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- PDB-4pxj: Crystallographic structure of the LZII fragment (anti-parallel or... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxj
タイトルCrystallographic structure of the LZII fragment (anti-parallel orientation) from JIP3
要素C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / Leucine zipper / scaffold protein / axonal transport
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / axon regeneration / axon development / kinesin binding / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / positive regulation of JNK cascade ...anterograde axonal protein transport / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / axon regeneration / axon development / kinesin binding / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / positive regulation of JNK cascade / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / growth cone / cytoplasmic vesicle / protein stabilization / axon / Golgi membrane / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JNK-interacting protein, leucine zipper II / JNK-interacting protein 3/4 / JNK-interacting protein leucine zipper II / WD40 repeated domain / RH1 domain / RH2 domain / RILP homology 1 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Llinas, P. / Menetrey, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of a truncated form of leucine zipper II of JIP3 reveals an unexpected antiparallel coiled-coil arrangement.
著者: Llinas, P. / Chenon, M. / Nguyen, T.Q. / Moreira, C. / de Regibus, A. / Coquard, A. / Ramos, M.J. / Guerois, R. / Fernandes, P.A. / Menetrey, J.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,22211
ポリマ－20,6643
非ポリマー5598
水3,729207
1
A: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2389
ポリマ－13,7762
非ポリマー4627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
2
C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
ヘテロ分子

C: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9684
ポリマ－13,7762
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area3430 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.826, 63.040, 50.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 3 / JIP-3 / JNK-interacting protein 3 / JNK MAP kinase scaffold protein 3 / Mitogen-activated protein ...JIP-3 / JNK-interacting protein 3 / JNK MAP kinase scaffold protein 3 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 3


分子量: 6887.882 Da / 分子数: 3 / 断片: Leucine zipper II fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP3, JIP3, KIAA1066 / プラスミド: pGST//1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UPT6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.6 M SAM, 0.1 M citrate pH 5.5, 2 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9788
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→43.136 Å / Num. obs: 26642 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 6.72 / Biso Wilson estimate: 32.57 Å2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→38.67 Å / σ(F): 5.48 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1997 7.5 %
Rwork0.18 --
all-26643 -
obs-26641 99.86 %
原子変位パラメータBiso mean: 43.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→38.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 34 207 1588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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