PDB-5vsv: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vsv

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P225

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel / IMPDH / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.205 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P225
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年5月24日	ID: 5UZO
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vsv.cif.gz	525.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vsv.ent.gz	434 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q32S 4q33 5uwx 5uxe 5uzc 5uze 5uzs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q32-d 5uze-d 4q33-2 4q33-1 5uxe-d 5uzc-d 5uzs-d 4x3z-2 4fo4-1 4mz8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04376

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.861, 77.637, 78.972
Angle α, β, γ (deg.)	110.83, 104.05, 105.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4 変異: CBS domain (residues 89 - 215) is replaced with SGG residues 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: guaB_2, guaB, ERS852446_02285, JFP838_13815 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: A0A127ELD1, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-8KY / {2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenoxy}acetic acid 分子量: 402.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃ClN₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 17.1% PEG600, 50mM Bicine pH 8.4, 4.3% PEG2000MME

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.79719 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.79719 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 59509 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 30.11 Å² / R_sym value: 0.148 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2929 / CC_1/2: 0.561 / R_sym value: 0.689 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 4Q32

4q32

解像度: 2.205→37.133 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	3003	5.07 %
R_work	0.1977	-	-
obs	0.2	59220	94.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.205→37.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10085	0	204	212	10501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10558
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	14284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.426	6388
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1830

