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- PDB-5vpd: Transcription factor FosB/JunD bZIP domain in its oxidized form, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vpd
タイトルTranscription factor FosB/JunD bZIP domain in its oxidized form, type-III crystal
要素
  • Protein fosB
  • Transcription factor jun-D
キーワードTRANSCRIPTION / activator protein-1 / basic leucine zipper / bZIP / fos / jun / transcription factor / DNA-binding protein / redox switch / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor AP-1 complex / NGF-stimulated transcription / response to morphine / osteoblast development / response to corticosterone / behavioral response to cocaine / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / cellular response to hormone stimulus / response to cAMP ...transcription factor AP-1 complex / NGF-stimulated transcription / response to morphine / osteoblast development / response to corticosterone / behavioral response to cocaine / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / cellular response to hormone stimulus / response to cAMP / response to amphetamine / cellular response to calcium ion / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / response to progesterone / female pregnancy / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor JunD / Protein FosB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Yin, Z. / Machius, M. / Rudenko, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01 DA040621 米国
Brain and Behavior Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Activator Protein-1: redox switch controlling structure and DNA-binding.
著者: Yin, Z. / Machius, M. / Nestler, E.J. / Rudenko, G.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein fosB
B: Transcription factor jun-D
C: Protein fosB
D: Transcription factor jun-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6669
ポリマ－32,5134
非ポリマー1525
水724
1
A: Protein fosB
B: Transcription factor jun-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2803
ポリマ－16,2572
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
2
C: Protein fosB
D: Transcription factor jun-D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3866
ポリマ－16,2572
非ポリマー1294
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.008, 98.051, 50.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...
21(chain C and ((resid 164 and (name N or name...
12(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...
22(chain D and (resid 270 through 291 or resid 293 through 307 or resid 309 through 332))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGARGARG(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA164 - 17513 - 24
121ARGARGGLUGLU(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA177 - 17826 - 27
131ARGARGHISHIS(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA164 - 21813 - 67
141ARGARGHISHIS(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA164 - 21813 - 67
151ARGARGHISHIS(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA164 - 21813 - 67
161ARGARGHISHIS(chain A and (resid 164 through 175 or (resid 177...AA164 - 21813 - 67
211ARGARGARGARG(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC16413
221ARGARGALAALA(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC161 - 21710 - 66
231ARGARGALAALA(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC161 - 21710 - 66
241ARGARGALAALA(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC161 - 21710 - 66
251ARGARGALAALA(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC161 - 21710 - 66
112LYSLYSGLUGLU(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...BB270 - 2726 - 8
122GLNGLNVALVAL(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...BB266 - 3322 - 68
132GLNGLNVALVAL(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...BB266 - 3322 - 68
142GLNGLNVALVAL(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...BB266 - 3322 - 68
152GLNGLNVALVAL(chain B and ((resid 270 through 272 and (name N...BB266 - 3322 - 68
212LYSLYSGLUGLU(chain D and (resid 270 through 291 or resid 293 through 307 or resid 309 through 332))DD270 - 2916 - 27
222ILEILEASNASN(chain D and (resid 270 through 291 or resid 293 through 307 or resid 309 through 332))DD293 - 30729 - 43
232GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 270 through 291 or resid 293 through 307 or resid 309 through 332))DD309 - 33245 - 68

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Protein fosB / G0/G1 switch regulatory protein 3


分子量: 8267.290 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 153-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOSB, G0S3 / プラスミド: pET21-NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P53539
#2: タンパク質 Transcription factor jun-D


分子量: 7989.425 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 266-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUND / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P17535
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M NaCl, 50 mM sodium cacodylate pH 6 and 10 mM spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月22日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→44.72 Å / Num. obs: 11778 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.79-2.827.10.90620.9020.3630.9770.858100
2.82-2.877.20.8430.9170.3370.9090.86299.8
2.87-2.927.20.680.9320.2730.7340.855100
2.92-2.987.20.4860.9750.1930.5230.855100
2.98-3.057.20.4410.9710.1770.4760.845100
3.05-3.127.30.4790.9450.190.5160.896100
3.12-3.27.30.360.9740.1430.3880.93100
3.2-3.287.30.3250.980.1290.350.963100
3.28-3.387.20.2580.9810.1020.2780.973100
3.38-3.497.30.2230.9810.0890.241.023100
3.49-3.617.30.1630.990.0650.1760.956100
3.61-3.767.30.1260.9940.050.1360.997100
3.76-3.937.20.1020.9970.0410.110.994100
3.93-4.147.20.0940.9970.0370.1010.982100
4.14-4.47.20.0840.9970.0330.090.96100
4.4-4.747.20.0750.9980.030.0810.921100
4.74-5.217.10.0620.9990.0250.0670.866100
5.21-5.967.10.0690.9970.0280.0740.82100
5.96-7.516.90.0490.9980.020.0530.809100
7.51-44.726.20.0330.9990.0150.0370.82598.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VPA

5vpa


解像度: 2.79→44.72 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3002 1068 9.9 %
Rwork0.2493 --
obs0.2547 10789 91.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.5 Å2 / Biso mean: 55.163 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 5 4 1967
Biso mean--61.58 26.56 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5852655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8251333
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A573X-RAY DIFFRACTION11.341TORSIONAL
12C573X-RAY DIFFRACTION11.341TORSIONAL
21B696X-RAY DIFFRACTION11.341TORSIONAL
22D696X-RAY DIFFRACTION11.341TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7898-2.91680.3559700.326370277254
2.9168-3.07050.36111120.31271028114078
3.0705-3.26290.3871360.30981277141397
3.2629-3.51470.37151410.288513151456100
3.5147-3.86820.28731480.233213181466100
3.8682-4.42750.26141540.202313171471100
4.4275-5.57650.2831490.22461353150299
5.5765-44.72580.2561580.23931411156999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48290.3646-0.3510.7508-2.07517.1382-0.1384-0.62560.311-0.35730.39630.2470.7913-0.0033-0.28960.39650.1313-0.20560.8789-0.07650.6283-9.5510.0926-16.85
23.3058-2.1313-1.46884.0741.58991.3071-0.3865-0.31380.12240.40640.4738-0.20620.01130.3688-0.12780.52660.25140.00310.3744-0.03710.1926-26.711932.2956-9.8081
31.5528-2.5757-0.62595.11431.20960.2775-0.1295-0.2123-0.1984-0.01310.02910.3520.0810.13040.07070.25870.12960.00190.22390.00960.2133-21.273316.7447-19.7572
42.55621.49640.18221.56690.60893.9137-0.02180.40530.37540.12660.51010.4051-0.5375-0.5253-0.44620.36340.0492-0.09080.70490.04430.408-10.280622.1889-10.1293
53.77032.89561.62862.72491.54071.3777-0.27760.4643-0.202-0.33690.501-0.27560.05110.2824-0.11550.5344-0.1349-0.16060.2322-0.01420.2695-27.5901-13.1765-15.3474
63.14445.40432.06919.47983.79021.6102-0.1710.20060.18860.07840.29440.3712-0.05240.20340.21010.2351-0.03240.01230.2681-0.00020.1787-22.9366-1.3353-5.936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 164 through 176 )A164 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 177 through 218 )A177 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 266 through 332 )B266 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 161 through 177 )C161 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 178 through 217 )C178 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 270 through 332 )D270 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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