262 - 320
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1 through 7 )	D	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 8 through 17 )	D	8 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 18 through 28 )	D	18 - 28
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 29 through 39 )	D	29 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 40 through 51 )	D	40 - 51
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 52 through 91 )	D	52 - 91
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 92 through 101 )	D	92 - 101
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 102 through 109 )	D	102 - 109
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 110 through 118 )	D	110 - 118
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 42 through 101 )	E	42 - 101
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 102 through 130 )	E	102 - 130
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 131 through 206 )	E	131 - 206
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 207 through 250 )	E	207 - 250
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 251 through 261 )	E	251 - 261
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 262 through 322 )	E	262 - 322
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 1 through 7 )	F	1 - 7
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 8 through 17 )	F	8 - 17
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 18 through 39 )	F	18 - 39
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 40 through 51 )	F	40 - 51
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 52 through 61 )	F	52 - 61
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 62 through 67 )	F	62 - 67
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 68 through 83 )	F	68 - 83
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 84 through 91 )	F	84 - 91
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 92 through 102 )	F	92 - 102
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 103 through 109 )	F	103 - 109
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 110 through 118 )	F	110 - 118
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 42 through 149 )	G	42 - 149
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 150 through 230 )	G	150 - 230
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 231 through 267 )	G	231 - 267
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 268 through 320 )	G	268 - 320
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 1 through 7 )	H	1 - 7
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 8 through 28 )	H	8 - 28
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 29 through 39 )	H	29 - 39
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 40 through 51 )	H	40 - 51
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 52 through 67 )	H	52 - 67
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 68 through 83 )	H	68 - 83
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 84 through 91 )	H	84 - 91
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 92 through 101 )	H	92 - 101
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 102 through 109 )	H	102 - 109
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 110 through 119 )	H	110 - 119
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 42 through 149 )	I	42 - 149
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 150 through 206 )	I	150 - 206
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 207 through 268 )	I	207 - 268
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resid 269 through 321 )	I	269 - 321
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 1 through 7 )	J	1 - 7
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 8 through 28 )	J	8 - 28
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 29 through 39 )	J	29 - 39
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 40 through 61 )	J	40 - 61

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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