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2053-2.2415	0.3322	90	0.2878	1735	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2415-2.2801	0.3497	119	0.2723	2659	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2801-2.3216	0.3202	143	0.2679	2706	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3216-2.3662	0.3138	128	0.2624	2644	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3662-2.4145	0.2955	131	0.2587	2770	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4145-2.467	0.2989	145	0.2478	2667	X-RAY DIFFRACTION	95
2.467-2.5244	0.3122	146	0.2416	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5244-2.5875	0.3072	147	0.2361	2689	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5875-2.6574	0.2951	134	0.2278	2722	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6574-2.7356	0.2885	139	0.2356	2757	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7356-2.8239	0.2622	131	0.2343	2711	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8239-2.9247	0.3049	165	0.2349	2718	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9247-3.0418	0.3328	138	0.2419	2758	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0418-3.1802	0.3024	138	0.2271	2747	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1802-3.3477	0.3024	161	0.2185	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3477-3.5573	0.2419	158	0.2017	2750	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5573-3.8317	0.2261	97	0.1771	2821	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8317-4.2168	0.2185	179	0.1546	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2168-4.8259	0.1706	183	0.144	2745	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8259-6.0758	0.2231	130	0.1536	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0758-37.138	0.1421	201	0.1397	2645	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8853	2.955	1.2241	4.9585	1.3653	2.196	-0.1735	0.4633	0.048	-0.4466	-0.2624	-0.18	-0.1099	0.4912	0.1581	0.0661	-0.063	-0.0074	0.3522	0.1906	0.3924	9.4274	12.0608	-9.1865
2	2.3864	-0.4137	0.8274	1.7812	-1.1685	2.0963	-0.41	0.1104	0.4231	-0.0386	-0.1027	-0.1826	-0.8431	-0.1198	0.4576	0.5629	0.0663	-0.1971	0.2697	0.0074	0.404	-9.2086	32.9093	-16.8502
3	1.3519	0.0241	0.0716	1.6256	0.2731	0.5073	-0.3747	0.2489	0.3862	-0.1378	-0.0921	-0.195	-0.3912	-0.0303	0.2526	0.4853	0.0404	-0.1399	0.265	0.0497	0.3385	-13.5554	28.1753	-27.8774
4	1.6639	0.0272	1.1279	1.365	-0.757	1.889	-0.1738	0.2621	0.1044	-0.086	-0.1559	-0.2439	-0.3945	0.3132	0.3397	0.2619	0.0002	-0.0144	0.2261	0.0512	0.2435	-2.4129	18.2442	-22.4868
5	2.3288	0.2184	1.282	2.0197	0.0447	2.0819	-0.3256	-0.7349	0.4029	0.3493	-0.1705	0.1605	-0.4925	-0.5351	0.4653	0.4336	0.1539	-0.0429	0.3419	-0.0393	0.3063	-13.5282	23.6746	-4.9817
6	2.622	0.4709	-0.9046	2.9913	-0.4483	5.2706	-0.0707	-0.14	0.2886	0.2253	-0.1812	-0.0127	-0.1737	0.0814	0.1963	0.2775	0.059	-0.1572	0.3147	0.0724	0.4106	5.982	17.583	0.0177
7	1.0538	-0.2753	0.8386	2.2604	0.2841	1.2488	-0.0797	-0.0621	0.1585	0.1277	-0.1631	-0.199	-0.3496	0.2484	0.2502	0.4074	-0.0214	-0.0806	0.3387	0.0799	0.2796	20.432	7.4936	18.3937
8	2.4961	0.1541	-0.2138	1.6413	-0.1297	1.7191	0.1957	-0.5861	0.9897	0.4683	-0.0309	-0.12	-0.5679	-0.6638	0.4775	0.7647	-0.1538	-0.3742	0.4295	-0.0781	0.5286	20.7842	27.6574	25.061
9	2.2721	0.0934	0.9778	0.9047	0.2701	1.3193	-0.4166	-0.266	1.2563	0.3419	-0.34	-0.031	-0.541	-0.0021	0.3084	0.6414	-0.1696	-0.2934	0.4222	0.1189	0.7015	24.952	29.2655	16.1346
10	1.7458	0.0192	0.1915	1.9085	-0.1411	1.293	-0.226	0.146	0.3472	0.0653	-0.1132	-0.3432	-0.2489	0.3132	0.2901	0.3579	-0.054	-0.1315	0.332	0.1295	0.377	22.3393	16.2286	8.3985
11	1.9417	-1.085	0.2726	3.373	-0.7279	3.904	-0.2774	-0.1925	0.0982	0.6235	0.0839	0.0434	-0.46	-0.3635	0.2999	0.5487	0.0226	-0.1681	0.3149	-0.072	0.3711	2.5935	20.1579	21.4858
12	0.9647	-0.2999	0.8931	1.4258	0.1833	1.6181	-0.0327	-0.0819	0.0468	0.1704	-0.0592	-0.0723	-0.0209	0.1193	0.0892	0.3394	-0.0155	-0.0373	0.2391	0.0954	0.2852	17.4033	-1.8635	16.3957
13	5.6837	1.7601	1.1866	1.3293	0.4097	2.1654	0.0507	-0.8048	1.4472	-0.0617	-0.1192	0.2765	-0.4032	-0.3565	0.0763	0.6378	0.0436	-0.041	0.3907	-0.0846	0.3373	-0.528	-3.1242	20.7774
14	2.8256	0.4046	0.9611	3.0051	-1.0291	1.0446	0.0472	-0.1309	-0.1763	-0.3584	0.1379	0.4026	0.1082	-0.1063	-0.1978	0.2667	0.0273	-0.0005	0.2158	0.006	0.184	-18.9197	-10.7758	-19.6068
15	1.8043	-0.0418	0.8143	2.0106	0.7247	2.1004	0.2289	0.0832	-0.5181	-0.141	0.0744	0.3262	0.583	-0.1031	-0.3075	0.4694	-0.0463	-0.1523	0.2328	0.0765	0.4415	-21.0545	-27.2454	-18.0616
16	1.0772	-0.6569	0.7743	1.1796	-1.0341	2.2014	-0.0787	-0.1067	-0.1783	0.3098	0.2086	0.1759	-0.0782	-0.2589	-0.1317	0.2928	-0.0127	-0.0023	0.1941	0.0579	0.2842	-18.5691	-10.326	-10.8965
17	2.277	-0.0824	2.0691	3.6118	0.9394	2.7005	-0.0194	0.0511	0.0701	-0.125	-0.0224	0.0309	-0.216	-0.012	0.0056	0.1557	-0.0257	0.0585	0.1677	0.0698	0.2175	-10.658	3.5725	-14.922
18	2.0254	1.582	1.155	2.0971	0.8367	1.9509	0.174	-0.0461	-0.0945	-0.155	-0.1931	0.1806	0.4483	0.1532	-0.0168	0.5454	0.1239	-0.0906	0.2021	-0.0288	0.3414	0.2496	-23.4422	-1.6042
19	2.0982	-0.1592	0.9927	2.6687	-0.1388	1.1349	0.2636	-0.3813	-0.3206	0.0556	-0.0357	0.1999	0.3338	-0.1396	-0.1937	0.5062	-0.0677	-0.1124	0.2555	0.0847	0.3169	3.1288	-29.2517	25.8814
20	2.426	0.6073	0.0648	1.0241	-0.0519	1.1843	0.1453	-0.0327	-0.1698	0.1538	0.0547	-0.0367	0.7055	0.5713	-0.1028	0.6096	0.0243	-0.1698	0.3085	0.0158	0.3223	14.3136	-27.388	28.2616
21	1.0828	-0.4954	1.4779	1.333	-0.8011	2.5674	0.2295	0.0753	-0.1704	-0.0855	-0.0773	-0.0348	0.4053	0.2146	-0.1198	0.4152	0.0775	-0.0583	0.2398	0.0172	0.2593	12.9674	-22.067	13.8989
22	6.7454	2.138	1.4602	2.247	-0.2818	3.1339	0.1734	-0.4241	0.5581	0.4614	-0.0587	0.4777	0.0555	-0.4016	-0.0802	0.4465	0.0531	0.0679	0.3306	0.0214	0.2965	-5.6058	-12.8566	25.7535
23	0.1212	-0.2592	0.1659	0.986	1.3029	4.8812	0.252	-0.0097	-0.1339	0.0386	-0.0702	0.1448	0.5778	-0.1851	-0.0931	0.4916	-0.0685	-0.1528	0.2273	0.0857	0.4314	-8.8123	-27.523	7.4913
24	3.1104	0.7625	0.3852	1.0368	-1.1139	2.7922	0.3339	0.03	0.0216	0.028	-0.0493	-0.0226	-0.0491	-0.0468	-0.2825	0.4092	0.0172	-0.0711	0.1969	-0.0093	0.1746	-6.0237	-16.8878	-0.2342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 252 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 253 through 358 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 359 through 440 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 441 through 481 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 228 through 252 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 253 through 358 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 359 through 422 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 423 through 465 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 466 through 481 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 76 through 304 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 305 through 440 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 441 through 481 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 5 through 31 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 32 through 227 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 228 through 252 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 253 through 358 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 359 through 422 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 423 through 440 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 441 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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