PDB-5g35: Structure of Rad14 in complex with acetylaminopyren-C8-guanine co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g35

タイトル

Structure of Rad14 in complex with acetylaminopyren-C8-guanine containing DNA

要素

5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*8PYP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
RAD14

キーワード

CELL CYCLE / DNA REPAIR / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Simon, N. / Ebert, C. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Bulky Adduct DNA Lesion Recognition by the Nucleotide Excision Repair Protein Rad14.
著者: Schneider, S. / Simon, N. / Ebert, C.

履歴

登録	2016年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5g35.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g35_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g35_full_validation.pdf.gz	485.2 KB	表示
XML形式データ	5g35_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5g35_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リシン (Ricin)
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登録構造単位

A: RAD14

B: RAD14

C: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*8PYP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

D: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

E: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*8PYP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

ヘテロ分子

49.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.170, 53.170, 131.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	188 - 303
2	1	1	4	B	188 - 303

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.000689, -0.999996, 0.002749), (-0.999999, 0.000687, -0.001031), (0.001029, -0.00275, -0.999996)	79.82015, 79.70065, -66.87814

#1: タンパク質	RAD14 分子量: 15612.728 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 188-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28519
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPTPCPTPAP8PYPTPCPAPTPCPAPCP)-3' 分子量: 4762.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖	5'-D(GPTPGPAPTPGPAPCPGPTPAPGPAPGP)-3' 分子量: 4384.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GUANOSINE AT POS.8 IS MODIFIED AT C8 BY ACETYLAMINOPYRENE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.43 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→37.6 Å / Num. obs: 24353 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A3D

5a3d

解像度: 2→53.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 15.344 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25421	1255	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21729	-	-	-
obs	0.21911	23113	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.596 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→53.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1869	1169	2	53	3093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.016	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.978	1.668	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	3	5598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.873	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.34	24.423	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.113	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.774	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.564	2.592	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.562	2.592	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.426	3.876	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.41	2.467	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1794 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.33	0.5
medium thermal	1.71	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	92	-
R_work	0.36	1738	-
obs	-	-	99.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6757	0.044	-1.365	1.0564	-1.6527	6.7406	0.0204	0.1021	-0.0675	-0.0565	0.0523	0.0025	0.1449	0.1351	-0.0727	0.1432	0.0134	0.0103	0.1449	-0.019	0.1037	48.5508	50.3487	-65.7211
2	7.5735	-0.6072	-3.6934	3.5559	0.7633	4.7143	0.1989	0.0291	0.1485	-0.0606	-0.0606	-0.0718	-0.1352	-0.0755	-0.1382	0.0985	0.0079	0.0298	0.1049	0.035	0.0381	44.7973	58.2082	-64.4418
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4	8.0683	-0.9344	-5.0911	1.2964	-0.8152	4.8756	-0.0235	-0.0182	-0.2853	-0.0799	0.0264	0.1821	0.1068	-0.0301	-0.0029	0.1475	-0.0134	0.0044	0.1221	-0.0096	0.1051	34.7389	48.2146	-47.6403
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6	12.3117	1.0356	5.2921	0.2955	-0.6302	9.2637	0.0135	0.2491	0.2412	-0.1154	0.0603	0.0647	0.0892	-0.3156	-0.0738	0.2628	0.0571	-0.0183	0.0592	0.0125	0.0731	34.6658	54.5605	-55.5411
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15	1.1397	0.1383	-0.5152	8.807	1.5212	7.4456	0.1074	-0.145	0.3005	0.4437	-0.0766	0.2508	-0.5131	0.1247	-0.0309	0.1271	0.0054	0.0427	0.0925	0.0014	0.1083	25.2875	48.0858	-11.8171
16	7.0534	-0.2344	6.9932	4.4176	-1.1626	9.7246	-0.3655	0.0313	0.6154	0.3112	0.2197	0.4416	-0.8742	-0.7695	0.1457	0.4668	0.0649	0.0482	0.3698	-0.0089	0.4178	14.5644	59.6676	-17.7754
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20	11.9463	-8.3584	4.7231	6.7497	-0.1879	12.843	-0.165	0.0874	0.7815	0.0384	0.1924	-0.5731	-0.2098	1.0798	-0.0274	0.1156	-0.0178	-0.0739	0.1465	-0.1199	0.3076	20.0599	42.736	-29.7879
21	0.6565	-0.3604	2.4412	4.7877	-0.1174	9.409	-0.0195	-0.0058	0.0458	-0.767	-0.0931	-0.2211	-0.2797	-0.0854	0.1126	0.1388	0.0056	0.0646	0.241	0.0113	0.2058	23.9035	59.4392	-38.2457
22	11.0739	-5.5784	-3.7904	3.185	0.6812	7.6308	-1.2454	-0.4113	1.0123	0.9473	0.4381	-0.5549	-0.3634	0.1045	0.8072	0.5285	0.2034	0.0511	0.5237	0.1238	0.6316	37.3318	63.631	-30.775
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24	1.5535	1.6711	1.6965	4.3654	4.7809	5.2607	-0.3942	-0.3235	0.2807	-0.6808	-0.1173	0.4484	-0.6901	-0.0694	0.5115	0.4369	0.0595	0.1227	0.3668	0.187	0.3907	22.9532	54.2507	-37.176
25	10.5472	-9.3131	-0.4877	11.5979	2.2798	4.577	-0.9963	0.169	1.343	0.7918	0.5211	-0.0935	-0.283	0.2991	0.4752	0.1444	-0.0805	-0.1234	0.2977	0.1526	0.5729	35.4717	64.0559	-31.7779
26	10.6047	-1.1209	-4.1988	9.6277	4.4647	12.9381	-0.062	-0.025	0.7155	-0.3046	0.0982	1.1728	0.4457	-0.3622	-0.0362	0.0662	0.0132	-0.0481	0.0863	0.0451	0.2276	36.9622	59.6485	-37.1426
27	6.6673	-0.7648	-1.3391	0.0877	0.1689	13.4875	-0.2134	-1.1082	-0.0991	0.0237	0.1261	0.0099	0.0803	-0.346	0.0873	0.2573	0.0139	0.0495	0.2115	0.0285	0.2809	20.2464	55.9138	-28.8015
28	10.612	-9.2388	-1.0676	8.4675	-1.0144	11.6263	0.6958	1.4835	-0.5061	-0.5458	-1.2694	0.553	0.5375	-0.5716	0.5736	0.4839	-0.0733	0.1735	0.2796	-0.1178	0.6526	16.1322	42.4451	-36.1798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	211 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	226 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	239 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	252 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	267 - 278
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	279 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	293 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	188 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	211 - 225
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	226 - 238
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	239 - 247
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	248 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	255 - 266
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	267 - 283
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	284 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	1 - 4
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	5 - 9
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	10 - 14
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	1 - 6
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	7 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	11 - 14
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	1 - 4
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	5 - 9
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	10 - 14
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	1 - 6
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	7 - 10
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	11 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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