PDB-5g33: Structure of Rad14 in complex with acetylnaphtyl-guanine containi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g33

タイトル

Structure of Rad14 in complex with acetylnaphtyl-guanine containing DNA

要素

5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*MFOP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'
RAD14

キーワード

CELL CYCLE / DNA REPAIR / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / UV-damage excision repair / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / base-excision repair / damaged DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Simon, N. / Ebert, C. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Bulky Adduct DNA Lesion Recognition by the Nucleotide Excision Repair Protein Rad14.
著者: Schneider, S. / Simon, N. / Ebert, C.

履歴

登録	2016年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g33.cif.gz	170.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g33.ent.gz	134.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g32C 5g34C 5g35C 5a3dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5g34-d 5lcm-d 5lcl-d 5g32-d 5a3d-d 5g35-d 1phs-d 2dpy-2 1cau-d 5cq9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リシン (Ricin)
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登録構造単位

A: RAD14

B: RAD14

C: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*MFOP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

D: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

E: 5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*MFOP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP)-3'

ヘテロ分子

49.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.369, 53.369, 131.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	188 - 303
2	1	1	4	B	188 - 303

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.001295, -0.999995, -0.002834), (-0.999999, -0.001297, 0.00089), (-0.000894, 0.002833, -0.999996)	80.03403, 80.14747, -66.95364

#1: タンパク質	RAD14 分子量: 15612.728 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 188-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 遺伝子: RAD14, YMR201C, YM8325.02C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28519
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPTPCPTPAPMFOPTPCPAPTPCPAPCP)-3' 分子量: 4688.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖	5'-D(GPTPGPAPTPGPAPCPGPTPAPGPAPGP)-3' 分子量: 4384.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GUANOSINE AT POS.8 IS MODIFIED AT C8 BY ACETYLAMINONAPTHYL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.43 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→41.4 Å / Num. obs: 14071 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A3D

5a3d

解像度: 2.4→53.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 39.673 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.053 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29832	721	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2511	-	-	-
obs	0.25341	13356	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	1156	2	6	3020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.016	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.657	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.182	3	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.867	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.404	24.63	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.176	15	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.2	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.189	2.678	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.186	2.676	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.087	4.007	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.726	2.517	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1845 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.54	0.5
medium thermal	3.14	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	64	-
R_work	0.355	951	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3812	1.9298	-3.2606	6.3005	-3.6751	7.9536	-0.0648	0.044	0.0052	-0.1076	0.1464	-0.1573	0.2095	0.0399	-0.0816	0.4159	0.0541	-0.0465	0.5208	-0.0544	0.0219	49.4888	50.9524	-66.5368
2	3.4073	5.3369	-4.0573	16.0193	-4.8706	5.1304	0.1702	0.0029	-0.1105	0.2995	-0.2222	-0.3528	-0.1733	-0.047	0.052	0.1802	-0.0105	-0.0539	0.2551	0.0132	0.1925	47.6501	54.5768	-63.6952
3	5.967	1.0688	-4.6454	2.7824	-0.9348	7.3338	-0.0003	0.104	0.2653	0.152	0.0808	0.0864	-0.0801	-0.215	-0.0805	0.2139	-0.0238	0.0042	0.2338	0.0416	0.0245	35.7765	56.5516	-51.6908
4	6.8194	1.3973	5.0071	2.6315	2.0763	7.8584	0.1411	0.1785	-0.1216	-0.0575	-0.158	-0.0526	0.3992	0.1442	0.0169	0.2499	0.039	0.0469	0.2332	0.0505	0.0226	41.0994	54.7626	-48.2961
5	4.6292	-2.0596	1.2715	9.054	1.4606	5.4447	0.3342	0.7221	0.9305	-0.5142	-0.3966	0.5183	-0.2908	-0.7003	0.0624	0.1597	0.049	-0.0063	0.5792	0.1268	0.4458	22.0264	60.7394	-53.3248
6	0.376	-2.4143	-2.3188	15.6211	14.9279	14.321	-0.0432	0.0537	-0.052	0.2396	-0.207	0.211	0.2165	-0.3257	0.2502	0.326	0.0395	0.021	0.5197	-0.0467	0.4106	18.598	70.5561	-41.5293
7	2.7996	0.6784	0.0436	0.5525	-1.6125	6.9078	0.0664	-0.085	-0.0724	-0.0137	-0.0494	-0.0422	0.149	0.221	-0.0169	0.2439	0.0094	0.0208	0.2665	-0.0126	0.171	29.1865	30.6403	-0.3824
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13	10.4188	-5.1935	0.0787	4.2304	1.9694	2.4752	-0.6205	-0.8572	-0.9986	0.476	-0.0745	1.0994	0.3013	-0.5325	0.695	0.5268	0.0399	0.1363	0.5092	-0.0621	0.3185	31.601	58.5525	-34.2871
14	9.0238	-4.8478	2.9751	10.4554	-2.1593	9.3047	-0.2085	0.2629	-0.5667	-0.244	-0.094	1.4196	0.0234	-0.083	0.3026	0.2573	-0.0483	0.0166	0.3133	0.041	0.3348	15.9825	44.1581	-35.2105
15	9.0708	-3.6894	7.2085	4.0768	0.9559	11.6139	-0.5505	0.073	1.2598	0.0421	-0.0177	-0.7722	-0.6593	0.158	0.5682	0.3884	0.0326	-0.0365	0.251	-0.1028	0.2785	20.3228	42.6675	-29.6735
16	1.7298	-3.1852	-0.7177	10.1301	-0.4732	4.3778	-0.24	0.1164	0.501	0.0142	-0.0759	0.2137	-0.1925	-0.0722	0.3159	0.3186	-0.0107	-0.2187	0.3114	0.0718	0.8199	30.8334	61.8223	-34.3036
17	0.4093	-1.5593	1.0299	11.7832	-3.1404	2.7628	-0.0194	0.0646	0.1306	-0.4277	-0.2423	-0.1616	-0.1016	0.2122	0.2616	0.2432	-0.0112	-0.0007	0.2127	0.025	0.32	21.4	48.5163	-32.6173
18	1.7721	-3.9823	-3.5493	15.689	7.531	7.2501	0.0428	-0.1962	0.21	0.8346	0.1386	-0.3979	-0.2517	0.445	-0.1813	0.3274	-0.0239	-0.1339	0.3411	0.0589	0.6227	35.8368	64.096	-31.7181
19	6.3568	-4.1515	-1.113	5.3238	5.9304	10.6285	-0.205	-0.2321	-0.2565	0.3309	-0.1759	0.3873	0.5477	-0.5499	0.381	0.2675	0.0428	-0.0988	0.3129	0.0004	0.3337	37.3753	59.718	-37.3271
20	10.4827	-6.1872	0.5022	8.3219	-0.6426	5.6055	-0.464	0.1717	0.802	0.0353	-0.4048	1.3161	0.4058	-0.0183	0.8687	0.614	-0.0212	-0.0069	0.4979	0.0338	0.9643	18.1652	49.2718	-32.2631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	209 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	219 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	188 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	209 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	219 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	248 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	279 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	296 - 302
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 9
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	10 - 14
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 6
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	7 - 14
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 9
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	10 - 14
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	1 - 6
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	7 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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