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- PDB-5vf5: Crystal structure of the vicilin from Solanum melongena, re-refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vf5
タイトルCrystal structure of the vicilin from Solanum melongena, re-refinement
要素SM80.1 Vicilin
キーワードPLANT PROTEIN / 7S VICILIN SM80.1 PLANT PROTEIN SEQUENCE ASSIGNMENT RE-REFINEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SM80.1 Vicilin
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum melongena (ナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Porebski, P.J. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Minor, W. / Stanfield, R. / Jaskolski, M. / Pozharski, E. / Weichenberger, C.X. / Rupp, B.
資金援助 米国, オーストリア, ポーランド, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01HG008424, R01GM117080, R01GM117325 米国
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
Polish National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the vicilin from Solanum melongena reveals existence of different anionic ligands in structurally similar pockets.
著者: Jain, A. / Kumar, A. / Salunke, D.M.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0THIS ENTRY 5VF5 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5CAD, DETERMINED BY A. ...THIS ENTRY 5VF5 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5CAD, DETERMINED BY A.JAIN,A.KUMAR,D.M.SALUNKE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SM80.1 Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1156
ポリマ－48,7611
非ポリマー3545
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18290 Å2
2
A: SM80.1 Vicilin
ヘテロ分子

A: SM80.1 Vicilin
ヘテロ分子

A: SM80.1 Vicilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,34518
ポリマ－146,2843
非ポリマー1,06115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area18850 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area38480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.330, 119.330, 158.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-666-

HOH

21A-915-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SM80.1 Vicilin


分子量: 48761.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum melongena (ナス) / 組織: SEED / 参照: UniProt: A0A2R2JFS1*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 357分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5CAD
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-Cl, 1.5 M Sodium malonate, 10% Peg 3350 / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→22.71 Å / Num. obs: 70495 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5CAD

5cad


解像度: 1.49→22.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.969 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16263 3556 5 %RANDOM
Rwork0.13052 ---
obs0.13215 66897 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.839 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→22.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 20 352 3320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.9414585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5237176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4025443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3823.125192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8315591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5661539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1331.7451597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1235.0791595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4512010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.452011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5361774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5381772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0382543
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.2233638
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.2223639
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.06333336
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.25623235
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 270 -
Rwork0.171 4888 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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